有關日本人的起源，包括日本學者在內的各國學者在研究方法上雖有不同，但結論是基本相同的，即大多數日本人是從日本列島以外的其他地方遷移過來的。 日本學者系統分析了被稱為Y染色體（父系遺傳）的DNA，認為日本人屬於蒙古人種，北海道和西南各島的所謂繩文人（約一萬年以前到公元前1世紀前後）是日本土著民，可能最早來自印度尼西亞等東南亞地區。彌生時代（約公元前300年—公元300年），有從中國大陸的北部和南部經朝鮮半島或琉球群島來到日本的北九州、日本海沿岸的人，因此，日本民族基本上是東南亞和中國華南地區、山東半島、東北地區、朝鮮半島以及蒙古土著民族的混血。
可見，古代日本人中的一部分來自中國。 在中國流傳最廣的大概就是司馬遷在《史記》中的記載：公元前210年，道士徐福受秦始皇派遣，率領“童男童女三千人”和“百工巧匠技師”，攜帶“五穀種子”，乘船東渡，尋找長生不老藥，發現了“平原廣澤”（日本九州）。徐福沒有找到藥，斷然不敢回國面君，就落地生根了。日本人尊他為“司農耕神”“桑蠶神”和“醫藥神”，甚至有日本學者稱徐福就是第一代天皇——神武天皇。
徐福假借為秦始皇尋長生不老藥之名而多次出海踩點，最終帶著童男童女去了海外仙島不歸。他有膽量誑騙秦始皇，又有智慧逃脫被焚書坑儒的災難，還能找到天高地遠的世外仙境，其獨立不羈，不服壓制的潛在本性在時機成熟時，自然會仿照秦始皇自立為王，於是在新的異國天地天皇出現了。現在日本的和歌山縣還有徐福登陸日本的紀念碑及徐福墓。徐福是當時不滿生活命運而逃亡人群的代表，之後歷代從中國逃離的人們陸續給日本帶來了技術、文化，使得日本文化和生產力不斷有跳躍式的發展。日本有“秦”（はた）姓，自稱是秦人之後，還曾有“唐”姓，是唐朝人後裔。據日本古代神話《日本書紀》中記載，秦始皇的後代弓月君（又名融通王）渡海到日本後定居下來，秦姓演變成日本姓氏羽田。
因此，前首相羽田孜曾說：“我是中國秦姓的子孫。” 日本歷史小說家司馬遼太郎說：“江戶時期出版的賴山陽的著作《日本外史》是日本社會最早出現的日本通史。對之前的日本讀書人來說，一說‘史’就是指中國史書，在會話和文章中引用的故事和人物誌、逸聞等所有的典故都出自中國史，只就這一點來說，日本人就是中國人。”古代日本有將中國極度理想化，看作純粹文明的傾向，甚至比實際的中國更加中國化。 古時日本人住洞穴，主要以採集、狩獵、捕魚為生，劃分為若干部落，一些部落通過接受中國大陸的技術和文化，在眾多部落中脫穎而出，落後部落便來俯首稱臣。於是，各部落主首要思考的就是積極主動地吸收中國文化，對隔海相望的中國充滿了崇敬，更希望依附中國帝王的強大權勢來鞏固自己在各部落中的稱霸地位。於是，有的部落主為獲得中國朝廷的冊封或被授予一顆王印及任何物品，不顧路途勞苦和風險渡海來朝拜中國朝廷，以對臣民及其他部 落顯示自己的狐假虎威之勢。
據《漢書》記載，東漢光武帝在位時，當時地處九州島北部的倭奴和犬奴兩個部落打仗，倭奴國王遣使朝見漢光武帝，給他進貢了十根竹棍、十卷粗麻布、十名生口（男女奴隸）。漢光武帝便封其為漢倭奴國王，並贈一顆刻有“漢委奴國王”的金印。這顆金印於1784年被福岡縣（相當於省）一個農民在田裡發現上交了政府，從此日本有了曾作為中國附庸國的實物憑證。
古代日本和中國周邊其他國家一樣，一直處於漢文化圈的邊緣，不斷受制於漢文化強大的吸引力。日本派遣隋使、遣唐使更是人人皆知，皇室後裔的阿倍仲麻呂9歲入唐留學並參加科舉考試中了進士，歷侍唐朝三代皇帝，榮達公爵，73歲逝於長安。已年逾花甲、雙目失明的中國鑑真和尚在他的幫助下實現了第六次東渡日本，帶去了佛教經典和漢學文化知識，創下了日本律宗。公元6世紀，遣唐使吉備真備（695-775）帶回漢字典籍，根據王羲之草書創造出日本萬葉假名（假借的字）標示日語發音，從此日本有了自己的文字。日本對漢字的發音也分為“吳音”“漢音”“唐音”，就是因為不同時代、不同地區的中國發音傳到日本後而形成的。現在的京都和奈良有許多仿隋、唐寺院建築，如奈良的法隆寺、東大寺，京都的清水寺等，就是當時的天皇積極從中國引進佛教以加強政治統治，強化皇權帝位而建的。
日本在汲取中國優秀文化的同時，也逐漸有了漢民族的自我意識，甚至認為自己就是漢民族的後裔。江戶時代日本著名儒學家林羅山之子林鵝峰就認為日本人是中國人的後裔，日本皇統出自周吳泰伯之後。一方面，日本在強大的漢民族面前形成了強烈的自卑感，甘為“東夷”，慕華不已；另一方面，又以漢民族的後裔自居，用漢民族的心態不平等看待他“夷”，所謂“以中國之外皆為蠻夷而不值一提”。 忽必烈時代，曾六次招諭日本，欲置其為龐大元帝國的藩屬。但日本一貫認為自己是一民族之下，萬民族之上，面對強大的蒙古勢力，不以為然。在外交文書中寫入“蒙古之號，於今未聞”。顯示出日本對這個征服了歐亞的“夷狄”政權充滿了蔑視和敵意。
明太祖朱元璋宣諭日本派去使者趙秩時，日本懷良親王卻回應說：“我國雖處東方扶桑，卻一直很仰慕中國，但蒙古與我同為夷，卻想讓我臣服於他，我們怎麼能服。”他還說：“元朝曾經來過一個姓趙的使臣（趙良弼）對我們說好話，話還沒說完，十萬大軍就已經在海對面準備好了。如今新天子登基，使臣也姓趙，莫非也是蒙古人？難道還想一邊說好話一邊偷襲我！”可見，日本懷良親王除了對明朝的真實意圖懷有疑慮外，也清楚地表達了日本重漢輕夷的思想。趙秩回答說“我大明天子，神聖文武豈是蒙古可比的，我也並非蒙古使者”後，懷良親王立刻釋然，以禮相待，並派僧人祖來出使明朝，上表稱臣，獻馬匹及方物，並送還倭寇在明州和台州劫掠的明朝人七十餘人。前倨而後恭，原因皆在華夷之辨。 所以說，古代日本對漢民族抱有崇敬及唇齒之誼，當漢民族遭到異民族侵犯時，便表現出對異民族強烈的憎惡和痛恨。清朝入主中原後，日本人認為清朝是夷狄，統治中國不正統，自己更接近中華。
當日本人看到清朝在鴉片戰爭中失敗後逐漸衰落和變得軟弱時，在他們心中激起千層波瀾，同情、失望、輕蔑，以至於憤怒，自此對中國的敬慕之念開始淡薄了。1870年，在一次清朝與日本進行談判時，要求日本稱清朝為“中華”，日本堅決不答應並說：稱你們為“華”，那我們不成“夷”了？可見他們一直認為自己是漢民族的後裔。
日本通過明治維新（1868—1889）國力強盛後，1894年，就向中國發動了甲午戰爭。然而，在這次戰爭中的很多日本家書裡，父親給在前線當 兵的兒子寫信時，卻往往寫“我神州”“我中華”，對兒子寄予了極大的期望，覺得這是保衛中華、保衛神州。曾有一位90多歲的日本老人對我說：“在我的小學教育中，教我要愛中國，老師說日本是偉大的國家，但坐上船的那邊有一個叫中國的了不起的國家，日本是追趕不上的。”大概這些能證明自古代到近代之初，一代代日本人對中國的情感和看法。
