莆田市湄洲岛上的妈祖庙，最早建于宋雍熙年间，距今已有一千多年的历史。关于这座世界上最早建立的妈祖庙，民间流传着一个富有传奇色彩的故事。
据说，北宋雍熙四年九月初九，林默羽化升天后，百姓为了纪念她，就在岛上立祠奉祀。那时的庙宇虽只落落数椽，但前来烧香膜拜的有不少。
有一年春天，大商人三宝押着一船贵重的货物，要运往达罗国。因天气恶劣，商船就停泊在湄洲湾里过夜。
第二天，云开日出，三宝决定起锚启航。临出发时，船碇好像被什么东西粘住似的，怎么也拔不起来。水手下水去起船碇，吓了一跳，原来是一只大海龟，死死压在船碇上，赶也赶不走。
水手急忙爬上船，禀报三宝说：“老爷，有一只大海龟压住船碇，不让我们开船呢!”
三宝觉得惊奇，说：“今天遇上这等奇事，也许是神明启示我们，不日海上还有风暴呢，咱就在这里歇息数日再走吧。”
他们又在港湾歇了三天，果然海上又起风暴，风力很大。波浪滔滔，十分惊人。三宝计算了航程，大吃一惊!如果那天没有海龟挡住，那一切都完了，全部财物将沉入大海，损失不堪设想，必定财丧人亡，劫难难担。
三宝越想越奇，就去问当地老人，问他们此方有什么神最灵?老者回答说：“湄洲岛上的神女最显。”
三宝和伙计们买了香烛、三牲，登上湄洲山，到“通贤神女”祠里烧香许愿：
“神女有灵，此香为证，若能保佑我等平安返航，当重修神庙，再塑金身。”说罢，又行了三跪九叩之礼，把3炷香线香插在祠前的石缝中间。
三宝从湄洲回到船上时，大海龟才离开船碇。于是他们就放心起锚启航。商船飘洋过海，一帆风顺。后来，三宝在达罗国经商三年，发了大财。回来时，大船已装满了金银财宝。
三宝的船一进湄洲岛，就想起当年海龟压碇的事，也记起当年烧香许愿的事。他急忙带着伙计，特地登上湄洲岛去答谢神女。他们来到神女祠前，感到很奇怪，原来，三年前的3炷香，已经化成3株不知名的奇树。这天，正是林默的生日，树上枝叶茂盛，繁花万朵，奇香扑鼻，粉蝶缭绕于前，翩翩起舞。
三宝当即叫人找来几大箱银宝，捐献给神女祠，吩咐说全部用于扩建妈祖庙。于是，一座富丽堂皇的妈祖庙就出现在湄洲岛上。
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