朱元璋起义的前期主要是步兵为主，起义的中后期战场开始慢慢转向长江流域，那么水军的作用就体现出来了。这一切正好是朱元璋军队不具备的，所以一直也是朱元璋焦急的一件事。直到渡江战役看似的前期在俞氏父子归降后，在俞氏父子的帮助下朱元璋的水军才正式的建立起来。
如果说渡江战役的朱元璋水军的起始之战，那么和陈友谅的鄱阳湖水战就算是一场进阶之战。此时的两军实力其实还是陈友谅的实力要强出不少的，陈友谅水军起家，水战是陈友谅的强项。当时陈友谅号称大军60万，是朱元璋的三倍。最后这场战争的结果反而很出乎意料，在朱元璋的火攻下，陈友谅大败，自己也中箭而亡。这场战役也成为中世纪世界范围内最大规模的水战。也成为赤壁之战之外另外一个经典的以少胜多案例。
明朝建国后，水军在明朝军队体系中占有着一定的地位。明朝初期掀起了一场造船的高峰期。到明成祖朱棣时期，派遣郑和带领这一只具有二百四十艘船只、两万七千多船员的舰队开启了世界远航。 前后到达了亚洲、非洲等三十多个国家。这也是世界上最早的一只大规模远航舰队，远航的同时增强了和海外国的联系，扩张了海外贸易，也展示了明朝国力的强盛。
在前后七次的远航过程中，也打了几次漂亮的战役，歼灭了当时世界上最大的海盗集团。在迫不得已的情况下活捉了斯里兰卡国王，展示了国威。
明朝中期的时候，由于倭寇横行，明朝海军发展又进入了一次大高潮，更是在戚继光的整顿下重新焕发了青春。明朝的战舰种类非常之多，而且还有严格的舰队编队制度，战舰种类达到20多种，最著名的就是福船，而且各类火器火炮数不胜数。
15世纪末，随着哥伦布发现新大陆的开始及其资本主义萌芽的发展，西方资本主义国家把目光投向了海外。1521屯门海战是第一中国第一次抗击西方殖民主义的战役，最终的结果是明朝战胜葡萄牙人而获胜。1522年葡萄牙人再次卷土重来，同样战败而归，从此就放弃了想用武力打开中国国门的想法。
在1598年万历二十六年，在朝鲜半岛露梁全歼日本舰队，从而奠基了朝鲜半岛三百年的和平。 包括后来对战荷兰人的多次战役及其郑成功收复台湾都是以明朝的胜利而告终。
明朝水军的强盛在明朝初年，衰落于明朝中期，这其中有很多的原因，倭患、游牧民族的边境骚扰、经济衰退、政治腐败。但这一切都不能排斥明朝的水军是中国历史上最强大水军甚至当时世界上最强大事实。
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