北平淪陷後，國民政府已是自顧不暇，對於故宮博物院更是無暇他顧，除極其重要的文物南遷外，故宮的日常維持、留守人員的生計都來不及安排。只是受前院長馬衡的委託，由原總務處長張庭濟全力支撐危難的困局。
淪陷期間，按日本佔領軍的要求，北平各機關單位都要由日本人當頂頭上司的顧問，進駐該單位。但故宮博物院以故宮不是機關單位為藉口，頂住壓力，從始至終沒有讓一個日本人插手院務，這不能不說是淪陷時期的一個奇蹟。
分析其中原因，主要有三：其一，日本人武力佔領中國大片領土和重要城市後，氣焰囂張，意在滅我中華，珍寶器物順理成章被看成囊中之物，被定義為“外府”收藏，從而引起國人的廣泛抵制與反抗；其二，與當時一大批正義清廉的社會名流、知名學者的關心支持密不可分，比如朱啟鈐、葉公綽、陳垣等。他們大都是原北洋政府的高官、知名學者、史學教授，在社會上有一定的影響力，通過各自的手段，有的是門生，有的是師生關係等與日本人虛與委蛇，竭力交涉，始終不讓他們插手；其三，就是單士元等一批留守人員精誠團結，同仇敵愾，誓死與故宮共存亡。
1944年，北平的漢奸組織“獻銅委員會”搞“獻銅”運動，敲鑼打鼓的運動涉及千家萬戶，故宮這樣的單位也同樣不能倖免。當時故宮博物院的主事者祝書源雖然是偽政權派來的，但也曾是朱啟鈐的老部下，對這個獻銅運動並未積極響應，並提出故宮中的銅物件不是一般的銅器，不能交出去。儘管以此為藉口拖延了很長時間，但最後沒有開放的殿院的銅缸和銅燈罩、座還是被劫走了百餘個。至今，我們看到某些殿院只有石座而沒有銅缸，就是那個時候被劫走的。
1945年8月15日日本投降後，沈兼士作為接收要員來到北平，對故宮的文物進行了清點與接收，結論是：淪陷期間，由於留守職員的盡心盡責，院藏文物和古建築均未遭受嚴重損失，因此對他們進行了表彰。
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