扁鵲將畢生的所學和行醫實踐經驗寫進了多部著作。然而能夠流傳下來的卻僅有《難經》一部，其餘全部失傳。
2013年四川成都在修建地鐵三號線時發現了一座春秋戰國時期的古墓，古墓出土的文物不多，但基本都是竹簡。令人震驚的是，這一批竹簡上面的記載基本都是醫術；經過仔細的辯解，專家知道這就是失傳的“扁鵲醫書”；包括《敝昔醫論》、《脈死侯》、《六十病方》等9部扁鵲醫書。
扁鵲的醫道成就
扁鵲最早總結創出望、聞、問、切的診斷疾病的方法。診視疾病中，已經應用四診，當時扁鵲稱它們為望色、聽聲、寫影和切脈。
四診中扁鵲尤擅長望診和切診。
《史記》記載扁鵲是最早應用脈診於臨床的醫生。扁鵲脈診及其理論可從虢國太子這一病例的診斷中體現出來，當時虢國太子已昏迷不醒，扁鵲通過脈診判斷為“屍厥”，他認為患者的陰陽脈失調，陽脈下陷，陰脈上衝，即陰陽脈不調，導致全身脈象紊亂，故患者表現如死狀，其實患者並未真正死亡，除脈診外，他還觀察到患者鼻翼微動，大腿的體表仍然溫暖，用砭針療法救活。
在《史記•扁鵲列傳》扁鵲見蔡桓公的故事可見，扁鵲的望診技術出神入化，真是“望而知之謂之神”的神醫了。
扁鵲見齊桓侯時，通過望診判斷出桓侯有病，但是病情尚淺，病位還只是在體表媵理的部位。他勸齊桓侯接受治療，如不治則病情將會加深。桓侯因自我感覺良好，拒絕治療。不久，扁鵲再度晉見桓侯時，指出其病情已加重，病位已進展到血脈，再次勸說其接受治療，以免病情更加發展。桓侯仍然拒絕治療，心中不悅，認為扁鵲在炫耀自己，並以此牟利。當扁鵲第三次晉見他時，認為病情已惡化，病位進入到內部腸胃，如不及時治療，終將難治。桓侯仍不予理睬。最後一次，扁鵲通過望診，判斷桓侯病情危重，已進入到骨髓深處，病入膏肓，無法救治。齊桓侯不久即發病，終於不治而死。
扁鵲當時已經能很好應用望診，而且診斷水平相當高。《難經》雲：“望而知之謂之神，聞而知之謂之聖，問而知之謂之工，切而知之謂之巧氣 四診以“望”為第一。扁鵲的望診技術出神入化，被後人譽為“醫祖”。
扁鵲行醫之“六不治”
驕恣不論於理，一不治百也；
輕身重財，二不治也；
衣食不能適，三不治也；
陰陽並度，髒氣不定，四不治也；
形贏不能服藥，五不治也；
信巫不信醫，六不治也。
“不治”不是“不能治”“不給治”而是“不好治”“治不好”。在《史記》裡指出“有此一者，則重難治也”從這裡可以看出，作為醫生並沒有完全放棄的意思，而是說“重難治”所以我們應該將“不治”正確的理解為“不好治”。不應該理解為“不可治”、“不能治”甚至“不給治”。
《素問湯液醪醴論》指出：“病為本，工為標，標本不得，邪氣不服，此之謂也。” 這裡所說的“病為本”，應該就是指以病人為本；“工為標”，即醫生為標。明確提出在醫患關係中，患方所處的重要地位。如果病人對治療缺乏主動性，或拒絕治療，或不遵醫囑，或把一切責任都推給醫生，就屬於本末倒置。現在常說的三分治七分養。醫生只能起到三分，七分要靠患者自己調整。
扁鵲十分重視預防醫學
魏文王問名醫扁鵲說：“你們家兄弟三人，都精於醫術，到底哪一位最好呢?”扁鵲答：“大哥醫術最好，二哥醫術次之，我最差。”文王再問：“那麼為什麼你最出名呢?”扁鵲答說：“我大哥治病，是治病於病情發作之前，由於一般人不知道他己率先能剷除病因，所以他的名氣無法傳出去，只有我們家的人才知道，我二哥治病，是治病於病情初起之時，一般人以為他只能治輕微的小病，所以他的名氣只及於本鄉里。而我扁鵲治病是治病於病情嚴重之時，一般人都看到我在經脈上來放血，在皮膚上敷藥等大手術，所以以為我的醫術高明，名氣因此響遍全國。”
扁鵲學派的基本特點及其影響
在中醫史上，扁鵲學派和黃帝學派的地位和影響，經歷了"戲劇性"的盛衰劇變，戰國秦漢時期，扁鵲學派佔壓倒性優勢；魏晉南北朝時期，扁鵲學派和黃帝學派旗鼓相當；隋唐之後，扁鵲學派的地位和影響一落千丈，黃帝學派逐漸"一統醫壇"。
扁鵲學派是戰國、秦漢時期影響最大、聲譽最高的學派。它有本學派醫經和醫方。《黃帝扁鵲之脈書〉（指《史記•倉公傳》所引《黃帝之脈書》、《上經》、《下經》、《五色診》、《奇咳術》、《揆度》、《陰陽外變》、《藥論》、《石神》、《接陰陽禁書》等十部）是戰國時期扁鵲派著作；《扁鵲內•外經》是其派醫經；《扁鵲俞附方》是其派經方。古籍中所見署名“扁鵲”、“子義”、“吳普”、“李當之”的本草，都是扁鵲派的本草著作。今傳之《難經》、《中藏經》，不是發揮《內經》奧旨之作，而是扁鵲學派東漢和六朝時期的著作。《漢書•方技略》醫經總論使用了扁鵲派傳統術語，反映了扁鵲派某些獨有的醫學觀，是以概括扁鵲學派醫經為主而撰寫的。《褚氏遺書》、《扁鵲心書》是宋代扁鵲派著作。其派人物有漢代著名醫家淳于意、華佗、涪翁、程高、郭玉，南北朝世醫徐氏（七世十一人，如徐文伯、徐嗣伯、徐之才等）及以“第三扁鵲”自命的南宋竇材等。
從扁鵲身上，我們不僅可以看出早期醫學的醫、藥不同源的特徵，而且還可以進而明確祖國醫學的基本源頭是黃老學派。黃老思想作為完整的道醫學，在扁鵲時代，還是完整的，但是後來，醫學的源頭只剰下了 “黃”，而不見了 “老、神治一脈不再為人所知。
扁鵲學派的源頭之一是禁咒
黃帝學派是不主張禁咒的。《素問•五臟別論》曰：“拘於鬼神者，不可與言至德”。在扁鵲學派存在並興旺時期的戰國秦漢之際，醫巫尚未分離，醫學仍把巫術當成自身的一個組成部分，直至唐代都是如此。長桑君傳扁鵲“我有禁方”，陽慶傳淳于意十種醫書中，也有《接陰陽禁書》 以後南北朝時世醫徐氏的醫術，也有巫術成份。《中藏經》中也可見“陽中之陽為高真，陰中之陰為幽鬼”，“上通三寸曰陽之神路，下通三寸曰陰之鬼程”。
長桑君，道教仙人。據傳說，長桑君曾傳扁鵲醫術，是扁鵲的師父。扁鵲年輕時為舍長，長桑君寄宿在舍內，扁鵲覺長桑君非同一般的人，便恭敬禮貌待長桑君十餘年。一日，長桑君悄悄地將扁鵲叫到一旁，對扁鵲說：我有醫道方面的秘方，我現在老了，想傳授與你，希望你不要外傳。扁鵲答應他後，他拿出懷裡的藥對扁鵲說：你服用此藥後三十日，可以洞察一切。並將珍藏的秘方全部給了扁鵲後，忽然隱身化形不見了。扁鵲按照長桑君給他說的方法服藥後三十日，果然就能看清楚病人的五臟六船病因所在。以此診病而成為名醫了。禁咒既為“不可外傳”的“禁方”，故後世只聞其名，不明其理。至於扁鵲本人雖然身懷絕技，也不曾為此絕學張目，也在情理之中。
本草源頭是“五苦六辛”
“五苦六辛”出自《漢書•方技略》，是扁鵲學派本草學的重要理論，其義今已不傳，《內經》亦無此說。張子和根據攻邪理論及汗吐下三法的運用經驗，結合藥物性味，闡釋為：“五者，五臟也，髒者裡也；六者，腑也，腑者表也。病在裡屬陰分，宜以苦寒之藥湧之洩之，病在表屬陽分，宜以辛溫之劑發之汗之，此五苦六辛之意也。”並結合五積六聚、表熱裡寒、用藥方法等具體臨床運用說明這一理論。《儒門事親》舉吐藥29味，汗藥40味，下藥30味，《本草綱目》參照此錄入，對後人影響較大。但有相當比例的藥物在歷代本草著作中，均未載它們的汗吐下功用，後世醫家習慣上也未把它們作汗吐下藥對待。據史料記載，陽慶傳淳于意之書有《藥論》，扁鵲弟子有《子儀本草》，華佗弟子有《李當之本草》、《吳普本草》，現均不存，僅《吳普本草》部分佚文保存在《證類本草》、《本草綱目》中。張子和引用這些藥物時，均申明“以本草考之”，“以本草校之”，必有所書。既然《神農本草》無記載，則極可能在扁鵲學派本草中這些藥物均被認為有汗吐下效用。
決生死
敢於準確預測患者的生死，是扁鵲學派的重要學術特徵。淳于意自述：“即嘗已為人治，診病決死生，有驗精良”，在其《診籍》 25例醫案中也貫穿“決死生”思想。華佗治督郵徐毅、軍吏梅平、廣陵太守等案，均有決死生之預測。《脈經•第五》有“扁鵲診諸反逆要訣”的篇目，也反映了這種學術特徵。
扁鵲學派自唐以後已漸衰微，但仍承學有人。南宋初，竇材著《扁鵲心書》自稱為“第三扁鵲”。李伯聰先生認為竇材是最後一位扁鵲派醫家，《扁鵲心書》是最後一部扁鵲派的著作，扁鵲派發展的歷史也至此而宣告終結。但據其他學者研究，張子和應是黃、扁兩大學派交融的重要人物，而且從某種意義上說，張子和更多地傳承了扁鵲學派的理論及治療方法。
而《內經》中卻迴避甚至批評這種理論。《素問•陰陽類論》中，“雷公曰：問短期，黃帝不應。”《素問•疏五過論》："死日有期，醫不能明，不問所發，唯言死日，亦為粗工，此治之五過也。”
扁鵲學派自唐以後已漸衰微，但仍承學有人。南宋初，竇材著《扁鵲心書》自稱為“第三扁鵲”。李伯聰先生認為竇材是最後一位扁鵲派醫家，《扁鵲心書》是最後一部扁鵲派的著作，扁鵲派發展的歷史也至此而宣告終結。但據其他學者研究，張子和應是黃、扁兩大學派交融的重要人物，而且從某種意義上說，張子和更多地傳承了扁鵲學派的理論及治療方法。
