太平天國爆發以後，主要是在南方活動，經常是水路並進，打得清政府節節敗退。曾國藩創辦團練的時候，就考慮到了這一點，他不僅訓練陸軍，而且還有針對性的組建了水師。
組建水師，在當時有很多湖南將領都曾經構想過，比如江忠源、又比如郭嵩燾，但他們都沒有能力變為現實，只有曾國藩才有機會將湘軍水師變現。然而，擺在曾國藩面前的困難也不少，當時的湖南人不會造炮船，也沒有水師操練的經驗。
內部沒有人才，就從外部引進，曾國藩的思路相當明確。他從廣東廣西招募到了褚汝航、夏鑾，這二人雖然是江蘇人，但在兩廣多年，深得造船操練之法。因此，湘軍水師組建的重任就放在他們身上了。
然而，這兩人又帶來了另外一個問題。他們只有少量的兩廣兵，更多的水兵還是曾國藩在湖南招募的。由於語言不通，他們根本無法指揮湘軍，而且湖南兵也經常和兩廣兵發生衝突。
曾國藩為了解決這個問題，決定讓湖南人擔任自己的水師官員。他沒有直接任命那些紙上談兵的書生，而且仔細耐心的從基層發掘人才，最後提拔了二人，除了以後威名大振，成為湘軍四大首領的彭玉麟外，另一個就是楊嶽斌。
楊嶽斌原名叫做楊載福，是一個最底層的排工。曾國藩認為他做事認真，談吐頗有見地，決定提攜。但是他發現楊載福這個名字居然和同治（載淳）、光緒（載湉）名字相沖突，為了避諱，則讓他改名做楊嶽斌，希望他如同岳飛一樣文武全才。
這時候，從兩廣又來了兩位將領，分別是陳輝龍和李孟群。這樣，湘軍水師的實際上有六名指揮官，其中前四名都不是湖南人，只有第五的楊嶽斌和第六的彭玉麟是湖南人，威信較高。
在湘軍水師組建之初，並不順利，屢屢被太平軍打敗。特別是城陵磯一戰，水師幾乎全軍覆沒，必須要重新組建，而褚汝航、夏鑾、陳輝龍全部陣亡，他們帶來的兩廣士兵也死得差不多了。
也就是說，李孟群成為湘軍水師一把手，而他還是進士出身，與李鴻章都是同年，地位不簡單。但湘軍高層堅持認為，外來戶李孟群語言不通，無法統帥本土的湖南人，為此上奏朝廷讓楊嶽斌接替。
咸豐皇帝本來也不大樂意，他就想搞權力制衡，奈何湘軍已經成氣候，胡林翼略施小計，讓李孟群去了陸師，巧妙的讓楊嶽斌上位。
曾國藩慧眼發掘的楊嶽斌，能得到胡林翼、左宗棠、駱秉章等人的一致青睞，並不是偶然的。他驍勇異常，從不畏懼生死，每次作戰，必定立於船首，讓其他將領都看到勝利的信心。更猛的是，他手持利劍，不帶防具，指揮若定，讓其他將領折服。
城陵磯水戰後，湘軍損失巨大，但楊嶽斌和彭玉麟表現搶眼，他和彭玉麟在田家鎮砍斷太平軍的橫江鐵索，損毀數千號船舶。就是因為他作戰勇敢，在水師中威信很高，表現遠遠超過了外來的四個人，所以將他提拔到湘軍水師第一把交椅的呼聲不斷。
湖口慘敗後，楊嶽斌奉命重招兵勇，修船添械，並且署湖北提督。他迅速將湘軍水師恢復元氣，再加上田家鎮戰役中太平軍的戰船損失過大，此消彼長之中，湘軍水師實際上已經控制住在天京上游江面。為後來進攻安慶，進而攻克天京打下堅實基礎。
1856年，楊嶽斌奉命配合陸師攻佔了武昌、漢陽等地，而且順江而下圍攻九江。第二年，他和彭玉麟內外夾攻，在湖口報了一箭之仇，並讓內湖水師和外江水師順利會合。隨後，日漸壯大的湘軍水師配合李續賓攻克九江，又配合曾國荃攻克安慶。
這時候，湘軍水師已經完全掌控了除天京段以外的長江，太平天國的都城已經完全暴露在湘軍水師之下。楊嶽斌對於攻滅太平天國，立下汗馬功勞。
此後，楊嶽斌主要是跟隨左宗棠作戰，鎮壓回民起義、率領湘西苗兵協助左宗棠參加中法戰爭都有他的身影。
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