弗朗西斯科·皮薩羅被刺殺後，引發了一系列連鎖反應。國王的代表巴卡·卡斯特羅下令鎮壓叛亂，超過兩百的阿爾馬格羅派在內戰中喪生，所有參與了叛亂的阿爾馬格羅派的人都被處以絞刑。不過，有一個叫迭戈·門德斯的阿爾馬格羅派帶著六個人逃了出來，投靠了曼可·印加在比爾卡班巴的小王國。
曼可對西班牙人的內戰非常高興，本來他想把這七個西班牙人處死，但是想到他們刺殺了弗朗西斯科·皮薩羅，他還是收留了他們。於是，他忘了自己親自經歷的一個深刻教訓：永遠不要相信西班牙人。曼可給這些西班牙人修建了房屋，提供食物和酒水，還同他們一起吃飯，把他們當做自己的兄弟一樣。作為回報，西班牙人給曼可講解先進的歐洲武器，還講述了歐洲文明社會的政治和生活的情況。
安第斯山的土著婦女
不過，這些西班牙人並不想在這兒久留，他們無時無刻不想回歸文明社會。他們的機會終於出現了。查理五世派來了新的總督堂布拉斯科·貝拉，來管理這個國家。門德斯一直盼著這一天，這也是他們刺殺皮薩羅的最終目的所在。不過，他們想要獲得新總督的信任是很困難的，他們的身份是叛賊，按照西班牙的法律，他們一定會被絞死。除非，他們能將功折罪，而且，不是一般的功勞，須是一件大功。如果他們殺死了曼可·印加，他們或許能得到總督的赦免。
主意已定，七個西班牙人準備利用曼可的信任，在曼可和他們玩套圈遊戲時刺殺他。曼可毫無防備，門德斯在玩遊戲時掏出一把尖刀，刺穿了曼可的身體。然後，他們向庫斯科方向逃跑。不過，他們在森林裡迷了路，筋疲力盡時在一間草房子裡休息。安蒂人和印加人追上了他們，包圍了草房子，並放火點燃了房子。七個西班牙人有的被燒死，有的被棍棒打死，無一倖存。
皮薩羅兄弟中，有兩個已經去世，有一個在西班牙的監獄中。只有貢薩洛·皮薩羅還在印加。他現在非常富有，本來可以過一種平靜的生活。他現在已經32歲，但仍然衝動，魯莽。他認為印加的天下是他們兄弟出生入死打下來的，新來的總督沒多少功勞，也沒有打過多少仗，而自己竟然還要接受他的管轄，這是天下最荒唐的事。他宣佈自立為總督，這個決定顯然太愚蠢了，這可是叛國罪。然而，如今沒有任何兄長來制止他的胡鬧了。他挑戰西班牙帝國的法律，不承認國王任命的總督。一場內戰再次發生，貢薩洛殺死一切反對他的人，甚至保持中立的人，他殺死了三百四十名西班牙同胞。這個數字比印加人歷年的抵抗戰爭所殺死的所有西班牙人還要多。
貢薩洛的政變一開始取得了一些進展，他抓住了國王派來的總督貝拉並將其砍頭示眾。他的軍隊連戰連勝，一度發展到1500多人。從軍事的角度來說，貢薩洛幹得不錯。他的確是一個軍事天才，自來到印加以後從來沒有打過敗仗，這也是他敢於造反的底氣。不過，他離最後的勝利還是很遙遠，國王很快又派來一位新的總督佩德羅·加斯卡，統領平叛的隊伍。即使貢薩洛每一場戰鬥都獲得勝利，他還是無法戰勝對手，相反，他的軍隊在迅速減少。因為新來的總督宣佈了國王的一項命令，倒戈脫離叛軍的人將獲得國王的特赦。這樣，貢薩洛的軍隊紛紛投向國王一邊。在經歷了三年半的戰爭後，他終於清楚，他沒辦法和整個帝國抗衡。他放下了武器，願意接受國王的處罰。
貢薩洛·皮薩羅被叛處斬首。在皮薩羅兄弟來到印加16年後，留在印加的最後一個皮薩羅也死了。貢薩洛被宣佈為叛國者，他的財產被沒收，他在庫斯科的房子被拆毀，他的首級被掛在“國王之城”利馬當街示眾。
弗朗西斯科·皮薩羅
