秦穆公是個抱有稱霸野心的國君，不僅霸西戎，霸關中，還對霸中原投入了極大的熱心和精力。他將興修的宮殿稱為“霸城宮”，又將關中的雍水改名霸水，以彰霸名。在晉文公統治之前，秦穆公極力干預晉國君的廢立，其目的就是希望通過自己扶持起來的國君而控制晉國，以實現稱霸區域乃至稱霸天下的野心。
晉與周同族。周初，成王滅掉唐國，將其幼弟虞封在那裡，稱為“唐叔虞”，這就是晉國的始祖。唐叔的兒子晉侯燮父遷到晉水之旁，才改號曰“晉”。進入春秋後，晉國曾長期發生內亂，共鬧了六七十年，至公元前678年，才由曲沃武公將晉統一起來。當晉國內亂之時，秦正忙於在關中地區同戎、狄作戰，無暇外顧。因此，那時秦與晉沒有直接接觸。
晉國統一後，國勢日強，公元前655年，晉獻公借道虞伐虢，反過來再伐虞，晉國吞滅了虞、虢兩個小國。晉獻公趁秦國無暇東顧之時，搶先佔領這裡，意義十分重要。虢、虞處於秦國東向的出口：虞扼茅津，虢據函殽，是秦國出關的重要孔道。晉滅虞虢，就封死了秦東擴的出口。此時，秦穆公雖已即位，但關中基業未固，晉獻公也剛剛平定內亂，所以兩國基本保持友好往來，沒有發生戰爭。
公元前656年，秦穆公娶晉獻公的女兒穆姬為夫人。這位穆姬就是晉國當時的太子申生的姐姐、夷吾、重耳的異母姐。晉獻公又將滅掉虞國後擄來的百里奚，作為秦穆夫人穆姬的媵送至秦國。通過聯姻，密切了兩國關係，鞏固了秦、晉內部統治。但當秦、晉內部穩定之後，需要向外擴張之時，這種姻親關係又成了互相干涉的最方便口實。
公元前651年，晉獻公死後，其寵姬的兒子奚齊繼位。晉國大夫克里、丕鄭等聯合起來殺死奚齊，準備立獻公的另一子重耳為國君。但另一方大夫荀息，則將驪姬生的另一子卓子立為國君。於是，裡克等又把卓子和荀息殺掉，晉國暫時出現了混亂無君的局面。這時，秦穆公應逃亡在外的夷吾之請，將其護送回國，是為晉惠公。秦穆公答應幫助夷吾當然是有條件的，夷吾也承諾：若能立為晉君，就將晉國的河西八城割給秦。秦穆公了解到夷吾與大臣克里等不合，這對秦是有利的，他希望晉國君臣不合、內亂迭起。因此，他積極地派兵護送夷吾回國繼位。
然而，夷吾繼位後，立即背約，不割河西八城與秦，僅僅派丕鄭到秦致謝。丕鄭到秦後，卻為秦穆公出謀劃策：殺死為夷吾幫兇的大臣呂甥、郤芮，扶持晉公子重耳歸國。秦穆公心有所動，但尚未操作，不料丕鄭回去後事洩，被晉惠公殺掉。丕鄭之子丕豹懷著殺父只恨逃到秦國，鼓動秦穆公攻打晉國。秦穆公認為晉惠公能夠殺掉丕鄭，說明他還沒有失眾，“失眾，焉能殺？”基於這樣的判斷，秦穆公決定暫不出兵，等待時機。之後幾年，秦晉沒有發生戰爭。
公元前648年，晉國曾發生饑荒，向秦國救援。秦國君臣之間發生過爭論：公孫枝和百里奚主張輸糧與晉，但丕豹卻認為，趁晉有災之際，正是進攻的好機會，主張不輸糧。最後，秦穆公採納了公孫枝等人的意見，向晉國送去了大批糧食。秦穆公的想法是，我雖與晉國有仇，但那裡的民無罪，況且天災的發生在各國是常有的事情，幫助受災的人解除饑荒是人道，不可以廢道於天下。
然而，秦穆公十四年，秦國因為鬧饑荒，乞求晉國救濟糧食，晉國不僅沒有救濟，反而想趁機立即伐秦。秦國發生饑荒的次年，晉國準備出兵攻打秦國，但還沒有等晉國出兵，秦穆公就主動率兵迎擊，深入晉國的韓地（山西河津、萬榮間）。晉惠公也率軍來到韓地，雙方擺好陣勢，準備決戰。此時，秦國軍隊人數雖然比晉國少，但同仇敵愾，上下一心，鬥志高昂，而晉國的軍隊內部矛盾重重，人數雖多，但士氣低落。九月，秦晉兩國軍隊在韓原展開激戰。一開始，由於晉軍兵多將廣，將秦軍團團圍住，連秦穆公都被包圍。晉大夫梁由靡等截住秦穆公的去路，眼看秦穆公就要被擒。就在這危急時刻，突然從秦軍中出現一股生力軍，奮勇向晉軍衝殺。結果，不僅救了秦穆公，而且將晉軍殺得落花流水，並生俘晉惠公，秦軍大獲全勝。
俘獲晉惠公後，存在著是放還是殺兩種意見。在周天子和秦穆公夫人的勸說和施壓下，以及秦穆公也認為秦國還不具備吞併晉國的實力，若殺掉晉惠公，只會更加激起晉對秦的更大仇恨，對秦不利，於是秦穆公決定釋放晉惠公回國，與晉講和。當年十一月，晉惠公被放回國。就在這一年，晉國又發生災荒，秦國再次給晉國運去糧食，從此兩國重歸於“好”。
秦雖與晉暫時和解，但實際並未放棄控制和操縱晉國企圖。秦放回晉惠公是有條件的：其一，以晉惠公的太子子圉為人質，留在秦國；其二，割河西八城給秦。秦國得到晉國的河西八城，其領地就擴展至黃河西岸，在地勢上更容易深入晉國內地。太子圉質於秦，秦穆公為了牢固地控制他，還給她在秦娶妻。這樣，在晉惠公歸國當政的數年中，秦對晉的威脅更大了。
秦穆公二十二年（公元前638年），晉惠公的太子子圉偷偷地逃回了晉國。原因是子圉聽說自己的父親晉惠公病重，擔心自己在秦國當質子會失去繼位的機會，於是搶著回國。第二年，晉惠公病故，從秦國逃回晉國的子圉被立為國君，他就是晉懷公。秦穆公對晉懷公非常不滿，其原因：一是晉懷公是拋棄秦穆公的女兒秦嬴，偷偷跑回晉國繼位的；二是作為人質偷逃，是違約行為。既然秦穆公認為晉懷公相當可惡，決定找人取而代之。此時，晉惠公的兄弟重耳在外流亡近二十年到達了楚國，長期的流亡在外的重耳是一個合適的人選。
於是，秦穆公派人到楚國迎來了重耳，並把他被晉懷公拋棄的自己的女兒再嫁給重耳，雖然重耳開始婉言謝絕，但是，斟酌再三，最終還是把她娶回來了。重耳是子圉的叔叔，娶了子圉的妻子，就是娶了自己親侄子的妻子。王立群先生說，有人說是亂倫，但在當時並不在意這些，歷史上真正重視婚姻中的輩分是宋代之後的事情。
重耳娶了秦穆公的女兒，並且向秦穆公保證：取得君位後，要向流水朝東一樣，朝事秦君。獲得了秦穆公的好感和信任，於是秦穆公對重耳回報重禮，堅決支持他回國繼位。重耳回國後，在一些大臣支持下，將懷公趕跑，奪得了君位，是為文公。文公即位後，又派人把逃在高粱地方的懷公殺死。這時，惠公的舊臣呂甥和郤芮卻密謀殺害文公，幸有寺人披向文公告密，文公估計自己在國內實力尚不夠充足，就跑出國，在王城與秦穆公相會，以求得到庇護。呂甥、郤芮等這時尚未發現文公逃走，就放火燒掉王宮，等到得知文公並不在宮內之後，呂甥、郤芮等就追至河上。秦穆公用計把這兩人誘來並殺死，才重新派兵三千護送重耳回國。這一次，由於除掉了重耳的政敵，國內較為安定，所以秦穆公就把在秦為重耳娶的夫人也一併送回。從此以後，在晉國就開始了文公的統治。
秦穆公扶持重耳奪取君權，原是企圖使晉受控於秦。然而，事與願違，在晉文公的統治時期，秦國卻不得不追隨晉國，充當晉國助威的角色。晉文公是一位英主，在城濮之戰中大敗了強大的楚國，迅速成為一代霸主。面對晉文公治理下迅速強大的晉國，秦穆公首先採取全面合作態度。
一是協助晉文公解決周襄王時的內亂。周襄王的異母弟王子帶聯合判臣，借用戎狄的軍隊發動叛亂，周襄王被迫出逃到鄭國，史稱“王子帶之亂”。周襄王派人向晉、秦求助，秦穆公帶領軍隊，協助晉文公，把周襄王護送回都，殺掉王子帶。二是秦穆公十三年幫助晉文公圍鄭。晉文公攻打鄭國主要出於私怨。當年晉文公流亡到鄭國，鄭國國君對重耳很不友好，重耳對此耿耿於懷，因此他為晉文公後便討伐鄭國，以雪此仇。恰好，城濮之戰，鄭國站在了楚國的陣營，這給晉文公一個極好的藉口。面對晉、秦兩個大國的圍困，鄭國決定派出使者燭之武遊說秦穆公。燭之武縋城而下，面見秦穆公，曉以利害，“亡鄭厚晉，於晉而得矣，而秦未有利。晉之強，秦之憂也”，並進一步解釋說，“夫晉，何厭之有？既東封鄰，又欲肆其西封。不闕秦，將焉取之？”。秦穆公恍然大悟，馬上與鄭國訂立了盟約，而且派了三位將領幫助鄭國防守，自己才撤兵。秦穆公突然撤兵，晉文公無奈，也只得撤兵。
兩年後，晉文公去世。晉文公剛去世，晉、秦就發生了爆發了殽之役，結果秦全軍覆沒，西乞術、白乙丙、孟明視三員大將被俘。之後，秦、晉又發生了彭衙之戰，秦再遭失敗。這兩次失敗，使秦穆公進一步認識到晉國實力尚存，而秦國還需深化改革，切實加強政治、軍事、經濟建設，於是，“增修國政，重施於民”，軍隊戰鬥力倍增。條件基本具備後，秦穆公三十六年（公元前624年）夏，秦穆公親率秦軍大舉伐晉，史稱王官之戰，秦軍佔領了王官及臨晉、平陽間的小邑郊。王官之戰以後，時隔一年，晉軍又出兵攻取了秦國邊境的元裡之新城，但並沒有改變晉國的劣勢。
在晉文公統治之前（公元前636年至前628年），秦穆公力圖控制晉國。晉文公統治晉國時期，晉國勢日強並稱霸中原，秦不能操縱晉，反而為晉所利用。在晉文公去世後，晉國勢日衰，秦又逐漸有壓倒晉國之勢。災春秋數百年間，儘管秦國勢力有時很強大，並曾數次戰勝晉軍，但其基本勢力範圍，始終沒有越出函殽以西。
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