公司將從稅後利潤中提取的法定公積金和任意公積金轉增註冊資本，實際上是該公司將盈餘公積金向股東分配了股息、紅利，股東再以分得的股息、紅利增加註冊資本。盈餘公積轉增資本可能會涉及到以下三個稅種：
一、個人所得稅
盈餘公積轉增自然人股東的註冊資本，自然人股東需按照“利息、股息、紅利所得”項目，適用20%的稅率繳納個人所得稅。
以下兩種特殊情形下納稅人可享受個人所得稅優惠：
1、個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限超過1年的，股息紅利所得暫免徵收個人所得稅。個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限在1個月以內(含1個月)的，其股息紅利所得全額計入應納稅所得額；持股期限在1個月以上至1年(含1年)的，暫減按50%計入應納稅所得額;上述所得統一適用20%的稅率計徵個人所得稅。
個人持有掛牌公司的股票，可以比照上述規定執行。
2、自2016年1月1日起，全國範圍內的中小高新技術企業以未分配利潤、盈餘公積、資本公積向個人股東轉增股本時，個人股東一次繳納個人所得稅確有困難的，可根據實際情況自行制定分期繳稅計劃，在不超過5個公曆年度內（含）分期繳納，並將有關資料報主管稅務機關備案。
所稱中小高新技術企業，是指註冊在中國境內實行查賬徵收的、經認定取得高新技術企業資格，且年銷售額和資產總額均不超過2億元、從業人數不超過500人的企業。
二、企業所得稅
盈餘公積轉增法人股東的註冊資本，實際上是被投資企業向法人股東分配股息紅利。根據《國家稅務總局關於貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）規定，企業權益性投資取得股息、紅利等收入，應以被投資企業股東會或股東大會作出利潤分配或轉股決定的日期，確定收入的實現。
根據《企業所得稅法》第26條及《企業所得稅法實施條例》第83條的規定，居民企業直接投資於其他居民企業取得的投資收益（不包括連續持有居民企業公開發行並上市流通的股票不足12個月取得的投資收益），免徵企業所得稅。
三、印花稅
《財政部 國家稅務總局關於企業改制過程中有關印花稅政策的通知》（財稅〔2003〕183號）第一條第（五）項規定，企業其他會計科目記載的資金轉為實收資本或資本公積的資金按規定貼花。 依據上述規定，企業的盈餘公積轉增資本，被投資企業需要就股本或實收資本增加的部分繳納資金賬簿印花稅，按萬分之五的稅率減半徵收，如果是小規模納稅人還可疊加享受50%的減徵優惠。
