咳嗽的主要病因一是外感寒邪，皮毛為肺之合，皮毛受邪則從其合內傳與肺；二是內有寒飲停聚，因肺脈起於中焦，寒飲食入胃，則循肺脈上至於肺，內外之寒合併傷肺，致使肺氣失調，宣降失職，上逆而為咳。咳嗽的主要病變在肺，但其他臟腑的病變也可影響到肺而發生咳嗽。
肺咳：因肺為髒之長，心之蓋，受百脈之朝會，其他臟腑發生病變均可波及到肺，導致肺氣上逆而咳。
脾咳：脾居中焦，為肺金之母，後天之本，氣血生化之源。若脾失健運，痰溼內生，上犯於肺，壅阻肺氣，肺失宣降而導致咳嗽、咯痰、胸脘脹悶，且脾氣虛弱則可見到食少、便溏、乏力等。
腎咳：肺司呼吸，腎主納氣，若腎氣虧損，失攝納之權，氣不能歸納於腎，而上出於肺則咳喘、氣短，因腎主五液，腎虛不能溫煦氣化，水泛成痰則咯痰清稀；且腎咳尚且會伴有夜尿頻多，腰膝痠軟等腎虛症狀。
心咳：因心主血，肺主氣，氣為血之帥，血為氣之母。肺主宣發肅降和“朝百脈”，能促進心行血之作用。若患者久病心氣不足，血行不暢，影響肺的宣發和肅降，肺氣上逆故可見咳嗽；且心咳尚且會伴有心悸氣短等症狀。
肝咳：若肝失條達，氣鬱化火，氣火循經上逆犯肺，肺熱津虧，肺失肅降，氣逆而咳；木火刑金，煉液成痰，故痰黏難咳；且肝咳尚且伴有口苦心煩，胸脅脹痛等。
五臟咳嗽經久不愈，按臟腑表裡相合的關係傳與六腑。《素問·咳論篇第三十八》曰：“五臟之久咳，乃移於六府。脾咳不已，則胃受之，胃咳之狀，咳而嘔，嘔則長蟲出。肝咳不已，則膽受之，膽咳之狀，咳嘔膽汁。肺咳不已，則大腸受之，大腸咳狀，咳而遺矢。心咳不已，則小腸受之，小腸咳狀，咳而矢氣，氣與咳俱失。腎咳不已，則膀胱受之，膀胱咳狀，咳而遺溺”。從五臟咳和六腑咳的臨床症狀來看，五臟咳是初期階段，是以各髒經脈氣血失常為主要病機，以咳多兼“痛”為主要表現。六腑咳是咳久不愈的後期階段，是病情的進一步發展，影響到人體的氣機運行和氣化活動，表現出氣虛下陷，不能收攝的病機特點，以咳多兼“洩”為主要表現。但肺與大腸相表裡，故大腸傳導功能正常有助於肺的肅降，若大腸實熱，腑氣不通，亦可導致肺氣上逆而咳喘。經文下面所說“五藏各以其時受病，非其時，各傳以與之，人與天地相參。”其實歸根結底也是“五藏六府皆令人咳，非獨肺也”。因為不同季節有不同的異常氣候，但都可影響相關臟腑而波及肺致咳，說明五臟相對應季節時邪的易感性，反映出四時五臟的發病觀念。這一觀點對臨床辨證論治咳證具有指導意義，如林佩琴所說：“以四時論之，春季咳，木氣升也，治宜兼降，前胡、杏仁、海浮石、瓜蔞仁之屬；夏季咳，火氣炎也，治宜兼涼，沙參、花粉、麥冬、知母、玄參之屬；秋季咳，燥氣乘金也，治宜清潤，玉竹、貝母、杏仁、阿膠、百合、枇杷膏之屬；冬季咳，風寒侵肺也，治宜溫散，蘇葉、川芎、桂枝、麻黃之屬”。除此四季之咳外還有地域之咳，工作環境之咳等。
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