處理甲申政變，袁世凱功居首位。雖然李鴻章對他自作主張的行為有些不滿，但對他辦事能力還是非常認可的。
那時候袁世凱可說是英姿勃發，胸懷大志。韓王李熙盛情請他在王宮的偏殿里居住，代為管理一切軍政要務。這年，袁世凱26歲，雖然精力旺盛，判斷力準確，但畢竟年輕氣盛，與他的上司李鴻章難免有些矛盾。
袁世凱成功地處理了兩場政變，對於朝鮮的局勢可說比李鴻章更清楚，但李鴻章對於國際大勢瞭解得更清楚。袁世凱根據自己的“基層工作經驗”，向李鴻章提出一個“激進”的建議：他請求增派大量清軍進入朝鮮，全面接管朝鮮的一切事務，以打消日俄的妄想。換句話說，袁世凱的意思是讓朝鮮變成中國的一個行省。
袁世凱還總結道：“示以必戰，則和局可成；示以為和，則戰事必開。”看到這句話，我們不得不說袁世凱對日本人頗為了解，跟日本人對著幹，他們反而敬重你、怕你，但如果向他們搖尾乞憐，他們只會侵略得更快。
然而，當時中國是四面楚歌，和法國的戰爭正打得不可開交。在這種情況下，李鴻章拒絕採納袁世凱的建議也可以理解，李鴻章不想這麼快和日本人翻臉。
袁世凱雖然做事相當果斷，但是處理與上司和同事的關係卻不是那麼成熟。比如，袁世凱在平定甲申叛亂後，為了安撫被親日派殺害的朝鮮大臣家屬，居然挪用清軍的軍餉，還向李鴻章申請撥款填上這筆開銷。李鴻章收到袁世凱的信，暴跳起來，回了一封措辭嚴厲的信，狠狠地把袁世凱批了一頓，讓他自己填補漏洞。
剛剛出完風頭，黴運接踵而至。惹惱了李鴻章不算，許多同僚，包括頂頭上司吳兆有也看不慣他。袁世凱自恃功高，經常“自作主張”，而且把權力抓得很緊。吳兆有非常惱火，給李鴻章寫信揭發袁世凱的“種種劣行”，比如蓄養軍妓、販賣煙土（鴉片）、貪汙受賄。
這些罪行基本是誣告，後來經過調查發現，袁世凱並沒有蓄養官妓、販賣煙土的行為，至於自作主張倒可能是事實，但也是以維護清廷的利益為前提。
張謇對袁世凱也很不滿。張謇是個非常有操守的儒家學者，曾經當過袁世凱的老師，在中國傳統意識裡，一日為師終生為父。
這袁世凱呢，個性張揚，精幹的時候非常精幹，但有時候也很傻很天真。他最開始尊敬地稱呼張謇為“老師”、“先生”，後來混熟之後居然稱呼他為“張翁”，到最後自恃自己了不起竟然稱呼昔日的老師為“老兄”。張謇比袁世凱大6歲，論年齡，稱呼老兄是一點也不錯的，但他們之間有師生關係啊！袁世凱不喜歡那些禮儀客套，但張謇在乎這個啊！
張謇聯合幾個德高望重的老儒聯名給袁世凱寫了一封公開信，指責袁世凱不學無術，目無尊長，缺乏修養。袁世凱也是牛脾氣，看到這份公開信，火冒三丈，當即宣佈和張謇絕交。
正是屋漏偏逢連夜雨，日本政府給清廷施壓，認為袁世凱是挑起中日矛盾的禍端，要求對袁世凱進行嚴懲。那時，清政府辦事還行，他們派人到朝鮮調查，袁世凱早已準備好相關的材料，調查團最後認定袁世凱無罪。由於證據確鑿，日本方面也無可奈何，接受一些小額賠款了事。這一回合，日本人輸得很徹底，袁世凱是贏家。
雖然度過難關，但袁世凱對朝廷和官場都極為失望，那一腔熱血沸騰的報國理想現在變得疲軟又糾結。就這這時，袁世凱的母親牛氏聽說兒子身在朝鮮處境危險，嚇出了大病，要袁世凱趕快回家。此時，袁世凱處於矛盾的漩渦，感覺處處不能自由發揮，也決定回去休養一段時間。
袁世凱向都察院左副都御史吳大澄請假，吳大澄知道袁世凱的才幹，對他頗為欣賞，送別之時感慨萬千。同時丁汝昌臨別時誇讚袁世凱：“功成退歸，君捨得開，走得出，偉人也！”
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