寧波的伊斯蘭教清真寺源於古明州的對外開放——“海上絲綢之路”。晚唐時期，古明州開通世界海上貿易航路，明州港被列為開埠港口之一，是溝通東南亞、南亞及阿拉伯各國的主要港口。當時的海外貿易已經相當發達，書上記載，“海外雜國賈舶交至”，江廈碼頭一帶“帆檣如林”，“鎮鼓相聞”。航船從寧波港出發，經泉州、廣州繞馬來半島，過印度洋到波斯灣至阿拉伯國家，將寧波最負盛名的越窯青瓷帶入阿拉伯——波斯等伊斯蘭國家。當時，從東方的日本鴻臚館，到印度布拉明納巴德，再到非洲埃及開羅，都有越窯青瓷在那裡列市銷售。
到了北宋，明州港是當時五大港口之一，朝廷在這裡設立了市舶司（類似海關的機構），舟山、溫州諸港也在管轄範圍內，還一度規定“非明州市舶司而發往日本、高麗者，以違制論”。
《寧波港史》記載，唐宋時期，許多阿拉伯——波斯（古稱大食）等地穆斯林商人到寧波從事商貿活動，當時的政府還專門在波斯商人聚居地設置了一個“波斯館”。阿拉伯——波斯商人在經商的同時把他們信仰的伊斯蘭教傳入寧波，並在波斯館附近（今東門口日新街中百大廈附近）建造了宗教活動場所一一清真寺（舊稱回回堂，可惜後來被毀），故此處也稱為波斯巷。考古專家曾在此處發現了波斯陶瓷。
2004年3月，開明街施工現場，出土了一對中西合璧的精美石刻，可惜其中一隻被掘土機拉走了，下落不明。此石刻為大宅門廊柱基石，雕刻精美，人物豐滿，四周邊刻有石榴、壽桃、荔枝、蝴蝶之類的飾物。中間為兩軍交戰圖，左側一方有一個“神靈”助威。主畫框外，立柱旁邊站立著一個高鼻、深眼、卷鬚、纏頭的阿拉伯人，阿拉伯人身邊還有一隻看似獅子的小動物。側立面雕刻著兩位將軍和一頭大象。此類石刻實屬罕見，它是歷史上寧波與阿拉伯——波斯人民之間交住和相互交融的實物見證。經文物專家考證，此石刻可能是重建於元代的第二個清真寺遺物，所以將此文物保存在現在的清真寺裡。
據《鄞縣通志》記載：寧波市清真寺始建於宋鹹平年間（998年—1003年），舊址在城東南獅子橋北側，系來甬經商的阿拉伯——波斯商人所建。1271年—1294年，遷至城東南海運公所南側衝虛觀前（今開明街右營巷）。清康熙三十八年（1699年），又遷至月湖西畔虹橋頭後營巷重建。現存的清真寺已有300餘年的歷史，是浙東地區唯一的伊斯蘭教寺院，也是寧波在唐宋時期對外開放、“海上絲綢之路”貿易的歷史見證。
伊斯蘭教規定穆斯林禮拜時應朝向沙特阿拉伯的麥加禁寺。由於中國位於麥加聖地的東方，所以我國的清真寺基本上都是坐西朝東：清真寺的正殿坐西朝東，大門朝東開，這是本土化了的伊斯當教清真寺與佛教寺院的重要區別之一。
清康照三十八年（1699年），一名商人看好此地塊的商業價值，與當時的清真寺執事協商，出資將清真寺遷至月湖西畔虹橋頭後營巷，即現存的清真寺寺址。清乾隆四十一年（1776年），有江夢麟阿訇者，力說本郡鄉老王魁佔、馬廷元、張光祖合資改造殿庭及兩廂門房映牆，四周築以大牆以壯觀瞻。道光一十二年（1832年），有馮振川阿訇租得陳恭潔祀地若干，以充寺基。太平天國以後，寺內教務日益廢弛。直到同治八年（1689年），山東白玉清（字佩璋）阿訇來甬掌教（時年僅22歲），擔起重修清真寺的重任，具體負責的還有馬體修阿訇。民國十五年（1926年），清真寺又進行了一次大修，其資金由鄞縣商會會長、回族鄉老袁漢雲大律師捐助。據傳，當年袁母八十大壽，盡將所收禮金捐作修寺費用，以襄美舉。竣工後，雕刻碑文一塊詳載其事，可惜此碑被“文革”所毀。此次維修，其規模乃清真寺歷來之最。大殿兩廂整修油漆，四壁粉飾一新，大殿正中禮拜朝向的板壁皆刻上經文貼金，雕刻細緻，極見功夫。殿堂樓宇，經對楹聯，中文、阿拉伯文皆全，計有十餘塊之多。南北廂房相對懸掛“守真”、“養性”兩塊額，從二門進院的直廊相對懸掛“清妙元真”、“教一清真”隸書匾額二塊。其它還有“西域咫尺”、明太祖敕賜“天方至聖百字贊”、乾隆皇帝諭詣以及多幅抱柱經對，不一而足，其景極為壯觀。1953年，本郡鄉老王慶華出資十萬元（舊幣）購得陳宦祀賜地一塊計189．8平方米以充寺產。1956年，寧波遭遇特大臺風，損失慘重，清真寺大門上方兩層望月樓被毀。因當時寧波穆斯林人力、財力有限，無能恢復。幸得省城杭州鳳凰寺張云溪阿訇資助，將兩層望月樓改為一層大門修復。
文革”時期，清真寺遭受嚴重破壞。舉凡寺內歷代珍藏經書（包括清代手抄的三十本貼金古蘭經）盡數被毀，額楹聯、皇帝詔諭、碑文記事等文物古蹟慘遭刮剝，寺院被街道辦的“湖西五金合作社”佔用。1971年12月，寺院北側的地基分別被原鎮明螺絲儀表廠（後改名為寧波電扇廠）、海曙印鐵製罐廠兩家單位和三戶居民侵佔，無人敢間。珍貴文物、大好史料，毀於庸人之手，甚為可惜、可恨、可嘆！
黨的十一屆三中全會後，撥亂返正，黨的民族宗教政策得以逐步落實。市委、市政府非常重視，決定將清真寺修復重新開放。
1979年，凊真寺開始逐步落實宗教房產政策，並恢復了清真寺管理委員會，原湖西五金合作社搬出。寺院年久失修，破敗不堪。當時，由市委統戰部民族宗教事務處劉榮亭副處長出面聯繫，從江東區佛教七塔寺維修經費中劃撥8000元進行了第一次修繕。修繕工程主要是清除雜物、拆違，簡單整修破敗之處，將大門上方“回回堂”改為世界通用的“清真寺”，並雕刻了手書的阿拉伯文書法“奉普慈特慈的真主尊名”。1981年12月，被原鎮明區政府公佈為“鎮明區文物保護單位”。
1995年，寧波市政府撥款30萬元修繕清真寺，2000年，清真寺宗教政策全部落實完成。2005年底，市政府確定清真寺擴建用地方案。由於涉及月湖歷史文化街區的整體開發與保護，擴建工程遲遲沒有動工。1999年，清真寺被公佈為寧波市文物保護單位。2010年12月，被確定為浙江省文物保護單位。
現存的清真寺寺院呈長方形，建築佈局呈中軸線對稱。有大門、石柵欄、照壁、二門、平屋、天井、兩側廂房、大殿組成。大門三開間，重簷歇山頂二層樓房，佔地面積32平方米。下層為入口處，青磚拱形門，門額有磚雕“清真寺”三字，樓上為“望月樓”。進門有天井，花木草坪，左側為保存完好的清代石柵欄門，朝北。進門又一天井，東為照壁，西為五開間單簷硬山頂平屋，中間為二門，門額上方有大理石雕刻“古清真寺”（原為方磚雕刻，文革期間被毀）。兩邊房屋由浴室、衛生間等組成。穿過明間通道有月亮門接直廊進入內院，直廊兩頭分別懸掛光緒年間的匾額“西域咫尺”和乾隆年間的匾額“教一清真”各一塊。南北講堂為三開間單簷硬山頂二層樓房，佔地面積70平方米。北屋為會議、圖書室，南屋為辦公、會客室。正西方向為禮拜大殿，三開間單簷硬山頂、明間抬 梁式，坐落在一米多高的合基上，顯得高大雄偉。大殿正門懸掛“萬殊歸一”匾額一塊，此匾制於民國十五年，由原鄞縣商會會長、寧波回族穆斯林袁漢雲大律師敬題恭獻。殿內懸掛著保存下來的阿拉伯文匾額三塊。清真寺目前佔地面積780餘平方米，附屬房屋220餘平方米，另有臨時房屋420餘平方米，總計1400餘平方米。
清真寺飛簷鬥壁，青瓦素牆，小巧玲瓏，佈局合理，建築規範，既具有典型的江南園林的秀麗古樸，又體現了伊斯蘭教傳統文化的清淨素雅。進人寺內，樹木扶疏，鬱鬱蔥蔥，如入勝景。
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