蔡元培1868年1月11日，出生在浙江省紹興府的山陰縣。1871年，4歲的蔡元培入家塾。
1878年蔡元培11歲，父親蔡光普因病早逝。
1879年12歲時，寄居到姨母家讀書。1880年，蔡元培13歲時由姨母家轉到李姓塾師家讀書。1884年十年蔡元培17歲時，考取秀才。1885年蔡元培18歲時，設館教書。
1889年，蔡元培22歲時中舉人。 同年迎娶了他的第一位夫人王昭。1890年蔡元培23歲時，進京會試得中成為貢士，未殿試。
1892年蔡元培25歲時，經殿試中進士，被點為翰林院庶吉士。殿試策論成績為二甲三十四名內容是“西藏的地理位置”。
1894年蔡元培27歲時，春應散館試，得授職翰林院編修。 就在這一年，甲午戰爭爆發，開始接觸西學，同情維新。1898年九月返紹興，任紹興中西學堂監督，提倡新學。
1900年蔡元培33歲，由於他的妻子受封建思想約束，他們之間的感情一直處在不和狀態，而當他逐漸接受了西方新思想後，便開始重新思考女權的定義，於是寫出了《夫妻公約》，重新調整與妻子王昭的關係。
1901年夏，蔡元培34歲時，到上海代理澄衷學堂（現上海市澄衷高級中學）校長，即為首任校長。1901年9月，被聘為南洋公學經濟特科班總教習。1902年1月1日，蔡元培在杭州與他往日的學生黃仲玉女士舉辦了他一生中的第二次婚禮。
1902年，蔡元培35歲時，同蔣智由等在上海創辦中國教育會並任會長，創立愛國學社、愛國女學，均曾被推為總理。1903年，愛國學社的活動引起清政府的警覺，下令偵訊。蔡元培輾轉青島、日本、紹興、上海等地，一方面學習德語，準備赴德留學以躲避風頭，一方面仍從事教育和革命活動。
1903年，蔡元培為抗拒俄國政府覬覦中國北方領土，與上海反清革命志士以對俄同志會的名義辦了《俄事警聞》（後改《警鐘日報》）。1904年37歲時，他在上海組織建立了光復會。
1905年38歲時，同盟會成立，光復會併入，孫中山委任蔡元培為同盟會上海分會負責人。
1907年5月40歲時，他在駐德公使孫寶琦的幫助下前往德國柏林，入萊比錫大學聽課和研究心理學、美學、哲學諸學科。一面學習，一面教授唐紹儀（後任民國政府第一任內閣總理）4個侄子的中文教師，已近不惑之年的蔡元培開始了4年海外留學的生活。在德4年，他編著了《中國倫理學史》等一批學術書籍。
1911年11月上旬，辛亥革命爆發，在陳其美去電催促下，蔡元培取道西伯利亞回國。
1912年1月4日，民國元年，中華民國臨時政府在南京成立，他就任南京臨時政府教育總長。
- 1912年1月19日，民國元年，他頒佈了《普通教育暫行辦法》，並主持制定了《大學令》和《中學令》，這是中國的第一個大學和中學校令，他強調要把中學和大學建造成健全國民的學校。任南京臨時政府教育總長，主張採用西方教育制度，廢止祀孔讀經，實行男女同校等改革措施，確立起中國資產階級民主教育體制。二次革命失敗後，攜眷赴法，與李石曾等創辦留法勤工儉學會。
1912年2月，魯迅被他邀請到教育部任職。1912年7月，蔡元培因不願與袁世凱政府合作而辭職。1913年，民國二年蔡元培46歲時，再次赴法國從事學術研究，在留歐的三年時間裡，又編撰了不少哲學美學著作。
1915年6月，民國四年，蔡元培48歲時，他與李石曾、吳玉章等發起組織華法教育會，在法國倡勤勤工儉學，希望以次組織幫助更多華人到歐洲求學，後來的周恩來、鄧小平等均是通過這個組織的幫助後順利在法國進行學習的。
1916年夏，黎元洪的北京政府終於明令恢復了民國初年的《臨時約法》，孫中山、黃興等一大批流亡海外的革命黨人紛紛相約回國，一些浙江籍議員還發電給遠在法國的蔡元培，說是要推選他當浙江省督軍。
1916年11月8日，蔡元培與吳玉章一起乘船由馬賽回國，抵達上海。1916年12月26日，受命擔任北京大學校長。支持新文化運動，提倡學術研究，主張“思想自由，兼容幷包”，實行教授治校。“五四”運動中支持學生愛國行動，多方營救被捕學生。1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。
1917年，蔡元培聘請《新青年》主編陳獨秀為文科學長，並聘請李大釗、胡適、錢玄同等“新派”人物在北大任教，採用“思想自由，兼容幷包”的辦學方針，實行“教授治校”的制度，提倡學術民主，支持新文化運動。同年，蔡元培邀請著名哲學家梁漱溟到北京大學講授印度哲學；徐悲鴻應蔡元培之邀從日本東京返北京，任北京大學畫法研究會導師。
1917年7月，胡適從美國學成回國，其時胡適並未獲得哥倫比亞大學博士學位，但蔡元培為了讓胡適進入北大不惜幫其偽造學歷。
1917年7月3日，蔡元培在北大發表熱情洋溢的就職演說的餘熱未散，就向黎元洪總統提出辭職了，措辭委婉，但動因沉鬱，那就是抗議張勳復辟。
1917年10月，民國六年，蔡元培50歲時，主持教育部召開北京各高等學校代表會議，討論修改大學規程，北京大學文科提出廢年級制，採用選科制的議案，會議議決通過，決定在北大試行。北大選科制規定每週一課時，學完一年為一個單位，本科應修滿80個單位，一半必修，一半選修（理科酌量減少），修滿即可畢業，不拘年限；預科應修滿40個單位，必修佔四分之三，選修佔四分之一。選修科目可以跨系。
1918年，他更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”
1918年5月22日，蔡元培為“中日防敵軍事協定”反對政府變相賣國，又向大總統提出辭呈。
1918年11月16日，蔡元培51歲時，“一戰”剛結束，在天安門前組織集會慶祝，發表題為《勞工神聖》的演講，鮮明提出要“認識勞工的價值”，並喊出了“勞工神聖”的口號。
1919年，蔡元培在北京大學廢除科，改原隸屬於科的學門為系，設立14個系，廢學長，設系主任。原來的文、理、法三科分別改稱第一、二、三院，僅作為各系所在地區的標誌（因原來三科分佈在不同地區），不代表一級機構。
1919年5月8日，五四運動爆發後，蔡元培為抗議政府逮捕學生，於5月8日提交了辭呈。並於9日離京。1919年5月13日，北京各大專學校校長向政府齊上辭呈，支持蔡元培。
1919年6月15日，在他發佈的《不願再任北京大學校長的宣言》中說：“我絕對不能再作不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例。後由於北大師生極力挽留，蔡元培答應只做北大師生的校長。
1920年初，蔡元培與李石曾、吳敬恆，利用庚子賠款，創辦中法大學於北京。蔡元培任校長。1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開中國公立大學招收女生之先例。
1920年5月，蔡元培聘任地質學家李四光出任北京大學地質系教授，邀著名作家莎菲回國任北京大學文學教授，8月，聘魯迅為北京大學講師。1920年年底，被北京大學派遣去歐洲考察。與法國里昂市長赫禮歐，里昂大學醫學院院長雷賓等，合作設立里昂中法大學協會，決定在里昂成立中法大學。
1923年春，不滿北洋政府教育總長彭允彝破壞法制的行為，提出辭職，離京南下。秋間轉赴歐洲，從事研究和著述，並參與要求英、法等國退還庚子賠款興辦教育事項。1924年1月在國民黨第一次全國代表大會上，經孫中山提名，當選為候補中央監察委員。1926年初回國。在上海參加蘇浙皖三省聯合會，配合北伐戰爭，策劃三省自治運動，遭孫傳芳通緝。
“九·一八”事變後主張抗日，擁護國共合作。1932年，與宋慶齡、魯迅等發起組織中國民權保障同盟，積極開展抗日愛國運動。曾電救楊開慧烈士，援救許德珩等愛國民主人士，營救丁玲、朱宜權等共產黨員。
1933年，蔡元培倡議創建國立中央博物院（今南京博物院前身），並親自兼任第一屆理事會理事長。
1933年6月，為進一步加深中國與其他國聯成員國間在文化、教育上的合作關係，蔡元培與張靜江、厲麟似等人聯合國聯，籌備成立了世界文化合作中國協會。
抗戰爆發初期，蔡元培與厲麟似、胡愈之等上海文化界知名人士聯合組織成立了上海文化界救亡協會，積極組織發動文化界人士及民眾投入抗日救亡運動。此外，蔡元培還與厲麟似等上海文化界救亡協會的創始成員聯合全國各大高校校長、教授聯合發表長篇聲明，揭露日軍蓄意毀滅中國教育機關的罪惡暴行，並組織救亡協會下設的國際宣傳委員會擴大對外宣傳，爭取世界各國人民的支持。
1940年3月5日，在香港病逝。蔡元培逝世後，國內各主要黨派和團體以及要人名流紛紛致電弔唁。
文化領域創作者雲龍
