清朝與朝鮮發生聯繫，還要從滿洲興起的時候說。
當初，滿洲八旗還沒有入關的時候，被稱為後金，在東北的白山黑水肆意征伐，所到之處一一臣服，朝鮮半島也不例外。
清太祖努爾哈赤於1616年建立後金政權後，開始發動了大規模的對明戰爭。然而，由於明朝與朝鮮的傳統的宗藩關係，朝鮮就成為了後金發動對明戰爭中的一大心患。後金為解除這個“後顧之患”，在1627年1月14日，派出了阿敏貝勒率領3萬名後金兵，對朝鮮發動了第一次征討。由於朝鮮戰敗，最後與後金簽訂了“江都會盟”。規定朝鮮以後要年年向後金進貢。
到了1636年春天，朝鮮派出使臣李廓、羅德忠去瀋陽，正好趕上皇太極稱帝。朝鮮使臣被迫參加了參賀典禮。
當時，由於朝鮮還奉大明為正統宗主國，因此，使臣裡李廓等人，不肯向皇太極行下跪大禮，皇太極周圍的侍衛於是就野蠻毆打朝鮮使臣。
這件後金羞辱朝鮮使臣的事件發生後，朝鮮國內諸大臣群情激憤，認為忍不可忍。以吳達濟、尹集、洪翼漢等為首的主戰派，甚至彈劾以崔鳴吉、李敏求等為首的主和派，朝鮮上下也是紛紛要求對後金開戰。
1636年2月，朝鮮仁祖國王拒絕接見後金使臣，並向朝鮮各地下達了宣戰諭文，表達了與後金決戰之意。
對朝鮮態度的變化，皇太極威脅說：“爾國若不於十一月二十五日前，入送大臣王子,更定和議，則我當大舉東搶去雲”。
但是朝鮮決戰之意已定，對此未予理睬。
於是，皇太極在1936年1月2日親率12萬大軍從瀋陽出發，發動了對朝鮮的第二次征討。對此，朝鮮史稱“丙子胡亂”。
1636年，滿洲的八旗鐵甲進入了朝鮮半島，把朝鮮的議政大臣李淏和哥哥昭顯世子李溰、弟弟麟坪大君李濬都俘虜到了盛京瀋陽，當了很久的人質。這對於朝鮮來說，是奇恥大辱。
在滿洲在東北興起的時候，朝鮮的李朝政府都把滿洲看做是犬羊夷狄，私下稱清帝為“胡皇”，稱清使為“虜使”。除對清朝的公文賀表之外，一切內部公文，包括王陵、宗廟、文廟祭享祝文，仍然用崇禎年號。《仁祖莊穆大王實錄》，在明亡前用崇禎年號，在明亡後用干支紀年和國王在位年號。在仁祖之後的歷代朝鮮國王《實錄》，只書干支紀年和國王在位紀年。記載朝鮮李朝宗室譜系的《璇源系譜》中所載的李淏即位年份，即為“崇禎後乙酉”。至於私人著述，直到清末，仍有人書寫崇禎年號，以至竟然有“崇禎後二百六十五年”的紀年。
當時朝鮮君臣深受儒家思想影響，認為：“我朝三百年來，服事大明，其情其義，固不暇言。而神宗皇帝（明神宗萬曆皇帝朱翊鈞）再造之恩，自開闢以來，亦未聞於載籍者。宣祖大王所謂義則君臣，恩猶父子，實是真誠痛切語也”。
所謂再造之恩，是指在大明神宗皇帝期間，派兵幫助朝鮮擊退日本的入侵，保全了朝鮮的國家完整和統一。
說實在話，為了明朝，李朝孝宗真的是一心一意的想幫助光復。他在朝鮮積極倡議北伐。出兵中國，聲討滿洲，恢復大明的統治。他對當朝大臣們說：“群臣皆欲予勿治兵，而予固不聽者，天時人事，不知何日是好機會來時。故欲養精兵十萬，愛恤如子，皆為敢死之卒，然後待其有釁，出其不意，直抵關外，則中原義士豪傑，豈無響應者！”。
有的大臣擔心：“萬一蹉跎，有覆亡之禍，則奈何”，孝宗大義凜然的說：“以大志舉大事，豈可保其萬全也。大義則明，則覆亡何愧，益有光舉於天下萬世也。且天意有在，予以為似無覆亡之虞也”。
完全是一副士為知己者死的做法。
為了北伐，孝宗採取了多項措施，擴軍備戰。駐漢城的都城御營廳軍由7000人增加到21000人。禁軍由600名增加到1000名，全部改編為騎兵。御營廳增加了大炮攻堅部隊，還計劃將守衛漢城的訓練都監軍增加10000名，御營廳軍增加20000名。但是，由於財政困難，未能實現。
1642年(清崇德七年)秋，由於洪承疇等明朝叛臣、降將的告發，朝鮮幾年來暗通明朝的實際情況真相大白：“閣臣崔鳴吉、兵使林慶業等潛通明國，私書往來。明國船至，曾饋送銀幣、人參、米穀，且彼此交相貨易。”
聽到了這樣的消息，皇太極極度憤怒，他有一種被欺騙的感覺，在議政大會上，皇太極甚至後悔的說：“當初還不如把朝鮮國滅掉，我們自己來管理呢。”
於是，皇太極派出了第三次查使：清使固山額真英俄爾岱、戶部承政車爾格、內院大學士剛林、學士羅碩等攜朝鮮世子進駐朝鮮的鳳凰城，命令朝鮮將領議政崔鳴吉以下朝鮮大臣押送鳳凰城待審。
結果崔鳴吉等朝鮮大臣被判有罪、押解至盛京瀋陽囚禁，朝鮮將領林慶業則逃往中國南方，告密者李珪則被朝鮮國王搶先密旨處死。
後來，清帝又派羅碩等人帶著親筆詔書到朝鮮，追問林慶業的下落，並追究國王擅殺李珪之罪。反清派大臣被送上了囚車，上了械具，送往瀋陽囚禁，同時被囚禁陽的還有林慶業的兄弟家屬等人。
崇德八年(1643年)春，清帝再次派遣戶部啟心郎布丹等前往朝鮮，公佈查案結果。布丹等至朝鮮後“宣諭百官”，“次諭都民”，並沿途向朝鮮官民宣諭大清的皇敕，“蓋彼中重其事之意也”。
這次查勘歷時長達半年之久，是清朝派往朝鮮歷次查勘使團中動作最大的一次，給朝鮮王廷極大的震撼，形成了人人自危的局面。
在清朝強力的壓迫下，朝鮮與明朝反目成仇已成定局。是年秋，明朝軍船再次接近朝鮮時，朝鮮這次是“不接話、不給糧、不許近岸”，又“與之交戰”，並將“生擒九人”解往瀋陽，為清廷所嘉許，對朝鮮押送官賞賜“視舊例倍之”。就連當年朝鮮年祭所用的“祭文與祝帖”，也因仁祖“密教”而改奉大清正朔。
連續3次派遣“查勘使團”，延續4年之久，對朝鮮王廷的壓力是很大的，朝鮮“義理派”屢次受到沉重打擊，以後再也不敢公開發表反清言論了，清朝與朝鮮的關係就在這樣的情況下逐漸走向了穩定。一直到了1683年，清朝統一臺灣，南明殘存勢力滅亡，影響中、朝、日關係的不確定因素消失。作為實際行動綱領的朝鮮北伐計劃，壽終正寢。
現在看來，當初朝鮮沒有介入中國的朝代迭替，也沒有鋌而走險聯合日本渡過鴨綠江入侵中國大陸，冒犯正處於全面上升和旺盛時期的新興大清王朝，真是朝鮮的大幸，否則很可能是朝鮮被大清吞併，朝鮮國不復存在。
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