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補貼是補貼，加班費是加班費，兩個完全不一樣，互相不衝突的。下面分別從抗疫補貼和加班費計算方式來詳細說明。
一、抗疫補貼費用的由來
1月30日，國家衛生健康委下發《關於新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控有關經費保障政策的通知》，關於一線醫務人員的補助標準如下：
對於直接接觸待排查病例或確診病例，診斷、治療、護理、醫院感染控制、病例標本採集和病原檢測等工作相關人員，中央財政按照每人每天300元予以補助；對於參加疫情防控的其他醫務人員和防疫工，中央財政按照每人每天200元予以補助。除此之外，各地區也根據當地實際情況，陸續出臺了補助、補貼以及政策照顧措施。比如山東省除了每人每天300、200元補助外，還每人每天發放100～200元標準發放伙食補助費。其中對赴湖北參加疫情防治的人員補助200元，對省內參加疫情防治一線人員補助100元。而安徽省提出在享受臨時性工作補助的基礎上，再給予每人6000元的一次性慰問補助。
另外，除了醫護人員之外，凡是參與一線防疫工作的工作人員，也將會得到一次性補貼，比如高速路口、國道口、村口設卡防控人員；以及街道（鄉鎮）及社區（村）的衛生防控臨時人員（含村醫）；國家兩部委還專門發佈通知，“為參與社區防控工作的專職城鄉社區工作者適當發放臨時性工作補助，併為參與疫情防控工作的社區志願者適當發放補貼。”
二、關於加班費的計算
關於標準工時制度的加班費計算，按照勞動部《關於印發的通知》，應按以下標準支付工資：
(1)用人單位依法安排勞動者在日法定標準工作時間以外延長工作時間的，按照不低於勞動合同規定的勞動者本人小時工資標準的150%支付勞動者工資;(2)用人單位依法安排勞動者在休息日工作，而又不能安排補休的，按照不低於勞動合同規定的勞動者本人日或小時工資標準的200%支付勞動者工資;
(3)用人單位依法安排勞動者在法定休假日工作的，按照不低於勞動合同的勞動者本人日或小時工資標準的300%支付勞動者工資。
按照上述的計算方式，比如今年春節後醫護人員參加一線防疫工作，如果在1月26日（正月初二）就開始上班，那麼從1月26日至1月30日（正月初六）這期間參與 防疫工作的，就應該獲得標準工資的3倍；從1月31日至2月2日，類似平時的週末，如果這期間正常復工上班的，應當補休，不能補休的，就應該支付應當支付200%的加班工資。
所以，從補貼和加班費這兩個發放方式對比來看，這兩類是完全不一樣的，抗疫補貼是針對本次防疫工作直接給予一次性的補助，而加班費是針對勞動者在標準的工作時間之外額外延長的時間內開展工作獲得的收入，也就是說，加班額外獲得的收入和有沒有疫情沒有直接的關係。
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正常情況下是不衝突的，加班費是單獨計算的，抗疫補貼也是單獨計算的。
1、抗疫補貼的由來。顧名思義，抗疫補貼是主要針對抗疫人員的，國家對在疫情期間，衝在抗疫前線的醫護人員，給與一定的經濟補貼，一線人員每天300元補助，二線人員每天200元補助。另外地方政府也會根據實際情況，給與抗疫人員不同程度的經濟補貼，包括其他政策方面的傾斜。
2、對於一二線抗疫人員，補貼和加班費肯定是不衝突的。假設正常情況下每天工作時間是8小時，但另外加班了8小時，那麼這8小時的加班費是要算進去的。這和補貼是兩碼事，補貼仍然按照每天300或者200元的標準發放給相應的醫護人員。
3、非一線抗疫人員，準確的來說是沒有國家補貼一說的。舉個簡單的例子，小區門口的保安，在疫情期間加班加點，工作量高出日常很多，而且也有被感染的風險。這些人不屬於一線抗疫人員，所以肯定拿不到國家補貼。
但保安所在的單位可能會給與相應的補助，比如在平常的時間裡，加班是沒有加班費的，那是你本質的工作。但在這個階段可能會給你一定的加班費，算是對保安同志們的抗疫補貼。
4、一線和非一線人員的區分也是一個問題。尤其是在醫院的環境下，國家的文件出臺之後，每個人的解讀可能是不一樣的，比如傳染科醫生，到底是屬於一線還是二線，每個醫院或者地方政府採取的辦法可能是不一樣的，為了讓大家都能夠有一定的補貼，也可能會採取一些折中的方案。