他在接慈禧任命後交代後事，上任兩年遇刺身亡，至今仍是懸案
在清朝歷史上，出現了一個對權力掌控欲極強的太后，她對晚清的無能要負有重大責任，此人就是慈禧。晚清爆發過很多的起義，包括太平天國、捻軍和義和團這樣的大規模起義。其中由洪秀全領導的太平軍，在當時實力強勁，一度讓清軍無法抵擋。最後慈禧下令各地團練軍，並由曾國藩一手的拉起的湘軍滅了太平軍。
可是湘軍實力太強，有些超出慈禧的預期。慈禧也不是善類，以給曾國藩封候拜將為由，拿走了他的兵權。準確的說是他主動要求的，因為他太瞭解慈禧了。就是在這樣的情況下，馬新貽上任了。
馬新貽本是山東菏澤人，此前一直都沒什麼作為，直到接到慈禧任命做兩江總督。這個官職雖說看上去沒有那些直隸總督威風，可是他所掌管的權利大，他管轄著最富的地區。上任以後也並非什麼都不會，反而表現的可圈可點。在水運和官鹽方面都大有成就，有采取了一系列的利民措施，深得百姓愛戴。
可是這樣的好官被人刺殺了，是什麼人所為？為什麼要殺他呢？也許是早有所料，他在兩年前走馬上任之初，就曾和家人說過一些關於後事的處理問題。可能他覺得現在的時局不穩定，加上他又是在兩大勢力的夾縫中升的官，不好說。兩年後果然應驗了，當日他本來是在校場檢閱部隊，完工回府的路上，還有著親兵貼身保護。結果就這樣還被人給殺了，就是直接跑到他跟前，還一邊跑一邊喊。
刺客也很豪爽，他自稱張汶祥，以前是太平軍的士兵。後來救了一個清兵的俘虜，兩人在太平軍不行了的時候，在寧波做強盜。在問他殺人的原因時，他也對答如流。說有一次他的老婆被人給搶了，他首先想到向馬巡撫報案，結果人微言輕，人家沒睬他，由此心生怨恨；還有就是馬新貽為官期間，抓了很多的以前的太平軍餘黨，其中被殺的有很多是她的好朋友；最後就是他最近在做一些違法的小買賣，可是馬新貽上任以後，實行的一系列措施都很不利，讓他活不下去了，所以才決定殺了他。
事實真是這樣嗎？誰也不清楚。民間有傳言，因為馬新貽是慈禧一手提拔任命的重臣，所以對他的事多有掩飾，然後又多有遮擋。畢竟一個權力很大的朝中命官，竟然在大街上被一個小刺客給殺了，大清朝還是要臉的。慈禧為了保護她這已經很不穩定的統治，先後調派多員朝中的重臣，並且都親自說點悄悄話。大體就是馬新貽是個好官，不管你們發現了什麼事實，都要給我編。在她的努力下，最後的結果就是張汶祥是太平軍的餘孽，而馬新貽則是一個好官，清官。
可是歷史是容不得一點沙子的，雖然有些事在正史上可能記載的很少，或者是被人刻意掩飾了。可還有很多民間的傳說，傳的人多了，他可能就不是空穴來風這麼簡單了。畢竟歷史上不乏有文人墨客會通過寫書，寫歌詞戲曲來傳唱某一事件。有很多的野史和戲曲都是這樣記載的，嘛之所以能夠得到慈禧的賞識，之所以能夠做到兩江總督，主要靠假報軍功。加上他也是湘軍的將領，正好用來制約曾國藩。
而他和張汶祥應該是結義兄弟，他就是那個被他救起的清軍士兵。然後那些兄弟再把手中的地盤拱手相讓，給他一個天大的功勞，因為他應該是給予了他們某種承諾。可是馬在立得大功以後，並沒有兌現承諾，反而看兄弟老婆漂亮，憑藉自己的權勢，一併搶去了，當然那批兄弟也都沒能逃的性命，只有張汶祥活了下來。為給兄弟和老婆報仇，他才要殺這個忘恩負義的小人，才會有今日的事件。
還有另一個版本，他們認為是曾國藩嫉妒馬新貽一上來就搶去了自己辛苦經營了數十載的成果，心中不平衡，才痛下殺手。當時慈禧也曾懷疑過曾國藩，畢竟這是她親手把人家的權力給送人的，心中有怨也正常。她問道:這事還真是奇怪呀？結果曾國藩心有餘悸的說:還真是奇怪！也許是慈禧看出曾國藩挺真誠的，不像作假，也就沒再追究。具體是不是湘軍集團一同策劃的謀殺案，到現在也不得而知。此事也被以奇案流傳至今。你怎麼看
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