1948年至1949年初，国民党当局分三批共2972箱将故宫文物运抵台湾，而“中研院史语所”、“中央图书馆”及“中央博物院”等的文物精品也随之而行。其中，故宫文物有65万件，包括书画器物精品7万多件，其余为书籍、档案。运抵台湾的故宫文物虽仅是小部分，但多为精品。除了《富春山居图》，最为知名的隔海分离文物还有：
《快雪时晴帖》
《伯远帖》
“三希堂”法帖
王羲之之侄王珣的《伯远帖》、王羲之之子王献之的《中秋帖》在北京故宫，王羲之的《快雪时晴帖》在台北故宫博物院。
“三希堂”法帖指的是王羲之的《快雪时晴帖》、王献之的 《中秋帖》、王珣的《伯远帖》。乾隆皇帝酷爱书法，于是在自己卧室旁专门设置了一间小暖阁，用于珍藏3幅代表了中国书法艺术最高水平的名帖，以供他随时观赏。后来此阁被乾隆皇帝亲自命名为 “三希堂”，而藏于此阁内的《快雪时晴帖》《中秋帖》《伯远帖》就被后人统称为“三希堂”法帖。王羲之侄子王珣的《伯远帖》、王羲之之子王献之的《中秋帖》现在北京故宫，王羲之的《快雪时晴帖》现存台北故宫。
《快雪时晴帖》随故宫文物南迁来到了台北故宫博物院。而《中秋帖》和《伯远帖》早年流出北京故宫，1951年现身香港拍卖市场。周恩来总理得知消息，批示立即成立“香港秘密收购小组”，终以50万元港币的价格将《中秋帖》与《伯远帖》带回北京。从此，“一希”在台北，“二希”在北京，隔海相望。
《清明上河图》
《清明上河图》故宫藏本
真迹在北京故宫，清院本在台北故宫博物院，明代仇英所绘的《仇本清明上河图》在辽宁省博物馆。
国宝一体分置两岸:《清明上河图》台藏9个版
《清明上河图》乃中国十大传世名画之一，是北宋画家张择端存世的仅见的一幅精品。《清明上河图》生动地记录了中国12世纪城市生活的面貌，这在中国乃至世界绘画史上都是独一无二的。
《清明上河图》真迹在问世后的800多年里，一直是帝王权贵巧取豪夺的目标。它曾经5次进入宫廷，4次被盗出宫，演绎出许多传奇的故事……《清明声名显赫，广受青睐，仿摹者众多。有人统计，现存《清明上河图》有30多版本，其中内地藏10余个版本，台湾地区藏有9个版本，光是台北故宫博物院就藏有8个版本。不过最著名的是以下3个版本：
第一个版本作者张择端，现藏于故宫博物院，所以被称为《清明上河图》故宫藏本。
第二个版本是吴门四家之一，明代著名画家仇英，根据“清明上河”这一题材，参照“宋本”的构图结构，以明代苏州城为背景，重新创作了一幅全新画卷，风格与宋本迥异。“仇本”也是后世众仿作鼻祖，被称为仇英仿本，现藏辽宁省博物馆。如今互联网上流传的很多关于《清明上河图》的全景图片其实便是这个版本的作品。
第三个版本是在乾隆元年(1736年)由清宫画院5位画家陈枚、孙祜、金昆、戴洪、程志道合作画成，可以说是按照各朝的仿本，集各家所长之作品，再加上明清时代特殊风俗，因此增加了许多丰富的情节，是画中极精之作。这个版本现存于台北故宫博物院，被称为清院本《清明上河图》。
《满文大藏经》
《满文大藏经》在清代又称《国语大藏经》，它是清代继《四库全书》之后又一巨大的文化工程，刻竣于乾隆五十五年(1790年)。《满文大藏经》是以汉文《大藏经》及藏文《甘珠尔经》为底本，翻译、刊刻而成的佛教典籍总汇，代表着清雕版印刷及装潢的最高水平，是“康乾盛世”的产物。
《满文大藏经》共印制了12部，至今仅有一部复现于世，不过数万片梨木经书与108函印本俱全，其中32函庋存台北故宫，经板与76函藏于北京故宫。
《四库全书》
文渊阁本在台北故宫博物院，文津阁本在国家图书馆，文溯阁本在甘肃省图书馆，文澜阁本今藏浙江图书馆。
《四库全书》于清乾隆年间编纂，从1772年开始，经10年编成。作为中国古代最大的一部官修书，也是中国古代最大的一部丛书，它分经、史、子、集四部，故名四库。该书共收录古籍3503种、79337卷、装订成36000余册，保存了丰富的文献资料。
《四库全书》完成至今的200多年间历经沧桑，多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军火烧圆明园时被焚毁；文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被毁；杭州文澜阁藏书楼1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌，所藏《四库全书》散落民间，后由藏书家丁氏兄弟整理，才抢救回原书的四分之一，于1881年再度存放入修复后的文澜阁；文澜阁本在上世纪二十年代又有一次大规模修补，目前大部分内容已经恢复。因此《四库全书》今天只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾地区，现藏台北故宫博物院(也是保存较为完好的一部)。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏甘肃省图书馆。文津阁本于1950年调拨到中国国家图书馆，这是目前唯一一套原架原函原书保存的版本。而残缺的文澜阁本则藏于浙江省图书馆。
《自叙帖》
唐代怀素的《自叙帖》独具“珠椟合璧”的涵义，当年因日军侵略，故宫文物管理人员曾以为暂避一时战火就会平息，只带走了帖册，而将由珍稀木材制作的椟匣留在了北京，现在帖藏台北，匣藏北京。
成周铃
成周铃是一对仅存的西周早期有铭文的青铜乐器，传世仅两件，一件阳文的藏于北京故宫，一件阴文的藏于台北故宫。
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