奧美拉唑和西咪替丁都是臨床上常用的抑酸藥，可抑制胃酸的分泌，是臨床上治療反流性食管炎、胃、十二指腸潰瘍、卓-艾綜合徵等酸相關性疾病的首選藥物。
奧美拉唑屬於質子泵抑制劑，通過與胃壁細胞上的H+-K+-ATP酶不可逆的結合，使H+-K+-ATP酶失去活性，從而抑制胃壁細胞分泌胃酸，發揮抑酸作用，奧美拉唑的優點是抑酸作用強大而持久，可使胃內達到無酸水平，抑酸作用可長達72小時。西咪替丁屬於H2受體拮抗劑，主要作用於胃壁細胞的H2受體，競爭性抑制組胺釋放，達到抑制胃酸分泌的目的，西咪替丁的優點是抑制夜間基礎胃酸的分泌。
人體胃酸分泌的機制主要通過三種受體，即H2組胺受體、乙酰膽鹼受體和促胃泌素受體，激動這三種受體都可刺激胃酸分泌，但最終都要通過質子泵這個環節，胃酸才能最終分泌，因此，胃壁細胞上的質子泵是胃酸分泌的最終環節。西咪替丁只作用於胃酸分泌的分支環節，奧美拉唑作用於胃酸分泌的最終環節，因此，與西咪替丁相比，奧美拉唑的抑酸作用更強，抑酸時間更長。
在臨床使用方面，奧美拉唑可抑制胃酸分泌，提高胃內PH值，增加抗生素的穩定性，提高胃內抗生素濃度，降低最小抑菌濃度，可殺滅幽門螺桿菌，在臨床上可與抗生素聯合，用於根除幽門螺桿菌，西咪替丁抑酸作用較弱，對幽門螺桿菌無效。此外，西咪替丁容易出現耐受性，而且經常發生，而奧美拉唑則很少出現耐受性，在臨床上奧美拉唑使用更加廣泛。西咪替丁可抑制夜間基礎胃酸的分泌，夜間出現反酸、燒心、胃痛的患者，可以在晚上睡前服用西咪替丁。
在安全性方面，奧美拉唑常見腹瀉、便秘、噁心、頭痛等不良反應，長期用藥可引起急性間質性腎炎、肺炎、艱難梭菌感染、自發性腹膜炎、痴呆、骨折、鐵、鎂、鈣、維生素B12、維生素C等微量元素吸收障礙、胃腸道惡性腫瘤等嚴重不良反應。西咪替丁常見腹瀉、皮疹、乏力、頭暈、頭痛、嗜睡等不良反應。西咪替丁可進入中樞，有一定神經毒性，表現為幻覺、憂慮、抑鬱、精神紊亂等。西咪替丁有輕度抗雄激素作用，大劑量服用可引起男性性慾減退、陽痿、精子數減少、乳房發育等。 兩種藥物都不宜長期服用，西咪替丁的安全性相對較好。
在相互作用方面，奧美拉唑可抑制抗血小板藥氯吡格雷活化，容易導致抗血小板作用下降，增加動脈粥樣硬化血栓事件的風險，不推薦奧美拉唑和氯吡格雷聯合使用。西咪替丁和氯吡格雷之間沒有相互作用，可以聯合使用。
總之，奧美拉唑和西咪替丁都是抑酸藥，奧美拉唑抑酸作用更強，是臨床上治療酸相關性疾病的主要藥物，西咪替丁可抑制基礎胃酸的分泌，適用於夜間酸突破的患者，西咪替丁嚴重不良反應更少，安全性更高，奧美拉唑影響氯吡格雷的抗血小板作用，應避免聯用。
