講到這裡，我們必須提起大家的注意，中國幾千年來的禍患，都是由邊疆問題所引起。從秦漢以來的邊禍，如
南北朝、五代、遼、金、元等時代，禍患常起於西北、東北及北疆，到了明清時代，幾經戰伐的混一，已連線為由西藏高原到新疆、蒙古而直達黑龍江畔到沿邊入海，至於朝鮮。自清朝中葉以後，海運開放，新來的邊患便由西南到東北幅員萬里的海疆。但如本世紀三十年代初日本的侵華戰禍，他們仍然是利用滿蒙做起點。過去如此，將來未必不然。所以有志謀國的人，不能不先須留意中國的邊疆政治問題。中國古人的成語所說“天塌西北，地陷東南”，實在很值得深思也！我們在前面大約講到清初康熙對統一大清江山的內政和儒家文化的關係。但在滿蒙之間，還是各懷二心，並非一致。而且蒙藏又是宗教一家，情有別鍾，應付起來並不容易。可是由努爾哈赤到皇太極，早已心中有數，知道安服蒙藏的最高戰略，就是佛教，而且是佛教裡突出的喇嘛密教。在過去的歷史上，如南北朝的北魏等，以及南北宋時期的遼、金、元等，雖然都是歸向於
儒、佛、道三家的文化基礎上，但北方的各個民族，注重佛、道的情緒尤過於儒家。這是歷史的慣例，也是由西北到東北各民族的習性。問題研究起來，並不簡單。有關密宗喇嘛教的發展來源，又屬於專門的問題，在這裡也姑且不說。康熙對於這個問題，當然非常清楚。他在平定南方，統一中國以後，就回轉來要確實整理蒙藏了。所以他在康熙三十五年便親征噶爾丹，先要示之以武。以後便用尊重喇嘛教來作為長治久安的政策。因此，他在多倫召集蒙古各族王公會盟，便對明朝永樂時期宗喀巴所創黃教一系在蒙古的章嘉二世阿旺洛桑卻丹，封為國師。使章嘉和在前藏的達賴、在後藏的班禪等，為安服邊疆，協調蒙藏各族等的矛盾工作。這樣一來，就可省卻軍政的勞役和經費。至於在蒙古第一世的章嘉胡圖克圖，名章嘉扎巴俄巴，是青海紅崖子溝張家村人，原稱他是“張家活佛”。當康熙親征噶爾丹時，認為張家活佛名號不雅，便從第二代起改名為“章嘉”，從封為“國師”的尊號以後，就經常出入皇宮，奔走塞外，深得康熙的信任。事實上，
第二代的章嘉喇嘛也確是有道的高僧。西藏第五世的達賴喇嘛羅卜藏嘉穆錯，對佛法的修持和世法的見解，都有特別的造詣，章嘉二世早年也曾從他求學。五世達賴在皇太極的時期，已經派人到盛京（遼寧瀋陽）獻書進貢。順治九年，五世達賴親自到北京朝見。順治待以上賓之禮，住在宮內的太和殿，又特別建一所西黃寺給他住持，封為“西天自在大善佛”。到了康熙三十四年，達賴左右的權臣第巴，秘密和噶爾丹等勾結，假借達賴名義，遣使向清廷奏請撤回西藏、青海等處所置戍兵。康熙心知內情，嚴斥第巴，不準所請，跟著便有御駕親征噶爾丹之役。五世達賴身故後，第巴把持前藏，造成轉世的六代達賴有真假雙包案，也就是西藏曆代流傳第六代達賴文學名著情歌故事的一代。鬧到康熙四十九年，再經議政大臣等會議，認為拉藏及班禪呼圖克圖與西藏諸寺喇嘛等，會同管理西藏事務一案。“今經侍郎赫壽奏請，波克塔胡必爾汗，前因年幼，奉旨俟數年後授封。今既熟諳經典，為青海諸眾所重，應如所請，給以冊印，封為第六世達賴喇嘛。”
從此以後歷代的達賴喇嘛，幾乎都有故事。直到乾隆五十七年發給金瓶抽籤，才定下了以人定勝天的解決辦法。至於這個乾隆時代所頒發的金瓶，到現在還照舊應用。據《註釋清鑑輯覽》所載史料如下（括弧內為原書之註釋，並供參考）：乾隆五十七年十一月，定呼畢爾罕嗣續掣籤例：
廓爾喀既平，帝欲乘用兵餘威以革藏中積弊，故留兵戍藏，使駐藏大臣之權與達賴、班禪相埒，以控制之。先是宗喀巴倡黃教，禁娶妻，倡言教王乃世世轉生，不必以肉身世襲。其大弟子有二：一曰達賴喇嘛，一曰班禪喇嘛，並居拉薩（前藏之都會），嗣宗喀巴法，為黃教徒宗主。宗喀巴圓寂之時，遺囑達賴、班禪，世世“呼畢納罕”轉生，演大乘教，以濟度眾生。“呼畢納罕”者，華言化身也（初，番高僧八思巴為帝師大寶法王，領藏地，後嗣世襲其號，西藏始為釋教宗主，其所奉皆紅教。迨及後嗣，漸流侈情，綱紀廢弛，盡失佛教本旨。時宗喀巴學經於札什倫布之薩迦廟，既深觀時數，當改立教，乃入大雪山，修苦行。道既成，為番眾所敬信，因別立一宗，排幻術，禁娶妻，自服黃衣黃冠以示別，謂之黃教，而名舊教喇嘛曰紅教）。
達賴一世曰敦根珠巴，故吐蕃王室之裔，世為藏王，自是黃教徒之勢益張。傳至第五世曰羅卜藏嘉穆錯，及卒，有第巴專國事（達賴、班禪，惟總理宗教之事，不屑問世事，故二世根敦堅錯者，始置第巴等官以攝理政事），唆準噶爾使入寇，藏中大亂。後第巴為拉藏汗所誅，而藏中所立之第六世達賴喇嘛，諸蒙古不復敬信，而別奉裡塘之噶爾藏嘉穆錯為真達賴，與藏中所立，互相是非。蓋宗喀巴有一花五葉之讖，故自六世以後，登座者無復真觀密諦，只憑垂仲神指示。垂仲者，猶內地巫師也（達賴喇嘛之化身第一世、第二世出於後藏；第三世出於前藏；第四世出於蒙古；第五世出於前藏，皆非限於一族一地而出者。至是，積久弊生，兄弟子侄，往往繼登法座，等於世襲，而達賴、班禪親族，或相率夤緣據要津，罔權利焉）。
帝久悉其弊，欲革之而未有會也。至是特創掣籤法，頒金奔巴瓶一，供於西藏大昭寺，遇有“呼畢納罕”出世，互報差異者，納籤瓶中，誦經降神。大臣會同達賴、班禪於宗喀巴前掣之（法先使垂仲四人，演其降神之法，一旦達賴示寂時，則垂仲即將“呼畢爾罕”之姓名、生年、月、日，各書一簽，藏於金瓶內。喇嘛誦經七日後，招集各“胡圖克圖”於佛前，駐藏大臣臨席而後掣籤，若四人所指之“呼畢勒罕”同為一人時，則置空籤一枝於瓶內，若掣出空籤，則以為無佛佑，更別為掣籤雲）。而各札薩克所奉“胡圖胡克”其“畢呼勒罕”將出世，亦報名理藩院與住京之章嘉“胡圖克圖”掣之，瓶供雍和宮。
蒙藏兩地，從元明以來都是堅信藏傳的喇嘛教為無上密法，對於內地的佛教各宗，除禪宗以外，都輕視排斥。康熙既能善於處置蒙藏兩地胡圖克圖（意為無上大師，俗稱活佛），各有差別待遇的辦法。以他的日常作風來說，決不肯強不知以為知，他當然對佛學也需要進一步深入的瞭解，平常只是絕口不談而已。他最喜歡親自題賜各佛寺的匾額，尤其在他的一生中，曾經三上五臺山，實為以往帝王少見的舉動。第一次在康熙二十二年，也正是他三十歲的年代，平定臺灣及三藩之亂以後，就上五臺山，住了一個月左右。因此後世的人們就拿他做文章，說他是去親見出家的父親順治皇帝。第二次，康熙三十七年正月，是平噶爾丹以後的第二年，又上五臺山。第三次，在康熙四十一年，春正月，再去五臺山住了十多天。
五臺山是中國佛教四大名山之一，佛教徒們依據佛經的敘說，認為五臺山是大智文殊師利菩薩的道場，四川峨眉山是大行普賢菩薩的道場，浙江普陀山是大悲觀世音菩薩的道場，安徽九華山是大願地藏菩薩的道場。文殊師利又是蒙藏兩地喇嘛密教最為尊崇的宗祖。五臺山上的佛寺，過去以密宗的喇嘛廟為主，只有少數如內地的禪寺。康熙的鐘情五臺，與其說他是去見出家了的父皇，毋寧說他是
藉機澄心靜慮，親自體認“內聖外王”之道，治內地，須用儒家，治滿、蒙、藏地，須用佛教吧！不過，這是說明康熙時代的外示儒學，內用佛老作用的要點而已。
