在亨利八世的强力支持下，英格兰舰队有了稳步发展，不但舰队的数量上去了，更是采用了当时先进的船舷开炮口的技术以增加火力。在之后亨利八世的儿子和女儿执政时期，海军没有得到明显发展但是依然保持着之前的规模。
这种稳定在之后的伊丽莎白一世时期有了改变。约翰·霍金斯（John Hawkins 1532—1595），既是一个商人和水手，又是一名英格兰海军，也是一个航海家冒险家，但更确切的说法是他是一个海盗。事实上那个年代，海盗和海军之间并不矛盾。霍金斯出生于一个商人世家，他的家族专业从事海上贸易活动。到了他这一辈，更是参与了当时流行的奴隶贩卖的罪恶勾当。主要方式就是从非洲地区像打猎一样抓捕奴隶到船上，然后远洋过去到新开发的美洲，将奴隶卖给在美洲的庄园主等金主以赚取暴利。但是这个买卖冒犯了当时海上霸主西班牙的垄断地位，西班牙并不喜欢有他国人士来抢他们的生意，因此从官方途径向伊丽莎白一世告状。或许出于对此种恶劣行径的鄙视，又或许忌惮于西班牙的实力，女王开始有意无意的避开霍金斯之类的奴隶贩子。但最后还是利益驱使，当负债300万英镑的伊丽莎白得知奴隶贸易的巨额利润后，女王开始秘密投资霍金斯，将自己一艘700吨的海船“卢卑克的耶稣”号折合为4,000镑股份投资于他的船队。而霍金斯不负众望，通过奴隶贸易给女王带来了巨额利润，伊丽莎白甚至颁发了奖章奖旗给霍金斯以表扬其“丰功伟绩”。但最后，霍金斯的贸易活动还是导致了西班牙和英格兰的直接冲突。
英国海军 奴隶贩子 改革者霍金斯
霍金斯得到的奖励
1577年，由于他的“丰功伟绩”，霍金斯他接替了他岳父担任海军财务官职务，开始了对英格兰海军的一系列改革。在以霍金斯和他的表弟弗朗西斯·德雷克（Francis Drake，1540-1596）为主的航海冒险家的实战经验下，霍金斯建造了一批新的战船，拥有着速度快，行动灵活等优点。并且霍金斯认为以炮战为主的新的打法才能使海军有更大威力，而当时海战还是以靠拢敌船并登上甲板进行刺刀战为主（脑补加勒比海盗打斗场面）。因此，一种新型的反冲小、发射快、射程也更远的火炮被发明了出来并安装到战舰上。1588年，由于英格兰新型战船的优良性能和天气的帮忙，英格兰战胜了神话般存在的西班牙无敌舰队。这也是英格兰海军历史上的辉煌一刻。
在伊丽莎白一世之后的詹姆士一世，采取了收缩海军的政策，不但不断削减海军的预算，甚至对北非来的巴巴里海盗的打击也绵软无力，导致海军再次衰弱。其子查理一世虽然试图再次发展海军，但是由于查理一世和议会之间爆发了长期的英国内战，也未能再次让海军辉煌，直到1649年查理一世被
奥利弗·克伦威尔（Oliver Cromwell）处死。英格兰开始了其短暂的共和阶段，克伦威尔成了英格兰的实际统治者。
女王 伊丽莎白一世
克伦威尔对海军的发展有过很大的推动，著名的《航海条例》就是新政权颁布的，它规定来往英国和其殖民地的生意必须由英国船只进行运输，这就触犯了当时的新兴海上霸主荷兰，直接导致了后来的英荷战争。
肯梯斯诺克海战（Battle of the Kentish Knock），荷兰在损失了两艘战船后就由于内部政治原因撤退了。这使得英国错误的认为暂时荷兰人不会来犯，便分散了兵力去地中海，在多佛尔海峡只留下了42艘战舰。1652年12月10日70多艘荷兰战舰再次来犯，力量悬殊的一战使得英国战败。战后海军上将罗伯特·布莱克（Robert Blake）发现，很多当时被政府租用的武装商船其实存在着严重的出工不出力，有些武装商船的舰长就是船东本人，为了不让自己的财产被打坏，一旦有危险的时候，这些被租用的舰长就努力逃跑，因为他们担心自己的船被打坏后政府没有钱来赔偿。为了重整军纪，布莱克主导了一次调查，将有逃跑行为的舰长都抓进了监狱。
护国主 克伦威尔
这应该可以被认为从海盗到海军的正式蜕变，从此海盗海军不再是同一类人。而在这之前的海战中，双方其实更像是两伙海盗在打群架。1653年4月8日，布莱克正式颁布了海军发展史上两个历史性文件，包括保持队形并遵从上级指挥；各舰船都必须尽力与其队长保持一线队列前进等等的海军规范条例和战术条例。
英国海军 海军上将罗伯特布莱克
在达格尼斯海战两个月后，荷兰舰队再次护送商船队通过英吉利海峡。在整顿过军纪和重新集中力量后的英国海军奋勇出击击败了荷兰人。虽然荷兰人的商船队通过了英吉利海峡，但是荷兰人的舰队损失了近10艘，另外还有近50艘商船被击毁。而荷兰人回去之后却称再次打败了英国，但其实英国的战损只有3艘战舰以内。
英国开始挑战荷兰的海上霸主的苗头已经出现。
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