職務侵佔罪是一種特殊主體犯罪，主要是有公司、企業或其他單位的工作人員構成，其利用自己的職務之便對公司、企業的財產進行非法佔有。有關機關在職務侵佔罪進行立案偵查，那麼這個立案流程是怎樣的？
職務侵佔罪，是指公司、企業或者其他單位的人員，利用職務上的便利，將本單位財物非法佔為己有，數額較大的行為。
職務侵佔罪的立案標準1979年刑法未作規定。本罪是從全國人大常委會1995年2月28日頒佈實施的《關於懲治違反公司法的犯罪的決定》吸收為刑法具體規定的。 1997年刑法第271條規定，“公司、企業或者其他單位的人員，利用職務上的便利，將本單位財物非法佔為己有，數額較大的，處5年以下有期徒刑或者拘役：數額巨大的，處5年以上有期徒刑，可以並處沒收財產。”
所謂利用職務上的便利，是指行為人利用自己在本單位所具有職務所產生的方便條件。對於將本單位財物非法佔為己有，實踐中一般表現為侵吞、盜竊、騙取等非法手段。構成本罪，必須達到“數額較大”的標準。根據最高人民檢察院、公安部《關於經濟犯罪案件追訴標準的規定》。公司、企業或者其他單位的人員，利用職務上的便利，將本單位財物非法佔為己有，數額在5000元至1萬元以上的應予追訴。這裡的數額，應當累計計算。
在受案階段，人民檢察院舉報中心負責統一受理、管理舉報線索。其他部門或者人員對所接受的犯罪案件線索，應當及時移送舉報中心。有關機關或者部門移送人民檢察院審查是否立案的案件線索和人民檢察院偵查部門查辦案件發現的案件線索，由偵查部門自行審查。舉報中心對於所收到的舉報線索要及時進行處理。
在審查階段，偵查部門對於舉報中心移交的舉報線索進行審查後，應當製作審查結論報告，提出處理意見，報檢察 長決定，認為有犯罪事實需要追究刑事責任的，提請批准立案偵查;認為沒有犯罪事實的或事實不清、證據不足的或有刑事訴訟法第十五條規定情形之一，不追究刑事責任的情況，提請批准不予立案。對於屬於錯告的，如果對被控告人、被舉報人造成不良影響的，應當向有關部門澄清事實。對於屬於誣告陷害的應當依法追究其責任。
立案階段，人民檢察院決定對案件立案偵查的，應當製作立案決定書。決定不予立案的，如果是被害人控告的，應 當製作不立案通知書，寫明案由和案件來源、決定不立案的原因和法律依據，由偵查部門在十五日內送達控告人，同時告知本院控告、申訴檢察部門。控告人不服，可以在收到不立案通知書後十日內申請複議。對於不立案的複議，由人民檢察院的控告、申訴檢察部門辦理，並在收到複議申請三十天以內作出複議決定。人民檢察院對於未構成犯罪，決定不予立案，但需要追究黨紀、政紀責任的被舉報人應當移送有關主管機關處理。
對公司、企業員工職務侵佔的行為是否進行立案偵查，一般是由人民檢察院決定，但無論是否決定立案都應當做出書面的通知。