源於歐洲人與當地人的眾多材料證實，蘇丹馬哈茂德在1699年7月末或8月被謀殺的破壞性後果。100年後，一個荷蘭人獲悉，馬來人認為馬哈茂德是亞歷山大大帝的後裔，也是神秘現身於巨港“神光山”之上的王子斯里·泰裡·布安南的最後一個直系後裔。因此，馬哈茂德作為蘇丹白種人血統國王被世人銘記，並與那些缺乏這種真正王室血統證據的繼任者相區別。甚至到了19世紀，泰國人編年史依然認為馬哈茂德之死是一個重要歷史事件，因為此後“他的譜系消失了，再也沒有被聽到過”。
同時，目擊者告訴荷蘭人，刺殺行動是由一些貴族策劃進行的，其中包括宰相，馬來人歷史挑出一個人對這次行動負責任，此人名叫米迦特·塞利·羅摩，他懷孕的妻子被蘇丹下令挖出內臟。不過，儘管馬來文獻將柔佛統治者描述為一個報復性的虐待狂，當代歐洲人的記載也進一步證實這一點。但是馬來人仍然認為弒君行為難以寬恕，這畢竟是一種背叛行為，應該將弒君者處以最可怕的懲罰。
根據《薩科編年史》，米迦特·塞利·羅摩被統治者的矛槍刺到腳上，由於同王權聯繫的神秘力量發揮作用，傷口開始長出青草，米迦特·塞利·羅摩遭受了4年的痛苦煎熬，最後死去。文獻繼續描述一個貴族怎樣詛咒那些謀殺者，發表了悲憤的演說，反覆強調一個臣民的責任和他對領主的義務，不過在他的言論還沒引起眾人注意時，他就被人刺殺了。對弒君者的強烈詛咒來自彭亨和霹靂州的統治者，他們和馬六甲-柔佛諸王有著共同傳統，都是巨港神聖王子的後代。他們向荷蘭東印度公司請求懲罰那些犯有這種十惡不赦大罪之徒，但是荷蘭人沒有應其所請。
由於被刺蘇丹沒有直接繼承人，使得弒君行為的後果進一步嚴重了，陰謀家們任命了一個新統治者。1699年9月，宰相被選為柔佛統治者，稱為蘇丹阿卜杜勒·沙里爾·沙。一些文獻試圖指出柔佛諸王和宰相曾經通婚，如果沒有合適的王子，按習俗宰相應當繼承王位，以此證明宰相統治具有合理性。其他手抄本原稿則引用了伊斯蘭教規廢黜一個精神失常的愚蠢國王，上帝是允許的。但是，馬來社會多少世紀以來一直受到歷代國王具有神聖地位因為他們來自巨港的“神光山”這樣概念的浸染影響，所以很難接受變化的社會秩序。
沒有一個地方對新政權的敵視不滿能超過奧朗-勞特人，這些河海居民在馬六甲和柔佛王國的地位，過去一直是靠與統治者的特殊關係而聯繫在一起的。有幾個部落群體宣佈“古老王室（指來自神光山）沒有了後裔，因此柔佛也就沒有了統治者”。其他人則公開聲稱，他們寧願為巨港蘇丹服務也不願為一個篡位者效力，甚至還有奧朗-勞特人將入侵柔佛的謠言流傳。儘管這些人最初對新政權很反感，但大多數人意識到他們不得不同新政權相妥協，否則就會被排除在統治集團之外，而他們已經同馬六甲-柔佛王國保持了300多年的關係。雖然多數奧朗-勞特人最後在宰相王朝恢復了他們以前的作用，但他們同新王朝的聯繫一直是脆弱而微妙的。
在柔佛其他地區，宰相譜系血統的合法性也受到挑戰。在隨後的數年間，叛亂不斷，破壞了蘇門達臘島東海岸的和平，其中包括德里、羅凱、巴圖-巴赫羅、印德拉基裡，以及柔佛所在的馬來半島上的臣屬國雪蘭莪州、巴生和林茂。這種混亂不可避免地破壞了商業發展環境，荷蘭東印度公司高興地注意到，那些尋求穩定市場的商人轉而來到馬六甲，馬六甲荷蘭人從中獲益匪淺。
除這些內部混亂外，1709年又傳來泰國大城府揮兵南下馬來半島的訊息，泰國軍隊暫時被阻擋在北大年，次年侵犯柔佛的屬國丁加奴州。對於泰國人的可能入侵，柔佛作了充分準備。幸運的是，因為越南人入侵高棉，大城府軍隊撤退了，轉而部署兵力向東進發。不過，大城府依然是柔佛國家的一個潛在威脅。因而，新政權面臨著重建一個內有分裂、外有強敵威脅國家的重任。它所採取的第一步是在蘇丹兄弟王位儲君的領導下，將首都從柔佛河遷到賓坦島（通常稱為廖內群島），這是那些奧朗-勞特人的故鄉，他們現在已經為新政權效力了。
在此，柔佛儲君開始重建一個貿易中心。利用柔佛和荷蘭人交好的有利地位，1641年雙方建立聯盟，將貿易活動從馬六甲轉移到柔佛。荷蘭東印度公司官員嫉妒地關注著廖內港，這是一塊吸引中國商船的磁石，擠滿了“摩爾人、亞眠人、英國人、丹麥人、葡萄牙人和其他國家商人”。用《珍貴的禮物》裡的話來說，“柔佛繁榮起來，不僅因其風俗習慣優雅著名，而且也因其文化享有聲譽”。
柔佛之所以在弒君事件後能夠迅速復興貿易經濟，既歸功於統治者的英明決斷，也同它有著長期從事國際貿易的經驗密切相關。廖內港口坐落在海洋交通中具有戰略地位的十字路口上，擁有以往一樣具有吸引力的環境——國際貿易市場、優良的港口和商棧中心設施、易於獲得的信用貸款，以及接待外國商人的行政機構。承襲早已確立的末羅瑜傳統，柔佛在廖內群島的新都也變成了一個重要的伊斯蘭教中心，吸引和贊助來自印度古吉拉特和阿拉伯世界的學者們。
因此，在頭二十年，宰相王朝根據既定傳統施政行事，同其先輩沒有什麼差別。在其他環境下，柔佛作為馬來-穆斯林文化的中心，其財富、地位上升，這可能彌補了新政權通過弒君方式執掌政權所帶來的不良影響。但是，叛國罪大惡極，在王國內部撕開了深深的傷口，無論多麼富有、聲望多高都無法治癒。柔佛王國出現的裂痕，很快被當地的兩個移民團體察覺並加以利用，他們是沙撈越南部的布吉斯人和蘇門達臘島的米南加保人。在馬來西亞發展史上，上述後果影響深遠。
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