太平軍永安突圍之後一路北上，攻克湖北重鎮武昌，勢力迅速壯大，擴軍五十萬，建立水師，但天國內部卻對前進方向產生了爭執，有人建議北上攻取河南，有人建議沿江直下取金陵，還有很多老廣西出來的兄弟主張打回廣西，這時典水匠唐正財提出金陵龍蹯虎踞，為自古帝王之都，有王氣，可以據為根本。而河南地瘠而民貧，不是用武之地。打回廣西更是不可取。而且太平軍在岳陽、武漢一帶獲得了數以萬計的船隻，並已編成“水營”，這是太平軍的一支重要作戰力量和運輸隊伍，因此，順江東下，不僅可以直接威脅清王朝賴以生存的南北水陸運輸線和江南財源要地，而且能充分發揮水營的作用。如果北上中原，就不能發揮水陸配合作戰的特長，等於棄長處不用，而用自己的短處。所以，從雙方實力和天時、。唐正財的建議正合楊秀清之意，楊秀清借“天父下凡”定了向金陵小天堂進軍，其他人再不敢爭執。
咸豐三年元月初二，太平軍放棄武昌順江直取金陵。天王洪秀全先行登舟，楊秀清、韋昌輝、石達開、秦日綱、羅大綱、賴漢英統率水師護衛，林鳳祥、李開芳、胡以晃、吉文元率陸軍夾岸護衛，老幼婦女也乘船隨行，浮江萬艘，旗幟如雲，清軍以前數量佔優還觀望不前，現在沿途清軍不過數千人，早跑的乾乾淨淨。咸豐皇帝此時是病急亂投醫，罷免欽差大臣徐廣縉，改用向榮為欽差大臣，負責追擊太平軍，江南防務交給了兩江總督陸建瀛，
秦日綱、羅大綱所率先鋒水師到達老鼠峽，清軍在老鼠峽及其對岸下潮湖駐有三千江防軍，被太平軍掩殺，幾乎全軍覆沒，壽春鎮總兵恩長跳江而死，欽差大臣、兩江總督陸建瀛原駐三十里下的龍坪，聞聽前線大敗，倉皇而逃進了九江城,進了城的陸欽差仍然是心驚肉跳，又連夜撤到彭澤，到了這裡仍然覺得太平軍離自己太近，乾脆一把火把自己的船隻燒了，美其名曰不能資寇，坐著小船溜回南京，欽差陸建瀛一日千里逃回南京，沿途守將更是無心戀戰，九江巡撫張芾白天發現欽差大人蹤跡不見心裡已經完全明白，下令九江守軍誘敵深入，全體後撤，不到一日九江以是空城，太平軍不費吹灰之力佔據九江，九江一失，安慶的文官武將義憤填膺，大罵九江的文官武將，知府傅繼勳身先士卒，聲稱押送餉銀去前線抗敵，出城之後喬裝而逃，布政使李本仁得知後大罵傅繼勳欺世盜名，聲稱要捉他回來明正典刑，自己輕騎出城去抓傅知府，其他官員一看也都一鬨而散，巡撫蔣文慶決定以身殉城，無奈兩次自殺未果，被太平軍先鋒抓住殺死。
九江安慶兩座城池一丟，南京以是近在眼前，咸豐皇帝緊急抽調各省精兵馳援南京，並下旨江寧將軍祥厚主持南京防禦，江蘇巡撫楊文定守鎮江，漕督楊殿邦守住瓜州，向榮從江南馳援南京，琦善自江北馳援瓜州，將太平軍殲滅於南京城下。眾將接到聖旨哭笑不得，太平軍現已百萬之眾，聚殲於南京城下簡直是天方夜譚，向榮等人接旨後都行動遲緩拖延等待。
太平軍未到南京，城內以是鬥得熱火朝天，巡撫楊文定對陸建瀛不戰而逃大為光火，加之以前二人關係就死不對眼，這次更是聯合江寧將軍祥厚上奏彈劾陸建瀛，陸建瀛則大罵楊文定要趕走他自己擔任總督，正好這時聖旨來到要楊文定出守鎮江，楊巡撫一看南京危若累卵，樂不得趕緊溜，收拾行囊去鎮江了，經過一番折騰，南京守軍只剩五千，而且兵無戰心，
太平軍先鋒這時以抵達城外，卻意外遇到了抵抗，南京儒生張炳垣視太平軍為邪門歪道，最恨長毛，自己組織了幾百人抗擊長毛，這幾百人平時訓練有素，又熟悉地形，上來把一路上未遇到抵抗的太平軍給打蒙了，但是太平軍後續部隊越來越多，張炳垣派人請求城內支援，布政使祁宿藻欲帶人出城助戰，卻被總督陸建瀛攔住，陸總督一眼就識破了張炳垣的“詭計”，說張炳垣也是太平軍他們在演戲，誑騙城內守軍出城，並下令城頭上的大炮開火，打死這些愛演戲的死長毛，一頓大炮之後，南京的最後防線被陸建瀛自己轟沒了，布政使祁宿藻氣的當場吐血，回到府衙後被活活氣死，陸建瀛命人把大炮轟死的張炳垣的援軍清點人數上報朝廷，南京城外大捷擊斃長毛萬餘，
在陸總督的幫助下，太平軍在城外可以安心攻城，大炮晝夜不停轟擊南京城，陸建瀛又想逃跑，但還不捨得在南京城內家裡的銀子，心存僥倖，這時太平軍又開始挖地道要爆破城牆，張炳垣又來獻策，要總督在城頭幹道上多立大炮，防止太平軍炸城牆入城，陸建瀛不予理睬，南京城牆堅固，太平軍幾費周折終於在儀鳳門炸開缺口，大軍攻入城內，陸建瀛發現南京不保，連忙逃跑，但是做為總督逃跑也要跑的有氣派，命人大擺儀仗，乘坐大轎；讓人抬著出城，如此大的目標，想不被抓難度極大，剛走到黃家塘迎面碰上了一隊攻入的太平軍，對於送上門的“大妖頭”，太平軍毫不客氣，上前一刀，把陸建瀛斬殺於地上。
陸建瀛身為兩江總督和太平軍作戰的行為著實讓人摸不到頭腦，當時清廷盛傳，陸建瀛不抵抗太平軍的進攻，是因為他的女兒女婿被太平軍抓獲。洪秀全寫信給陸建瀛，說無意進犯南京，不過想借道攻打浙江。只要陸建瀛肯讓開一條路來，不但不攻打他防守的地盤，還將歸還他的女婿。陸建瀛因此對太平軍一路放行。只是不知傳聞真假。
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