2003-2006年，伊拉克战争主要战事结束之后美国犯下了大量错误，不断将本来试图合作的伊拉克人推到了反对占领军的武装那里。加上在萨达姆时期强行按下的教派冲突由于萨达姆政权快速倒台后死灰复燃，伊拉克经历了极为艰难的五年，不仅仅是美国士兵，还有大量的伊拉克平民在无休止的冲突中丧生。
美军M1坦克在巴格达街头，2003年秋
驻伊拉克美军基本上处于各自为政的状态，美国直到2005年也没有真正明确的战略布局来压制伊拉克无边无际的游击战。不过有一支部队堪称是美军当中的清流，那就是大卫·彼得雷乌斯（David Petraeus）指挥的第101空中突击师。在伊拉克战争中，第101师创造了直升机突击的最长距离纪录，主要战事结束后他们先驻防在伊拉克北部摩苏尔附近。摩苏尔是伊拉克尼尼微省（Nineveh Governorate）首府，有200万人口，是逊尼派、基督徒、库尔德人等不同族群和教派都有广泛分布的地区。然而在彼得雷乌斯的指挥下，摩苏尔完全没有逊尼派三角地带那样尖锐的冲突，甚至在2003年年底摩苏尔大学就重新开班上课。彼得雷乌斯让第101师安装经典的反游击理论进行治安协助，并常常承担民事任务。摩苏尔很快组织了城市自治委员会，恢复了供水系统、电力系统和排水系统等基础设施，组建了新的治安部队，并且有效地协调行动。摩苏尔在2004年2月第101师换防前局势都非常平稳，彼得雷乌斯由此开始被媒体报道，许多媒体对他和第101师的治理工作做出了很高的评价。不过，在2004年2月以后，由于换防的部队只有1个“斯特赖克”旅，规模为101师的1/4，加上其军事主管不懂得民事业务，摩苏尔很快出现了逊尼派与库尔德人直接的冲突，2004年11月从费卢杰溃散的民兵则对摩苏尔发动了进攻，摩苏尔重新动荡起来。
第101师在摩苏尔抓捕萨达姆的两个儿子
2004年6月，彼得雷乌斯被任命为“伊拉克多国安全过渡司令部”（ Multi-National Security Transition Command - Iraq, MNSTC-I）的第一指挥官，负责训练、装备和监督伊拉克安全及警察部队及其相关基础设施建设工作，到其任期结束时，伊拉克新军已有10万人的规模，可以执行正面作战任务，美国为此投入了110亿美元。当然，伊拉克新军的组建也带来了一大堆问题，比如腐败和武器的流散，这些彼得雷乌斯很快注意到并且迅速提出大量有操作性的建议加以处理。
彼得雷乌斯（右）
彼得雷乌斯总结了游击战的作战法则，在2005年的美国《军事评论》（Military Review）杂志里，彼得雷乌斯明确地提到了反游击战的几个原则，包括：
不要亲自去做太多事情；
资金就是最好的弹药；
成功的要义在于不断增加利益攸关方的规模；
反游击战绝非军事行动那么简单；
最终的胜利取决于当地领导者；
具有灵活性和适应性的领导者是无可替代的；
领导最关键的事务是定下正确的基调。
彼得雷乌斯
2007年1月，已经官至三星上将的彼得雷乌斯晋升为四星上将，接替了乔治·凯西（.George Casey）成为了驻伊拉克美军最高指挥官。他调整了之前将美军伤亡视为首要考虑的评价标准，将与伊拉克安全部队一道把伊拉克平民的安全列为第一要务。他还认为，当前（2007年）的当务之急是恢复伊拉克政府的能力、发展伊拉克当地就业和改善民众日常生活。彼得雷乌斯上任后将伊拉克几乎走访了一遍，从巴格达、费卢杰、巴古拜到摩苏尔，从萨马拉到巴士拉，而后按照其之前的做法进行调整。2007年9月10日，彼得雷乌斯向美国国会递交了报告，这份报告认为联军和伊拉克政府军已经大量重创了“基地组织伊拉克分支”，并扰乱了什叶派民兵的计划从而降低了教派族群冲突的发生次数，而反对基地组织的伊拉克部族则越来越多。彼得雷乌斯建议美国可以开始考虑制定撤军时间表，将防务逐步转交伊拉克政府军。尽管彼得雷乌斯的报告仍有反对意见，特别是他曾经多次贿赂过伊拉克武装派别，不过美国国会多数人认为这一报告是合适的，彼得雷乌斯和美国驻伊拉克大使瑞安·克罗克（Ryan Crocker）一道开始推行新计划。
执行反游击战任务的伊拉克新军
彼得雷乌斯和克罗克的计划是逐步将压制的重点从已经大幅度丧失生存土壤的基地组织转移到压制什叶派民兵上，并据此逐步稳定了到达顶峰的伊拉克国内冲突和针对联军的袭击行动。在2007年驻伊拉克美军规模达到顶峰，伤亡人数也达到顶峰后，2008年驻伊美军开始逐步实现撤离，伤亡也大幅度下降。这在2006年时还不敢想象。2008年9月，彼得雷乌斯调任美国中央司令部，结束了他在伊拉克至关重要的工作。
美军第82空降师训练伊拉克政府军
彼得雷乌斯以高度的现实主义态度而著称，他没有将伊拉克局势好转看做是胜利或者失败，而是说事情正在好转但挑战依然非常严峻。彼得雷乌斯的做法就是非常典型的反游击战策略，他不同于其任何一名前任那样将反游击战视为纯粹军事领域的战术问题，他更倾向于将反游击战作为一种政治事务，也因此有了更多关于军人干预美国政治的批评。可以说，如果美国前两任驻伊拉克最高司令官有彼得雷乌斯的政治意识，美军或许不用在伊拉克待那么多年。
伊拉克新军独立承担作战任务
美国在伊拉克的教训很深，而其最终全身而退则展示了美国强大的自我纠错能力，这是美国另外一个非常强大的优势所在。美国不是不会犯错，但其纠正错误的能力恐怕也比大多数国家要更胜一筹。
彼得雷乌斯退役前也没能解决阿富汗问题
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