长期以来，集体土地征收中，地上物补偿归对应权利人，土地补偿归村集体，是惯常做法，在各地征地补偿安置方案中也都会予以明确。这种操作是将补偿对象限制为所有权人。而实务中，很多企业主经过一系列审批，使用集体土地建设房屋，并取得房地产权证，在这种情况下，如果按照前面的做法，土地补偿归村集体，未到期的使用权益损失由土地使用权人自行承担，这对土地使用权人来说是有失公允的。本文结合一则案例，讨论征地时土地使用权人能否主张土地补偿。
2007年，上海A公司竞买取得集体企业B公司的房屋，在竞买协议中明确约定，标的仅指地面建筑物，并不包括土地。后镇政府积极请示、报批，相关部门批准A公司使用其购得房屋所在土地。2008年，A公司取得《房地产权证》，权证上土地状况为集体土地批准使用。2014年所在地区进行征收，征收单位对A公司房屋进行评估，其中房屋、土地分别估价，A公司认可评估结果，与征收单位签订拆迁补偿协议。后B公司及村委会向法院起诉，主张土地补偿应归B公司及村委会所有。法院经过审理，认为A公司依法可享有土地补偿权益，遂判决驳回诉讼请求。
本案中，B公司及村委会认为，A公司在竞拍时，被明确告知标的不包含土地，其房地产权证记载土地使用权来源为“集体土地批准使用”，故该土地使用权归属和性质均未变化。当系争房屋动迁时，系争房屋及土地使用权的价值实现了货币化，根据权利义务相一致原则，应对房屋、土地予以区分，A公司不应享有土地补偿款。
我们认为，这种观点是经不起推敲的。《土地管理法》规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。可见，集体土地依法可用于非农业建设，且经政府部门登记、发证、确权后，这种建设用地使用权，具体包括占有、使用、收益权利，应当获得保护。
土地使用权人主张土地补偿的权利基础有别于土地所有权人。一个是经过依法批准设立的建设用地使用权，一个是法律赋予的集体土地所有权，二者均有权主张各自对应的土地补偿份额，不是非此即彼的关系，更不能否认土地使用权人主张补偿的权利。举个通俗的例子，普天之下，莫非国土，国家将国有土地使用权在一定期限内转让给公民、法人、其他组织使用，提前收回土地的依法给予补偿，并不因国家是所有权人而否认使用权人的权利。换做集体土地也是一样，因此我们说集体土地使用权人依法可主张土地补偿权利。
本案的另一个重要参考意义在于，从司法角度确认了集体建设用地使用权的货币化计算方法。本案对于土地使用权是采用市场比较法进行评估，即：
集体土地使用权的价值=国有出让土地使用权价值-土地使用权出让金-其他费用（审批、办证等费用）
约合160万/亩，基本能客观反映涉案土地的真实市场价值，也使得征收更显公平公正。
这种计算方式也是我们一贯主张的，其背后的法律参照为《城市房地产管理法》。该法规定，以划拨方式取得土地使用权的，经批准予以转让房地产的，应当依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。这种参照适用方式也得到越来越多的认可。
结合集体经营性用地入市的新环境，我们认为，试点区域内集体土地使用权的价值的确定，还可以一定范围内同用途的集体经营性用地招拍挂成交价为基础，按剩余使用年限进行折算。此种方式计算的土地使用权价值更具有市场性。
实务经验及司法案例都表明，征地时，土地补偿并不是当然归村集体的，企业应当审查自身权利凭证，不要错失土地补偿这项重大权益！
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