漢宣帝神爵二年（前60年）漢朝設置西域都護府，正式將新疆納入中國版圖，從此之後這塊地方一直屬於中國。但是短暫的隋朝只佔領了西域東部，唐朝則將觸角直達西亞，西域處於安西都護府和北庭都護府治下。安史之亂後，中國國內大亂，藩鎮割據，互相征伐，中央對地方的控制力越來越小。到了唐憲宗元和三年（808年），大唐的安西都護府徹底淪陷於吐蕃之手。從此這塊土地就一直不屬於中國，到了清朝的時候才終於將其收復。新疆之意即為故土新歸，也有“新開闢的疆土”之意。
西域都護府設立
元朝時期，統治新疆（西域）的政權是察合臺汗國，它佔據了新疆大部分地區，只有東疆一帶才是元朝的領地。等到元朝滅亡以後，由察合臺汗國分裂而出的東察合臺汗國逐漸蠶食了元朝在東疆的殘餘領土，直接與明朝版圖接壤。明太祖朱元璋對於恢復漢唐時期的西域都護府（新疆）並不感興趣，他只是在洪武十年（1387年）派遣大將鄧愈出兵青海，招降了吐蕃，並沒有制定征討整個新疆的方略。
明朝不重視新疆應該有以下幾個方面。
第一、漢唐時期的絲綢之路已經斷絕多年，西域地區帶來的經濟效益有限。明朝不願意耗費巨大的財力出兵西域。
第二、明朝主要的敵人是漠北的蒙古各部，新疆地區（東察合臺汗國）對明朝構不成太大威脅。明朝全力防禦北方，無暇西顧。
明朝末年時，蒙古分為漠北、漠南、漠西三大蒙古勢力。準噶爾部落、和碩特部落都是屬於漠西蒙古的部落。它們遠離中原腹地，遊牧於新疆、青海地區。其中，準噶爾部發展得最為壯大，變成了強大的準噶爾汗國；和碩特部演變為了統治青藏、青海地區的和碩特汗國。三大蒙古之中，漠南蒙古已經被清朝兼併，漠北蒙古也在名義上對清朝稱臣，只有龐大的漠西蒙古各部遊離於清朝統治之外，各自為政。清朝康熙年間，受到沙俄煽動的準噶爾汗國與清朝敵對，構成了極大的威脅。
從康熙年間起，清朝不斷對西北、西南用兵。西北重兵的重點就是從甘肅、青海、內蒙抽兵攻擊新疆地區的準噶爾汗國；西南用兵的重點就是打擊吳三桂等藩王勢力。康熙、雍正、乾隆三代君主不斷往新疆（西域）用兵，才最終消滅了準噶爾汗國。乾隆年間，清朝將天山南北一帶改名為新疆。
清朝佔領新疆的時候，距離唐朝安西都護府的淪陷已經過去了一千多年之久。後來的清朝對新疆也極為重視。19世紀60年代，阿古柏等人在新疆作亂，還勾結沙俄。到同治六年（1867年）底，阿古柏以喀什噶爾為中心，成立所謂的“哲德沙爾”偽政權，自稱“巴達吾來特阿孜”（意即洪福之王）。到同治九年（1870年），阿古柏控制了整個南疆和北疆的部分地區。隨後左宗棠接連上述要求收復新疆，並不顧已是花甲之年的年老之態，毅然於光緒元年（1875年）抬棺出征，收復新疆。並以兵力做後盾，支持曾國藩之子曾紀澤在俄談判，將伊犁收回。光緒十年（1884年）11月16日，戶部奏請添設新疆巡撫、布政使各一人，除劉錦棠任巡撫外，又調甘肅布政使任新疆布政使。次日，新疆省正式建立。
左宗棠抬棺出征
清朝之所以熱衷於收復新疆，有以下幾個原因：1、佔據著新疆的準噶爾汗國已經對清王朝構成了致命的威脅，清王朝擔心準噶爾汗國與沙俄勾結起來，形成更大的隱患。2、清朝已經瓦解了漠南、漠北蒙古，北面沒有了像樣的威脅，可以騰出手來往西北擴張，不像明朝那樣因為受到漠北制約而投鼠忌器。3、清朝的祖先建州女真（滿族）原本是驍勇的漁獵民族，骨子中的擴張慾望要高於傳統的農耕民族。4、作為以少數民族入主中原的政權，必須吸取明朝因不注意周邊少數民族而亡國的教訓，因此一直十分注意在蒙古、新疆搞羈縻、懷柔政策，並將新疆納入自己的版圖。如果新疆不穩會引起多米諾骨牌效應。所以即使到了晚清那個風雨飄搖，不斷割地賠款的時代，慈禧太后依然力排眾議，支持左宗棠收復新疆，保證新疆的安全和最大的主權完整。
從漢宣帝劉詢神爵二年（公元前60年）建立西域都護府，標誌著新疆正式歸屬中國開始，一直到清朝乾隆二十四年（公元1759年），愛新覺羅·弘曆平定大小和卓的叛亂、再次將新疆歸屬於中國為止，時間跨度長達1800多年。如果到了左宗棠抬棺出徵收復新疆，時間跨度則長達近2000年。可以說，清朝平定新疆的事蹟為我國這個統一多民族國家的發展作出了重要的貢獻。
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