处理甲申政变，袁世凯功居首位。虽然李鸿章对他自作主张的行为有些不满，但对他办事能力还是非常认可的。
那时候袁世凯可说是英姿勃发，胸怀大志。韩王李熙盛情请他在王宫的偏殿里居住，代为管理一切军政要务。这年，袁世凯26岁，虽然精力旺盛，判断力准确，但毕竟年轻气盛，与他的上司李鸿章难免有些矛盾。
袁世凯成功地处理了两场政变，对于朝鲜的局势可说比李鸿章更清楚，但李鸿章对于国际大势了解得更清楚。袁世凯根据自己的“基层工作经验”，向李鸿章提出一个“激进”的建议：他请求增派大量清军进入朝鲜，全面接管朝鲜的一切事务，以打消日俄的妄想。换句话说，袁世凯的意思是让朝鲜变成中国的一个行省。
袁世凯还总结道：“示以必战，则和局可成；示以为和，则战事必开。”看到这句话，我们不得不说袁世凯对日本人颇为了解，跟日本人对着干，他们反而敬重你、怕你，但如果向他们摇尾乞怜，他们只会侵略得更快。
然而，当时中国是四面楚歌，和法国的战争正打得不可开交。在这种情况下，李鸿章拒绝采纳袁世凯的建议也可以理解，李鸿章不想这么快和日本人翻脸。
袁世凯虽然做事相当果断，但是处理与上司和同事的关系却不是那么成熟。比如，袁世凯在平定甲申叛乱后，为了安抚被亲日派杀害的朝鲜大臣家属，居然挪用清军的军饷，还向李鸿章申请拨款填上这笔开销。李鸿章收到袁世凯的信，暴跳起来，回了一封措辞严厉的信，狠狠地把袁世凯批了一顿，让他自己填补漏洞。
刚刚出完风头，霉运接踵而至。惹恼了李鸿章不算，许多同僚，包括顶头上司吴兆有也看不惯他。袁世凯自恃功高，经常“自作主张”，而且把权力抓得很紧。吴兆有非常恼火，给李鸿章写信揭发袁世凯的“种种劣行”，比如蓄养军妓、贩卖烟土（鸦片）、贪污受贿。
这些罪行基本是诬告，后来经过调查发现，袁世凯并没有蓄养官妓、贩卖烟土的行为，至于自作主张倒可能是事实，但也是以维护清廷的利益为前提。
张謇对袁世凯也很不满。张謇是个非常有操守的儒家学者，曾经当过袁世凯的老师，在中国传统意识里，一日为师终生为父。
这袁世凯呢，个性张扬，精干的时候非常精干，但有时候也很傻很天真。他最开始尊敬地称呼张謇为“老师”、“先生”，后来混熟之后居然称呼他为“张翁”，到最后自恃自己了不起竟然称呼昔日的老师为“老兄”。张謇比袁世凯大6岁，论年龄，称呼老兄是一点也不错的，但他们之间有师生关系啊！袁世凯不喜欢那些礼仪客套，但张謇在乎这个啊！
张謇联合几个德高望重的老儒联名给袁世凯写了一封公开信，指责袁世凯不学无术，目无尊长，缺乏修养。袁世凯也是牛脾气，看到这份公开信，火冒三丈，当即宣布和张謇绝交。
正是屋漏偏逢连夜雨，日本政府给清廷施压，认为袁世凯是挑起中日矛盾的祸端，要求对袁世凯进行严惩。那时，清政府办事还行，他们派人到朝鲜调查，袁世凯早已准备好相关的材料，调查团最后认定袁世凯无罪。由于证据确凿，日本方面也无可奈何，接受一些小额赔款了事。这一回合，日本人输得很彻底，袁世凯是赢家。
虽然度过难关，但袁世凯对朝廷和官场都极为失望，那一腔热血沸腾的报国理想现在变得疲软又纠结。就这这时，袁世凯的母亲牛氏听说儿子身在朝鲜处境危险，吓出了大病，要袁世凯赶快回家。此时，袁世凯处于矛盾的漩涡，感觉处处不能自由发挥，也决定回去休养一段时间。
袁世凯向都察院左副都御史吴大澄请假，吴大澄知道袁世凯的才干，对他颇为欣赏，送别之时感慨万千。同时丁汝昌临别时夸赞袁世凯：“功成退归，君舍得开，走得出，伟人也！”
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