南宋、元朝期間，關羽的神位沒有太大變化。明朝初年，朱元璋更是廢掉關羽的王爵封號，直接貶成了前將軍、壽亭侯（朱元璋無知，把漢壽亭侯錯當成漢，壽亭侯了）。
一直到萬曆年間，萬曆皇帝非常崇拜關羽，他直接敕封關羽為協天大帝，幾年後更追封關羽為伏魔大帝。
那麼，在萬曆年間究竟發生了什麼，以至於萬曆皇帝對關羽如此厚愛？
其一，阻止張居正謀害高拱高閣老。
在當下的觀念中，張居正乃是救時良相，不過，在明朝人的觀念中張居正卻是一代奸相。像明朝大儒王世貞就評價說：“器滿而驕，群小激之，虎負不可下，魚爛不復顧。”
當然，張居正生前死後譭譽不一，歸根究底還是在萬曆皇帝身上，另外，朝廷反對派的抹黑，以及張居正本人的跋扈，都是重要原因。
張居正受命輔政時，一心把其他大臣扳倒，於是設局陷害高拱。當時，據說張居正曾到關羽廟求籤，神簽上說：“才發君心天已知，何須問我決狐疑。”意思是張居正所作之事有違天道，希望張居正懸崖勒馬，不要再做。
可是，張居正並沒有改悔，繼續命人構陷高拱。就在宣判之日，原本是晴天烈日，忽然刮來一陣大風，黑霧升騰處，落下許多冰雹。
眾人都道是關王大怒，方才降下冰雹，彰顯冤屈。
這件事情更被傳得神乎其神。高拱一派自然抓住這件事情大做文章。
後來，張居正被扳倒，萬曆皇帝下令徹查張居正，果然發現了張居正許多劣跡。作為早早預言張居正惡行的關羽，自然被高拱一派、被萬曆皇帝看重。
其二，彰顯神蹟幫助朝廷擊敗意圖分裂的四川土司。
萬曆年間，四川有個大土司名叫楊應龍，他自詡實力強大，起兵叛亂。
當時，那楊應龍佔據天險之地，負隅頑抗，官軍死傷許多。後來，主帥郭子章得關羽託夢，告訴他山中小路，得以繞路攻擊反賊老巢，結果大敗賊兵。
其三、佔據東南亞一代的荷蘭人侵擾明朝邊境，關羽顯靈，將荷蘭海船掀翻。
其四、倭寇侵擾海疆，關羽顯靈，指引明軍大敗倭寇。
其四、在潞河顯靈，斬殺青魚精。
其五、在虎丘顯靈，將在關王廟撒野的百姓劈死。
在《關聖歷代顯聖志傳》所記載的32件關羽神蹟中，幾乎有近一半發生在萬曆一朝。可以說，上到宰輔大臣，下到普通百姓，都紛紛聲稱看到了關羽顯靈。無論是高層利用關羽打壓政敵，還是民間百姓一廂情願，愚昧無知，都可以看出，朝野之間對關羽的崇拜已然成為一個潮流。
故此，萬曆皇帝敕封關羽為協天大帝、伏魔大帝，也就很好理解了。
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