在微生物的基礎研究和應用研究中，選育一株理想菌株是一件艱苦的工作，而要保持菌種的遺傳穩定性更是困難。菌種退化是一種潛在的威脅，因此引起人們的研究與重視。
菌種退化現象
菌種退化（ degeneration ）是指群體中退化細胞在數量上佔一定數值後，表現出菌種生產性能下降的現象。常表現為，在形態上的分生孢子減少或顏色改變，甚至變形，如放線菌和黴菌在斜面上經多次傳代後產生了“光禿”型，從而造成生產上用孢子接種的困難；在生理上常指產量的下降，例如，黑麴黴的糖化能力、抗生素(antibiotic)生產菌的抗生素(antibiotic)發酵單位下降等。造成菌種退化的原因主要有：
1、自然突變
微生物與其他生物類群相比最大的特點之一就是有較高的代謝繁殖能力，在 DNA 大量快速複製過程中，因出現某些基因的差錯從而導致突變發生，故繁殖代數越多，突變體的出現也越多。一般來說，微生物的突變常常是負突變，是指使菌種原有的優良特性喪失或導致產量下降的突變。只有經過大量的篩選，才有可能找到正突變。
2、環境條件
環境條件對菌種退化的影響，如營養條件，有人把泡盛麴黴的生產種，在 3 種培養基上連續傳代 10 次，發現不同培養基和傳代次數對澱粉葡萄糖苷酶的產量下降有不同影響，說明營養成分影響菌種退化的速度。環境溫度也是重要的作用因素。例如，溫度高，基因突變率也高，溫度低則突變率也低，因比菌種保藏的重要措施就是低溫。其他環境因子，如紫外線等誘變劑也可加速菌種退化。
3、衰退的防止：①控制傳代次數；②創造良好的培養條件；③利用不同類型的細胞進行接種；④採用有效的菌種保藏方法。
4、退化菌種的復壯
因為在退化的菌種中仍有一些保持原有菌種特性的細胞，故有可能採取一些相應措施，使這些細胞生長、繁殖，以更新退化的菌株，稱之為菌種的復壯。常用方法是①純種分離；②通過宿主體內生長進行；③淘汰已衰退的個體。
希望研發團隊能針對性的改變菌種的狀態，選育強化菌種，培育出活性更強，對養殖更有益的菌種
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