1898年，山东、河北等地，民间普遍传唱：“神助拳，义和团，只因鬼子闹中原。劝奉教，乃欺天，不敬神佛忘祖先。男无伦，女鲜节，鬼子不是人所生。如不信，仔细看，鬼子眼晴都发蓝。不下雨，地发干，全是教堂阻住天。”一时间，开坛设法，焚堂毁路。尤以山东闹得厉害。山东这一闹，列强一抗议，朝廷一看，这闹大了也不成啊，于是派袁世凯就任山东巡抚。
被镇压的义和团，在山东无法进行，决定直逼北京，大批教众聚集在北京，并提出了新口号“扶清灭洋”。
而此时的紫禁城里，也紧锣密鼓，一场阴谋正进行着。慈禧太后囚禁了光绪皇帝，要立端郡王载漪的儿子溥儁为大阿哥，养在宫中，要取代光绪，年号拟定为“保庆”。结果在策励大阿哥的典礼上，列强公史竟无一道场，反对囚禁皇帝，慈禧太后对西方反对她废黜光绪感到十分不满。
列强说：“你凭什么把皇上给关起来啊？”你不合法啊，人家是近代法治国家！”慈禧说：“这是我们家的事儿，你管得着么？，这是我们家事！”列强说：“这不是你们家的事，这是国家的事儿。”这等于就两种观点，谁跟谁都说不清楚。所以慈禧生气了：“我对你们这么好，你们管我家事，我废我儿子，你管得着吗？好，既然义和团‘扶清灭洋’，那就扶植他们。
在慈禧太后的暗地庇护下，义和团迅速扩张，开始壮大。京城里沦为一片焦土，铁路被捣毁，教堂被烧，洋人教士被杀。
事件激起了帝国主义的愤怒，然而此时，端郡王伪造了一份照会给慈禧太后，说：“列强要逼你退位，让光绪皇帝继位！”局势紧张，慈禧太后连续召开御前会议，并最终作出了以武力阻止联军进京的决策，其中重要的一条决策便是对外宣战。1900年6月21日，清政府以光绪的名义，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥十一国同时宣战。这十一国可是当时世界最强大的国家了，大清“创了古今中外未有之举！”，可以说列强都懵了。
既然宣战，那就开打吧，十一国中以英，美，法，德，意，日，俄，奥的军队为主，组成了八国联军，沿天津攻打北京，8月13日，联军进抵北京城下，1900年8月14日凌晨，八国联军对北京发动总攻，并攻破东直、朝阳、东便、广渠各门进入北京，董福祥的甘军和义和团坚持抵抗，而此时的慈禧见势不妙，遂带领光绪帝、隆裕皇后等与部分王公、太监于15日晨出神武门西逃。联军继续进攻北京，经巷战后于16日攻陷北京。12月10日列强成立管理北京委员会对北京进行统治。北京失陷也标志义和团运动失败。
在战争一开始，部分清朝地方官员抵制朝廷对外开战的决定，与外国达成协议，维持和平局面。其中以湖广总督张之洞与两江总督刘坤一的表现最为积极。在买办官僚盛宣怀的策划下，由上海道余联沅同各国驻上海领事会商，制定《东南保护约款》和《保护上海城厢内外章程》，规定上海租界归各国共同保护，长江各省由各省督抚保护。后来参与东南互保的清朝地方官员不断增多，此后，两广总督李鸿章、山东巡抚袁世凯、浙江巡抚刘树棠等、四川总督奎俊，都对“东南互保”表示支持。闽浙总督许应骙签订《福建互保协定》，实际实行东南互保的省份扩大到东南地区的十余个省份，可以说保住了东南沿海城市的经济命脉。
慈禧在出走时发布上谕，将战争的责任推到义和团头上，并命令各地清军予以剿杀。为了收拾残局，清廷又启用庆亲王奕劻及李鸿章与外国谈判。经过谈判，1901年，清廷最终与十一国签订了丧权辱国的《辛丑条约》。即使义和团有他封建迷信的一部分，但是不能否定他具有朴素的爱国思想，对外国的侵略给中国带来的灾难十分痛恨。
