政教之爭是中古西歐政治史一個極重要的內容。封建社會時期，西歐世俗政權與教會是並存的兩大政治力量，二者時而勾結、合作，時而衝突。封建制度確立之初，教會依附並支持世俗政權，１０世紀開始，教會的實力不斷增強，借政治混亂的有利時機，教皇開始與世俗君主展開了爭奪西歐最高統治權的鬥爭。各國君主為了實現中央集權，仍想把教會視為統治工具，“上帝之城”與“世俗之城”間因此展開了長期的政治衝突，這場鬥爭貫穿了封建社會的始終。其中，神聖羅馬帝國與教廷之間的鬥爭持續時間最長，鬥爭也最激烈。
查理帝國解體後，神聖羅馬帝國一直是西歐最強大的政治力量。從奧托一世開始，歷任皇帝在擴張領土、對抗諸侯的同時，都採取與教會結盟並控制教會的政策。奧托一世時，賜給教會大片領地，安插親信，控制了德意志境內主教和修道院院長的敘任權，同時賜給主教稅收權、刑事權、司法權等“奧托特權”。這種結盟政策既鞏固了政權，又取得了教會支持，教會也擴大了實力與影響。依照封建慣例，皇帝與境內的主教們建立了主從關係，對皇帝來說，教會成為國家機構的一個重要組成部分，主教是國家的官吏，為君主服務。為了報答皇帝賜予的采邑與特權，在同封建領主鬥爭中，主教們同意派遣軍隊協助國王。因此在德國，“主教作為王室軍隊的長官並不稀奇”，利用教會封建軍隊的支持，奧托一世打敗了反叛的世俗諸侯，這與西歐其它國家有明顯的不同。但帝國的權力是建立在控制教職委任權基礎之上的，這種情況為後來爭奪主教敘任權的鬥爭埋下了伏筆。
控制德意志教會後，為了鞏固這種成果，皇帝想進一步控制駐節意大利的教皇，爭奪意大利也就成為神聖羅馬帝國的一貫方針。意大利經濟上的富庶與政治的四分五裂，便利了德國封建主的入侵。１０世紀時，皇帝先後奪得意大利北部倫巴底和南部原拜佔廷領地的統治權，亨利六世時又從諾曼人手中奪取了西西里，除教皇國外，整個意大利都臣服了。甚至歐洲的普洛旺斯、勃艮第、瑞士、奧地利、波希米亞、摩拉維亞、波蘭都成為帝國領土的組成部分，如此龐大的領土無疑刺激了皇帝建立歐洲霸權的野心，也使教皇成為掌中的玩物。到１１世紀中葉時，神聖羅馬帝國不僅控制了德意志教會，也左右了教皇，加強了皇室的威信與權勢，帝國發展成西歐、南歐、中歐實力最強的一支政治力量。處於這個強鄰包圍中的教皇國則朝不保夕，岌岌可危。
西羅馬帝國滅亡後，為了自身的生存和發展，基督教會也在不斷尋求新的保護力量。從克洛維皈依基督教起，教會與法蘭克人結成了聯盟，雙方互相勾結產生了教皇國，從此，教皇既是宗教領袖，又是世俗君主，權勢與威望大增。９世紀初誕生的查理帝國似乎為教會提供了一個保護傘，但查理大帝僅僅把教皇當作他國土上的一位首席主教來對待，而不是作為一個獨立的政權，因此，在查理曼強大的王權壓力和“柔情擁抱”之下，教皇幾乎陷於窒息的地步。查理大帝死後不久，他的帝國便告解體，西歐重新陷入動盪之中，教會也失去了靠山。從９世紀末起，教皇地位每況愈下，逐漸成為意大利貴族和羅馬黨派爭奪權力鬥爭中的政治足球，１０世紀初，教皇的職任甚至長期被羅馬貴族西奧菲拉克特及其兩位聲名狼籍的女兒所操縱，恰逢阿拉伯人、匈奴人對意大利不斷騷擾，使教皇的威望降到了極點。為擺脫這種局面，９６２年，教皇又把“羅馬人皇帝”的稱號獻給了實力強大的德意志君主以求保護，開始受控於神聖羅馬帝國（以德意志為主）皇帝。從這一時期的教會發展史中，不難看出，由於自身力量尚未完全獨立，教會和教皇一直依附於世俗政權並受世俗政權控制。
１０世紀中葉後，教會內部掀起了一場旨在改革教會腐敗、加強教會組織紀律、反對世俗君主授任神職的克呂尼運動，才使教會的威信與教皇的聲望有所恢復。尤其是改革中湧現出一批傑出的教會政治家，他們極力反對世俗封建主把持教會職務，鼓吹嚴守教規，要求調整教會與國家之間的關係，強調教權至上、教權高於王權。這對現存的政教關係是個極大的衝擊，也引發了教會與神聖羅馬帝國間爭奪權力的鬥爭，這場鬥爭在１１世紀和１３世紀出現了兩次高潮。教權與政權的爭執主要集中於兩點，一是關於主教敘任權問題，二是爭奪西方最高統治權，圍繞這兩個問題，雙方展開了長期的爭論與鬥爭。主教敘任權，即高級神職人員由誰來任命。在封建制度下，神職包括教會和世俗兩方面的權力，故神職人員的任命也就成為雙方關注的敏感問題。這一問題的爭論早已存在，直到１１世紀才由此引發出一場尖銳的衝突。
教會改革派認為，既然教會是由耶穌基督創立的，教會的主教及修道院長自然應由教會人士選舉或任命，不該由俗人操縱。德國的實際情況卻相反，君主不但任命主教，還授予主教權杖和精神統治的象徵——戒指。神聖羅馬帝國的君主們強調其做法與君士坦丁大帝及查理大帝並無區別，只是傳統的延續，是合情合理的，教會不應對此提出異議。政教雙方對此爭執不休的主要原因是這一問題涉及到各自的經濟和政治利益。據統計，德國掌握在教會手中的土地幾乎達到總數的一半，比例之大，在其它國家是罕見的。一旦主教們解除了臣服和效忠世俗君主的義務，王室賴以生存的來自教會的收入與控制的地區就會大大減少，依賴教會的帝國行政管理制度也會相應削弱。所以，廢除世俗授職權對神聖羅馬帝國的威脅最大。德皇亨利四世認為教皇戈利哥里七世“踐踏了傳統，干涉了國家事務”，想把王權置於教皇權之下，因此對教會的主張進行堅決的抵制。
授職權之爭的實質還是由誰來統一和治理歐洲。皇帝宣稱君權神授，鼓吹上帝不僅賜給他們世俗統治權，同時還授予他們教會管理權，教皇的加冕表明了教會對這種權力的承認。所以，堅持政府在世俗事務中有絕對權威，只承認教會在精神事務上有絕對權威。這些觀點自然不被教會改革家所接受，教皇戈利哥里七世認為政府必須聽命於教會，教皇是上帝的代言人，“唯有教皇一人有權制定新法律，有權任命主教，一切君主應吻教皇的腳”，教皇甚至“有權利認可或否認人民在某種情況下選舉的統治者”。要擺脫歐洲的政治分裂與混亂，唯一的出路就是政府放棄一部分權威，承認教皇為他們的共同宗主。雙方各執己見，互不相讓，結果在１０７６年，亨利七世屈服了，他赤足披毯，到意大利北部的卡諾莎城堡，向教皇請罪，求得了教皇的寬恕，保住了皇位，穩定了國內政局。直至１１２２年簽訂的沃姆斯宗教協定，規定主教和修道院院長的任命必須得到教皇和皇帝雙方的認可，才達成了妥協，延續了幾十年的政教之爭暫告結束。教會雖然沒有徹底制服君權，但至少也可以與皇帝平起平坐了，教俗的力量對比處於暫時的平衡狀態。
此後，衝突並沒停止，到１３世紀再一次出現了激化。這一時期的羅馬教皇明顯加快了與帝國政權鬥爭的步伐，鬥爭的目的是想進一步擺脫皇帝控制，建立一個以羅馬為首的“世界教會帝國”。英諾森三世當選教皇后，不僅繼承了教權至上論的衣缽，而且清楚地表達了他的野心。在就職演說中，英諾森三世宣稱：“羅馬教皇實際上不是普通的代理人，而是真正的上帝的代理人，教皇的職位看來是神聖的，它是萬王之王，萬主之主，主交給彼得治理的，不單是整個教會，而是整個世界。
卡諾莎事件後，神聖羅馬帝國也在努力恢復１０世紀時對教廷的控制局面。紅鬍子腓特烈一世重新控制了主教的委任權，為進一步支配教皇和西歐基督教國家，他發動了六次對意大利的軍事遠征，然而均以失敗告終。軍事手段未奏效，他又企圖用外交手段來箝制教皇。１１８６年，腓特烈通過兒子亨利的聯姻關係獲得了西西里和南意大利的全部統治權，控制了意大利的南北兩端，形成了對教皇國的包圍之勢，這是權力慾極大的英諾森三世不願承認的事實。為擺脫不利處境，英諾森又與神聖羅馬帝國展開了持久的較量：先是利用意大利人的民族情緒，煽起驅逐德國勢力的運動，在羅馬涅、拉文那、斯保萊託、阿西西等地推翻了德國人的統治，把德國勢力趕出了意大利北部和中部，並把這些地區置於教皇統治之下。英諾森還插手德國事務。亨利六世死後，圍繞德國王冠歸屬問題出現了角逐，英諾森唆使霍亨斯陶芬家族的腓力普與威爾夫家族的奧托爭鬥，挑起了德國內戰，坐收漁人之利。在內戰期間，他派出了大批主教和神父，拿著一些所謂的丕平和查理大帝贈送的地區和城堡圖，要求在這些地方兌現主權。在德國政局不穩、意大利出現無政府狀態的情況下，英諾森趁機佔領了意大利的梅迪納奇、蒙傑韋利·奧、馬革爾達的全部領地，教皇的觸角甚至延伸到那不勒斯及亞平寧的富庶地區，最終確立了教皇國的疆土。英諾森還趁亨利六世之子腓特烈二世年幼之機，擔任了西西里王的監護人和攝政，徹底擺脫了四面受困的尷尬處境。
英諾森在位的十八年間，左右了德國政局，排擠了德國在意大利的勢力，還制服了歐洲許多國家君主，使教皇勢力發展到中世紀的鼎盛時期。然而，被英諾森扶持的腓特烈二世成年後，既繼承了神聖羅馬帝國的帝位，也繼承了帝國的教會政策，努力恢復其父亨利六世時皇帝所擁有的光榮與威嚴。腓特烈二世自幼在西西里長大，意大利秀美的自然風光使得他不願意在德國居住，因為德國“城鎮泥濘，窗戶狹長，森林和城堡黑暗”，正是由於這一原因，他疏於對德國進行治理，甚至不會說德語，他的目標是在意大利先建立中央集權國家，進而恢復昔日羅馬帝國，使羅馬成為整個西方世界的政教首都。為達到這一目標，腓特烈對德國封建主採取放任態度而全力制服教皇。這一點又與教皇的獨佔意大利政策發生了尖銳的對立，教會因此把他列為最大的敵人，使用了包括開除教籍等各種手段，甚至發動十字軍討伐腓特烈，與之兵戎相見，引發了１３世紀教皇與德皇的最後一次鬥爭。
神聖羅馬帝國與教會之間的鬥爭歷時二百多年，雙方雖偶有力量的消長，但最終結果卻殊途同歸。帝國直到１３世紀初時仍很強大，教會在１３世紀也達到了發展的頂峰階段，但從１３世紀後半期起，帝國與教會都開始由盛轉衰，鬥爭的結果是兩敗俱傷，沒有最後的勝利者。意大利政策是神聖羅馬帝國的一貫國策，每個皇帝都對意大利流露出統治野心。教皇雖說無心統一意大利，但出於自身利益的考慮，對意大利事務十分關注，反對任何以德國或意大利為中心實現統一的企圖，防止身邊出現強大的力量。由於教會始終不懈的反對和北意大利新興城市力量的抵制，最終宣告了意大利政策的失敗。自奧托一世到腓特烈二世，神聖羅馬帝國皇帝從未真正控制過意大利，未設立具體的管理機構，僅僅滿足於意大利權貴和主教們動搖不定的效忠，每任皇帝繼位後都要重新確立對意大利的統治權，因而這種統治極不穩固。１０世紀時北意大利城市興起後，各城市又成為反對德皇、爭取自治的重要力量，它們組成聯盟對抗入侵者，所以帝國在意大利的統治僅侷限於對北部的遙控。在整個中世紀時期，儘管德皇冠以“羅馬帝國皇帝”的稱號，實際上所謂的神聖羅馬帝國直到１９世紀初崩潰為止，基本上保持著德國的形象。
可以說，神聖羅馬帝國的意大利政策收效甚微，然而不斷的對意大利用兵以及同教皇的鬥爭卻牽制了德皇大部分精力，放鬆了對國內的治理。為取得國內力量的支持，德皇不斷賜予教俗封建主種種特權，導致了地方王公權力的膨脹與分離主義的加強。與教皇鬥爭的失利，更加削弱了德國王權。腓特烈二世死後，中世紀德國的強大已成為歷史，尤其是１２５４年康拉德的去世，德國出現了被席勒稱為“無主恐怖的時代”之大空位現象。這時的德國，沒有公認的君主在位，為諸侯掠奪王室土地及鄉村土地創造了有利條件，七位實力較強的教俗封建主還被授予選舉國王權力，成為選帝侯。德國實際上沒有國家存在，沒有國會，沒有一個城市成為國家利益的中心，也沒有一種法律能通行全國，各地仍保持著各自的習慣法。在這種政治混亂的情況下，德國逐漸採取了聯邦和不健全的君主選舉政體，形成了德國自１４－１９世紀末立憲結構的政治特點。政教之爭中帝國失敗的悲劇，註定了德國６００年中不得統一，恢復昔日帝國的傳統更無從談起了。
教會在與世俗政權的鬥爭中，穩步地發展起自己的實力。卡諾莎事件是政教間第一次劇烈的衝突，沃姆斯協定劃分了教俗雙方的權限，教會從此在宗教事務上擺脫了世俗權力的控制，這對教會來說是一個關鍵性的勝利。表面上看來，從１１世紀的授職權之爭、發動十字軍討伐伊斯蘭教徒、到１３世紀政教間的大規模衝突及神聖羅馬帝國的解體，每一事件都顯示了教會力量的不斷增強，提高了教皇的地位。不難看出，在教會勝利的外表遮蓋下，實際上是教會威信的普遍下降和政治地位的日漸萎縮。
１１－１３世紀的教皇，如戈利哥里七世、英諾森三世、戈利哥里九世、英諾森四世等，畢生為實現教權至上論而深深捲入強權政治中難以自拔，這無疑削弱了他們在精神領域中的領導作用。戈利哥里七世與亨利四世的鬥爭，大大加強了對整個教會的中央集權統治，鞏固了教皇的絕對權威。為此，樞機主教達米安稱他是“神聖的魔鬼”。英諾森三世在使教會稱雄西歐方面貢獻最大，但時人對他的評語卻貶多褒少，一個拜佔廷人說他“不像是彼得的繼承人，更像是君士坦丁的繼位者”。甚至一些教會人士也抱怨他太像國王而不像神父，認為他難逃地獄之刑。教皇肩負的國際宗教事務使命，逐漸從屬於地方的政治利益，因而教皇在歐洲基督徒心靈中的地位“緩慢地、幾乎難以察覺地消失了”，這恐怕是熱衷於政治鬥爭的教皇們所始料未及的。
發動十字軍的指導思想是把歐洲人聯合在宗教旗幟下，與非基督教徒鬥爭，同信仰異端的基督徒作戰，這促進了歐洲精神上的統一，“上帝的士兵”們取得的戰果也抬高了羅馬教廷的威望。但在１３世紀，十字軍的進攻對象發生了變化，一是進攻信奉同一宗教的拜佔廷帝國都城君士坦丁堡，一是征討曾由教皇親自加冕成為皇帝的腓特烈二世及其繼位者。教會宣稱，曾高舉十字標誌解放巴勒斯坦的人，若參加對抗腓特烈二世，就能享受十字軍的所有特權。這既為當時的教徒所不解，也降低了十字軍的神聖意義和教皇的神聖性，這一切都導致了教會威望和權力的削弱。
１２５４年，神聖羅馬帝國的霍亨斯陶芬王朝被教會傾覆了，威脅教會的德國君權消除了，但德國君權的削弱並不意味著教會從此便可高枕無憂了。此時，英法兩國迅速崛起，加強了王權，尤其是法國，很快成為德國教會政策的繼承者。１４世紀初，教皇權力受到了法王腓力四世的挑戰並一敗塗地，教廷也從羅馬遷到法國南部的阿維尼翁達７０年，受制於法國王權。從這個意義上講，長達２００多年的政教之爭，德皇與教皇都被拖得精疲力竭，二者都從各自發展的巔峰跌落下來。
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