為滿足北京市中心至城市副中心早晚高峰通勤需求，京投公司旗下北京城市鐵路投資發展有限公司積極發揮北京市郊鐵路建設、運營平臺的主體作用，在中國鐵路北京局集團的大力支持下，通過調整北京西站與北京站地下直徑線的運行時分，壓縮北京站、北京東站停車時間等方法，自2018年7月1日起，將副中心線北京西站至通州站部分車次運行時間從48分鐘壓縮至39分鐘，北京站至通州站運行時間由28分鐘壓縮至23分鐘，進一步提升中心城區至城市副中心快捷通行能力。新列車時刻表自2018年7月1日起實行。
北京城市副中心線：全長29.6公里，設北京西、北京、北京東、通州4座車站。每日開行北京西（北京）站至通州站市郊列車4對，其中早間開行北京西（北京）站至通州站3列、通州站至北京西站1列；晚間開行通州站至北京西（北京）站3列、北京西站至通州站1列。
副中心線“京通號”採用CRH6A型城際動車組，具有運量大、速度快、快速乘降、運行平穩、節能環保的特點。為尊重市民出行習慣、注重市民出行體驗，城市副中心線設置了實名制市郊鐵路一卡通卡、中鐵銀通卡、鐵路磁質客票三種票卡供市民選擇，使用實名制一卡通乘車的乘客可享受累計優惠政策。
交通接駁上，目前北京西站、北京站周邊地面公交及軌道交通網絡比較完善，均可以滿足市郊鐵路乘客換乘需求。為方便市郊旅客快速乘降，城市副中心線在北京西站和北京站還設置了乘客專用通道，實現快進快出。
此外，“京通號”上還安裝了車載PIS和WiFi系統，乘客可免費上網，並通過車載PIS系統收看新聞類節目信息。
其他運營線路：
除副中心線外，我市已運營的市郊鐵路還有S2線和懷柔-密雲線。
懷柔-密雲線：線路起自黃土店站，終至古北口站。先期停靠黃土店、昌平北、懷柔北3座車站，長度79公里。黃土店站可與地鐵霍營站換乘。
S2線：線路起自黃土店站，全長108.3公里，停靠黃土店、南口、八達嶺、延慶、康莊、沙城6座車站。黃土店站可與地鐵霍營站換乘。
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