日本人的姓名一般由兩至六個漢字組成，如林徹、堺雅人、黑澤明、宮崎駿、森田丸、關口知宏、伊藤博文、中岡慎太郎、松下幸之助、長宗我部元親等，但大多數為三或四個字，一般前兩個字是姓，後兩個字是名。但在古代日本，公卿貴族與上層武士的姓名組成十分複雜，朝廷上的公卿們與地方上的大名們在歷史記載中往往有多個名字，但其實那些只是他們全名的不同部分或者中間改姓而已。
在明治維新以前，日本貴族男性的姓名包括：家名・苗字 + 通稱 + 氏或姓 + 諱。如德川家康的全名叫“德川三郎源朝臣家康”，“德川”是“家名・苗字”，“三郎”是“通稱”，“源”是“氏”，“朝臣”是“姓”，“家康”是“諱”。當然這也不是絕對的，如果有朝廷官位或者出家取號也可以加入全稱：如武田信玄的全名為“源朝臣武田大膳大夫晴信入道德榮軒信玄”。而下級武士的姓名構成則較為簡單，就是家名・苗字 + 名（即貴族的“諱”），類似於今天的日本人名，如豐臣秀吉還是下級武士時名叫木下藤吉郎，“木下”是其家名，“藤吉郎”是其幼名。在他獲得織田信長的賞識正式成為其家臣後，為了抬高自己的地位而從織田氏家最受重用的兩位家臣（丹羽長秀、柴田勝家）的苗字中各取一字，新創出“羽柴”這個新的苗字，並且給自己取了一個像樣的名諱——“秀吉”。後來在取代織田氏奪取天下後，受天皇冊封，擔任關白和太政大臣，獲賜氏姓豐臣氏，從此改稱“豐臣秀吉”。
古代日本也有“姓”，但這種姓（カバネ）其實只是用來表示門第、職務的稱號，相當於世襲爵位，是貴族用來區分身份地位高低的標誌。數量極為有限，大約只有三十個左右，由天皇冊封授予，是大和朝廷為明確和維護統治秩序而給貴族頒賜的世襲稱號，如“臣”、“連”、“君”、“直”、“相臣”、“伴造”、“百八十部”、“國造”、“県主”、“真人”、“朝臣”、“宿禰”、“忌寸”、“道師”、“稲置”。大化改新後，日本仿效唐朝實施了位階制，“姓”失去其意義而逐漸消失。
日語中苗字（みょうじ）是中文“姓氏”之意，是古代貴族家庭的姓氏即族號，也稱“家名”。而日語中的“氏”（ウヂ）則指的是氏族名，大約等於中國上古時期的“姓”，是許多不同苗字的人通過相同的祖先而擁有的共同的最早的族姓。公元四世紀末，大和朝廷統一日本中部許多小國（氏族部落），其統治基礎就是氏姓制度。以大王(即後世的天皇)為首的大和貴族與各地諸首領之間相互聯姻，從中央到地方建立了一個個由血緣關係組成的統治集團。這些上層集團被稱為“氏”，一個“氏”就是一個貴族世家，如出雲氏、大伴氏、忌部氏、物部氏、蘇我氏、中臣氏以及後來的藤原氏、源氏、平氏和橘氏。平安時代起，由於社會發展和人口增多，原有的氏族逐漸分化成若干個家族。這些家族為了相互區分，一般以其官職、住地、領地之名創造出“苗字”（“苗”即為分支之意），作為旁支家族從氏族本家分離出去後產生的新姓氏。如戰國大名今川義元、武田信玄就是源氏的分支，其家族以苗字“今川”、“武田”來區分本家“足利氏”，而“足利氏”又來自其本家“源氏”。與姓（カバネ）來源於天皇賞賜不同，家名・苗字並非天皇所賜，而是由個人決定所取的，常來源於地名，也有一些屬於自我創造。後來日本的氏、姓、苗字逐漸融為一體，成為今天日本人的姓氏。
通稱和諱是一個人的名。諱（イミナ）是本名，一般只是本人在自謙時使用，其他人則因避諱而不會直接使用，而是轉用通稱（あざな），即別名，一般以官位或尊號相稱。如織田信長一般因避諱被喚作“三郎”，豐臣秀吉則在掌權後被尊稱為“太閣”。而佔社會大多數人口的平民則只有名而沒有苗字（姓氏），更沒有氏（ウヂ）和姓（カバネ）。
明治維新時，為了徵兵徵稅、製作戶籍的需要，日本於1870年頒佈了《平民苗字容許令》，允許包括平民在內的所有日本人都擁有姓氏（即苗字）。但已習慣有名無姓的日本平民對此並不熱心，故創立姓氏的工作推行緩慢。因此，明治天皇又於1875年頒佈了《平民苗字必稱令》，強制規定所有日本人必須使用姓氏。短時間內，日本的姓氏數量極速增長，人們根據自己的居住地或者美好願望，充分發揮自身想象力，給自己取了許多以山川河流命名的姓氏，如松下、井上、村上、田中、石田、大野、山口、小林、中村、大橋、高橋、渡邊、長谷川，而佐藤、伊藤、齋藤這些帶有“藤”字的姓氏則寄予了日本人希望自己的家族繁衍如藤蔓一般、興旺如藤原氏一樣。
1898年日本製定戶籍法，規定每戶姓氏不得隨意更改，且要世代承襲，女人嫁入夫家要隨夫姓，男人入贅妻家也要改為妻子家的姓。日本人的姓氏從這時起開始固定下來，並且不再區分氏、姓、苗字的區別，苗字開始成為日本人現代意義上的姓，目前日本大約有七萬至十萬條姓氏。