崇祯元年七月,崇祯召见袁崇焕，听取其对付后金的意见。当时，袁说，给我五年时间，辽东外患可平，全辽可复。崇祯听了十分惊喜。
但一旁陪同的兵科给事中许誉卿心存疑惑，事后，他问袁：你有什么胸有成竹的方案吗？袁却回答：聊慰圣心耳。也就是说，他只是宽崇祯的心。许大惊，他说，皇上英明之极，你岂可浪对？到时按期责功，你怎么办？
这时，袁崇焕才感到后悔。当崇祯再次召见时，袁崇焕立即对五年计划提出了相当的条件：第一是要户部保证钱粮；第二是要兵部保证武器；第三是要吏、兵二部保证给他用人上的主动权。 
对这些近乎苛刻的条件，崇祯一一应允，并进一步赋予了袁崇焕便宜行事之权，赐给他先斩后奏的尚方宝剑。正是用这把尚方宝剑，袁崇焕处死了毛文龙。
当时，毛文龙坐镇于皮岛。皮岛又称椴岛、东江，是位于渤海中的一座长十五里、宽十里的岛屿，它与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈三足鼎立之势。
毛文龙原是杭州的一个无业游民，三十岁时经其舅推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升任到副总兵。此后，他率军进驻皮岛，利用该岛的交通条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛“遂称雄镇”。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守后，皮岛的战略意义更加突出。
应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷——包括对政事一向不感兴趣的天启——都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：“建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处著手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。”也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
但坐镇一方时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙本人，的确由于久镇一方而变得骄横不法。
其一，他几乎把皮岛驻军变成了毛家军——军中担任要职的，大多是他的子侄或义子；
其二，他虚报兵额二十万，其实不到五万，其他十几万人的军饷，大多数落入私囊；
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，并且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。京城期间，钱龙锡和袁崇焕谈天，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之。
不难看出，驱使袁这样做的，当然不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，草率地加以戮杀，袁崇焕何其失策也。
袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他派官员到皮岛对毛文龙进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯诉苦，但崇祯态度含糊，不肯表态。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是“不可用”，不可用如何处置呢，那就是像他和钱龙锡说过的那样：杀之。
袁崇焕以阅兵为名，于崇祯二年六月深入皮岛。当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁当即煽动——毛文龙手下将领大多姓毛，有的是毛文龙子侄，有的是改姓依附——袁当着毛的面说：你们都姓毛，是出于不得已。像你们这样的好汉，哪里用得着这样。我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸。你们受我一拜吧。
毛文龙手下将领对袁崇焕一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大抵如此。就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪，这十二大罪真正沾得上边的不过二三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。 
当天，毛文龙即遭斩首于帐前，死在他苦心经营了十年的皮岛。毛的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。处死毛文龙后，崇祯接报后大为震惊，史书上说他是“意殊骇”——虽然此前他赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕竟然在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名独当一面的高级官员，这不仅是越权，简直就是擅作威福。
然而，崇祯也有他的苦衷，既然他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么，追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙人已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。
也就是说，当崇祯迫不得已地下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽诺言。如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路，因为不要说五年平辽，即使五年内守住辽东，不让后金势力进一步渗透都得打大大的问号。
袁崇焕在请出尚方宝剑斩首毛文龙之前，当着众人的面向着京师的方向叩首请旨：臣今天诛毛文龙以严肃军纪，将领中再有如毛文龙者，必将同样处置。臣五年不能平奴，求皇上也像臣斩毛文龙那样斩臣吧。
后来的事实证明，袁宗焕不仅被崇祯所杀，而且比毛文龙死得更为悲惨。
史家谈迁总结说，袁崇焕杀毛文龙乃是：“适所以自杀也”
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