諸多記載表明，朱由校登基之後對自己的弟弟一直都呵護有加，天啟二年八月二十三日，朱由檢被封為信王，仍住在原來的勖勤宮。兩兄弟相隔不遠，關係也和往常一樣親近，甚至於還有過這樣的傳說：一天朱由檢找自己的哥哥玩，迷迷糊糊的就問出了一個大逆不道的問題：“皇兄，你這個官讓我做成嗎？”
按理說，朱由檢這番話立刻就可以被蓋上一個意圖謀反的帽子。但天啟皇帝朱由校卻絲毫不以為意，反而笑呵呵的對著這個比自己小五歲的弟弟說：“當然可以，等我幹幾年，就讓你幹！” 雖然這樣的傳說是否屬實實在無從考證，但從側面卻可以看出一些端倪，首先作為帝國元首的朱由校實在是一個半調子皇上。其次，此時的信王朱由檢也確確實實還是一個毛孩子，否則就是刀架到脖子上，他也萬萬不敢提出這樣的問題。 但無論真相如何，在皇兄的照顧之下，信王朱由檢雖然沒有什麼權利可言，但生活還算不錯，而真正讓他成長起來的則是養母東李的死。 天啟元年，司禮監秉筆太監王安在政治鬥爭中敗下陣來，先是被充軍，接著就被自己的昔日小弟魏忠賢活活整死。緊接著魏忠賢又和奉聖夫人客氏結為對食，皇宮大內儼然成了他們倆的私宅。天啟二年三月，魏忠賢又在宮中訓練武裝太監，組織起了九千多人的武裝，每次出宮都是盔明甲亮，氣派得如同帶兵打仗的大將軍。 天啟三年十二月，魏忠賢以司禮秉筆太監的身份提督東廠，掌握了生殺大權。隨後便是對東林黨人的全力絞殺，朝野之間頓時腥風血雨。
而在魏忠賢打造自己政治黑手黨的同時，他的對食奉聖夫人客氏也在宮中揮起了大棒，將自己的眼中釘肉中刺一一剪除。 天啟帝選侍趙氏，因違客氏之意，被逼自盡。 裕妃，被幽禁在別宮，絕其飲食，最後被活活餓死。 馮貴妃被活活打死。 皇后張氏，因多次在皇帝面前說魏忠賢和客氏種種荒謬之處，最後被人暗算而流產，從此不能生育。 後宮中的明爭暗鬥，讓朱由檢心驚膽顫，而對於客氏和魏忠賢他也是避之不及。對於這些接二連三的恐怖事件，已經慢慢長大的朱由檢保持著足夠的冷漠，從不發表任何看法，只是和養母李選侍在一起時才會多少提及、議論一些。 然而躲避並不能帶來最終的安全。由於養母性格寬厚，所以在皇宮中人緣頗佳，這讓客氏非常嫉恨。在兩人的幾次接觸中，李選侍又都對客氏的拉攏視而不見，這種潔身自好的高姿態作法無疑是在自找麻煩。客氏雖然沒有什麼藉口將李選侍治罪，但卻可以百般刁難、肆意侮辱。這樣一來，東李即便再有韌性、再心寬氣和，最終也被搞得積鬱成疾，沒過兩年便撒手歸天。 養母之死，對朱由檢來說，是一次巨大的打擊。在此之前他相信冥冥之中天道無親。但如今，殘酷的現實告訴他，這世界只有陰暗的角逐。過往的一幕一幕迅速在他眼前滑過，他再一次對自己所處的世界產生了巨大的懷疑。一方面，他在心中狠狠的記住了魏忠賢和客氏這兩個罪魁禍首，另一方面他也對身邊所有的人都不再抱有任何幻想！
歷史在這時將一種扭曲的人格牢牢的加諸在了朱由檢的靈魂深處。他開始學會隱瞞自己的真實想法，開始學會自我保護。他把大把大把的時間用在讀書學習上，並且開始關心帝國的政治走向和民間的生活、輿論。甚至還推辭了皇兄賜給他的地租銀兩，理由是“邊境多虞，軍費甚匱。” 此時，他或許已經明白，一個空殼式的信王其實毫無價值。 天啟七年，十八歲的朱由檢迎來他人生中第一次婚禮。二月，皇后周氏進宮，信王朱由檢渾渾噩噩的完成了所有的程序，接著便稀裡糊塗入了洞房。洞房花燭夜，朱由檢仔細的端詳著自己的妻子，他不曉得在未來的日子裡，這個女人的身上是將爬滿客氏的陰狠還是閃爍著養母的光輝。對於女人，他早早的就沒有了多大興趣，不過是傳宗接代而已。
按照明朝的法理，親王成親之後就不能繼續住在皇宮，於是搬出紫禁城已經勢在必行。但令人尷尬的是，此時的朝廷國庫空虛，大量金錢都被投入到遼東的軍隊建設上。別說是建一座氣勢恢宏的全新王府，就是改裝一座也是非常困難。於是內官監太監李永貞上疏提議，把原惠王居住的王府簡單裝修一下，改成信王府算了。這種安排對於一個親王來說無疑是在有些寒酸，但是朱由檢並無異議。首先他很明白，以帝國的現狀而言確實難以拿出大筆銀兩為他修建府邸。另一方面，他也明白，住什麼樣的房子並不是他能作主的。好在自己終於可以離開那個詭異莫測的皇宮，所以雖然場面寒酸，但在心裡總是開心多於悲傷。而此時當他灰溜溜的走出皇宮時，他並未想到，一個屬於他的時代已經慢慢靠近了…
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