眾所周知，“三文魚”不是某種魚類的科學名稱，而是對某類魚的商品俗稱，由於是俗稱，不同人群就會有不同理解。最初是由港澳地區的人們對英文的salmon音譯而來。最初中文的三文魚只是針對人工養殖的大西洋鮭，而後，國內鱒魚的養殖開始發展，十幾年前有些鱒魚養殖場附近地區的餐廳也以三文魚的名稱來銷售鱒魚，由於三文魚是俗稱，沒有科學定義，因此一直沿用到現在。之所以人們會對三文魚出現爭議，其原因在於，一些群體至今仍認為，三文魚只是大西洋鮭。而另一些人則認為，三文魚是幾種鮭鱒的商品俗稱，分歧由此產生。在此，把鮭魚和鱒魚的關係梳理一下。
在學術界，我們通常用“界、門、綱、目、科、屬、種”對生物進行分類。我們常見的淡水魚類如青魚、草魚、鰱和鱅都是鯉形目；我們今天討論的鮭、鱒都是鮭形目Salmoniformes。鮭形目下面又分25 個科，鮭科 Salmonidae 便是其中與我們討論的魚類（鮭和鱒）最密切相關的科。鮭科Salmonidae 又可以分成三個亞科：白鮭亞科、茴魚亞科和鮭亞科 Salmoninae，共有約220種。鮭和鱒均在鮭亞科。鮭科的分類如下：
我們通常講的鮭鱒魚類，指的就是鮭亞科 Salmoninae，英文的通用名為salmonids。如果從這個意義上講，三文魚包含了 trout 在內的整個大類，其實也是無可非議的。因此把鱒稱為三文魚（淡水/海水）也合乎邏輯。
通常，salmon 主要是指鮭科中的鮭屬Salmo 和太平洋鮭屬Oncorhynchus（又稱為大麻哈魚）中的一些種類。同樣，trout 則也主要是鮭屬 Salmo、太平洋鮭屬(大麻哈魚） Oncorhynchus中的另一些種類。鮭salmon 與鱒 trout 所包含的種類其實大部分都是重疊在相同的屬內。從這個意義上講，把鮭salmon和鱒trout作嚴格的區分，其實意義並不大，這也就是國內外都經常把它們合在一起統稱為鮭鱒魚類（salmon and trout）的原因。
通常，鮭 salmon 是指鮭屬和太平洋鮭屬中那些溯河產卵的洄游性種類，它們在河流中繁殖（產卵）淡水中生長到二齡，然後洄游到海洋中生長，成熟後再回到出生的河中繁殖，完成生命的週期。
鮭屬、太平洋鮭屬中的鱒魚多數終生生活於淡水中。但問題不是絕對的，虹鱒有兩種生態類型：即海淡水洄游型和淡水定居型。
三文魚既包含了鮭屬的大西洋鮭，也包含了太平洋鮭屬（即大麻哈魚）的一些種類。幾個相關種類之間的歸屬關係和主要區別：
常見的三文魚：包括鮭屬的大西洋鮭（1種）和太平洋鮭屬幾種（常見有6-7種）。
太平洋鮭：是多種魚類的稱呼，虹鱒是太平洋鮭屬的主要成員，與各種太平洋鮭親緣關係最近。太平洋鮭與大西洋鮭都被稱為三文魚，多數太平洋鮭屬於洄游性魚類，主要是野生。主產地為俄羅斯勘察加和美國阿拉斯加，所有這些種類就是市場上統稱的野生三文魚。
大西洋鮭：不同於太平洋鮭，僅一個種，以人工養殖為主，主要養殖地為挪威、智利、蘇格蘭、加拿大和法羅群島，屬洄游性魚類，海水養殖量大，淡水也有養殖。
儘管整個鮭科種類很多，但實際上，真正有經濟價值的種類，或在我國（和國際）市場上的常見種類其實並不多，所以不混淆也容易。
虹鱒、帝王鮭（大鱗大麻哈魚）、秋鮭（大麻哈魚）、銀鮭（銀大麻哈魚）、粉鮭（駝背大麻哈魚）和紅鮭（紅大麻哈魚）。同一行為同一種，左側為雌魚，右側為雄魚。
對於名稱以類別劃分，在國際上也是常見的，例如在美國所說的亞洲鯉魚，多數是白鰱、花鰱和草魚，鯉魚並不多。
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