徐树铮，在1905年由段祺瑞保送到日本士官学校学习，毕业回国后就在段祺瑞的手下，为段祺瑞出谋划策。在1915年，袁世凯称帝的时候，徐树铮就劝段祺瑞抵制袁世凯，而且和段祺瑞共同进退，深得段祺瑞的信任。段祺瑞的许多措施都出自徐树铮之手，徐树铮也被称作是段祺瑞的“小扇子军师”！
在袁世凯死后，段祺瑞就任命徐树铮为国务院秘书长。徐树铮仗着自己有段祺瑞当后台，根本不把黎元洪放在眼里。秘书长的本职是把内阁的文件、命令交给总统签字盖章，但是徐树铮经常让手下直接交给黎元洪。有次有三个厅长的职位要变更，黎元洪问了句都是什么人，徐树铮就回答道，你只盖印就行，你管任命什么人！
由于总统府秘书长是张国淦，他跟段祺瑞和黎元洪的关系都不错，为人也比较圆滑。在他的周旋下，倒是没出什么大的乱子。但是在张国淦辞职后，丁世峄担任总统府秘书长。丁世峄在二次革命后是倾向国民党的，他上任后就想给总统提高点权力，限制下国务院秘书长的职权。于是就提出总统可以随时出席国务会议，国务院有什么决议后，需要该部门的长官同意后，再交给总统盖印，要是总统有不同的意见，国务院就必须再议！这样一来，总统就可以插手国务院的事务了。这是段祺瑞不想看见的，于是段祺瑞就请了病假，并且传出要辞职的风声，以表示自己的不满。后来在熊希龄的劝解下，段祺瑞才做出了点让步，让徐树铮必须亲自把国务院议定的文件交到段祺瑞的手中，这样才缓和了点黎元洪跟徐树铮之间的关系。但是，段祺瑞在总统出席国务会议问题上，丝毫不让步。
但是随着内务总长孙洪伊上任，又和徐树铮发生冲突，直接造成黎元洪和段祺瑞的关系又紧张起来。在一次查办胡瑞霖在湖南任财政厅长时的案子转到国务院后，徐树铮没经过国务会议就擅自以国务院的名义把提案驳回了。孙洪伊以辞职表示抗议，于是段祺瑞命令徐树铮把咨文追回，但是徐树铮借口已经由众议院秘书印送下去了，没办法追回。孙洪伊马上就给众议院打电话，发现徐树铮撒谎。这样一来，段祺瑞和徐树铮就恨孙洪伊入骨，想要除去孙洪伊。
在9月，孙洪伊裁员整顿内务部，徐树铮煽动被裁员的人起诉孙洪伊违法。平政院裁定被解职的人员仍然回到内务部供职，但是孙洪伊拒绝接受平政院的裁定。于是徐树铮就批了一封执行平政裁决书的命令，交给总统府盖印。孙洪伊对于这道命令拒绝副署，黎元洪也拒绝盖印，并且要交给国会审议。一直到了10月，段祺瑞对孙洪伊忍无可忍，就呈请黎元洪罢免孙洪伊，但是黎元洪拒绝了。
在研究系的攻击下，汤化龙以舆论向黎元洪施压，段祺瑞以自己辞职相威胁，黎元洪无奈之下只好请徐世昌出山。徐世昌向黎元洪和段祺瑞建议把徐树铮和孙洪伊全部解职，让张国淦出任国务院秘书长。这样，孙洪伊被解职，徐树铮也在段祺瑞的授意下辞了职。接着段祺瑞又挑唆督军团，逼迫黎元洪罢免丁世峄，黎元洪被迫批准丁世峄辞职！
这样一来，随着孙洪伊、徐树铮、丁世峄都相继离职，总统府和国务院的政潮暂时平静下来。
