如果說機動戰士高達為熱血機甲科幻作為一個新的科幻類型打下了堅實的基礎，超時空要塞Macross讓這個新類型走向世界，那麼1995年10月在日本東京電視系（NAS）播出《新世紀福音戰士》（Neon Genesis Evangelion／新世紀エヴァンゲリオン）則以“神作”的姿態衝出了科幻的範疇，成為了20世紀末一道蔚為壯觀的文化地標。以至於，當時日本主流大報《朝日新聞》上也刊出了這樣的報道：“今天大家最關心的話題是什麼？答案是——人類補完計劃！”而這裡提到的“人類補完計劃”就源於《新世紀福音戰士》。
2000年9月13日，在南極大陸上，發生了一起不明原因的巨大災變，而在此之前沒有任何徵兆。這場巨大的浩劫，造成海平面劇烈上升、地軸扭曲、地磁場不規則擾動。不明來歷的灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經濟崩潰、民族紛爭、內戰……其結果是世界人口急速減少，只剩下原來的一半。南極成為了寧靜的死寂地域。這是人類在“諾亞方舟時代”之後，經歷的最重大浩劫。史稱“第二次衝擊”（The Second Impact）。然而，人類終究是智慧生命，重建工作在短暫的混亂之後，逐步展開。
2015年，同樣是在毫無徵兆的前提下，名為“使徒”的巨大不明生物體開始進攻在第二次衝擊後建成的日本新首都——第三新東京市。面對使徒的攻擊，聯合國軍的抵抗顯得軟弱無力，任何人類已有的動能武器都無法阻擋它的前進。即便是威力數十倍於原子彈的N2炸彈也僅僅是能夠起到短時間的阻滯而已。就在所有人感到束手無策之時，在已封鎖的街道上，有一位陰鬱而彷徨的少年，正在四處張望，尋找照片上那個本應來接他的陌生女性——這男孩兒會成為拯救世界的英雄嗎？
徘徊在街道上的這個少年，就是14歲的碇真嗣（碇シンジ）。就在使徒暫停攻擊的短暫時間裡，一個名叫葛城美里（葛城ミサト）的女性駕車出現在他的面前——她也正是他要尋找的對象。之後，葛城帶著在戰場上巧遇的碇真嗣回到位於第三新東京是地下的神秘機構NERV的總部。在那裡，真嗣見到已經有三年未曾謀面的父親。但父親碇元渡見到兒子，卻毫無親情可言，只是冷冷的命令兒子坐上EVA初號機，去與使徒作戰。
EVA，是“Evangelion”（エヴァンゲリオン）的縮寫，又稱“通用人型作戰兵器”， 與以往的鋼筋鐵骨的機甲戰士不同，EVA本質上是一種“人造人”。通常情況下，EVA的生物性“素體”之上會覆蓋有裝甲板，但是其主要作用並非是為EVA提供保護，而是防止EVA意外覺醒。EVA在作戰時，需要佩帶外部電源供應管，其頂端形狀類似於常見的三相插座。另外，其內部裝備有可維持EVA五分鐘運動的內藏電源，以便EVA在失去外部電源補給的情況下，能夠繼續作戰。而EVA之所以能與強大使徒對戰，是因為它與使徒擁有類似的絕對領域（Absolute Terror Field/A.T. Field）。
儘管最初並不情願，但是看到深受重傷EVA駕駛員少女綾波麗（綾波レイ），真嗣受到極大的震撼，終於答應乘坐EVA出戰。隨後，真嗣駕駛初號機被巨大的傳輸系統運送到地面。在夕陽的最後一縷餘輝中，初次作戰的EVA與來襲的使徒正面相對。隨之而來的是使徒一連串的猛烈攻擊。初號機的手臂和頭部受到嚴重的損壞，陷入癱瘓狀態，駕駛員真嗣也陷入了無意識狀態。就在大多數人都認為作戰失敗的時候，遭到重創的EVA初號機卻不明原因突然陷入“暴走”狀態，用近乎“虐殺”的方式，突破使徒賴以防禦的“絕對領域”，逼迫使徒以“自爆”方式與之同歸於盡。面對如此情景，NERV總部的大部分成員都震驚不已。戰鬥結束後，幾乎沒有受傷的真嗣被送進了醫院，接受短期的觀察治療。而清理戰場和維修初號機的工作也在有條不紊的展開。
在完成了預定工作之後，葛城美里把真嗣接回自家照料。從此，真嗣開始和美里一起生活。在經過了兩個星期的平靜之後，第四使徒由如約而至。
使徒來襲警報，瀰漫在整個城市上空，第三新東京市進入全面警戒狀態。真嗣的同學們都在防空洞內集中，這其中也包括真嗣在高中就讀的同學鈴原東治（鈴原トウジ）和“武器迷”相田劍介（相田ヶンスヶ）。在相田的慫恿下，鈴原跟相田一起離開防空洞，希望能夠見到與使徒作戰的真實場景。
面對瘋狂進攻的使徒，駕駛初號機迎戰的真嗣因為恐懼而選擇了逃避，但這並沒有給他帶來什麼好處，反而讓他陷入了更大的危機中。使徒利用自己“光帶”式的長臂，將初號機重重的甩在遠處的山丘上。而這時，真嗣發現了正在此處“觀戰”的鈴原和相田。這個突如其來的變故，讓真嗣陷入兩難的境地。出於本能，他操縱初號機試圖保護兩個人。與此同時，負責指揮作戰的葛城指示真嗣讓兩人進入駕駛艙。
然而，由於駕駛艙裡多出了兩個人，EVA的神經操縱系統受到干擾，作戰效能劇烈降低。可使徒的攻擊卻沒有減弱。隨著時間的流逝，EVA的能量幾乎耗盡，敗陣似乎已成定局。就在這千鈞一髮之際，孤注一擲得真嗣拔出高震動粒子刀，奮力刺向使徒。這奮力的一擊終於擊破了使徒的“絕對領域”。戰鬥在最後一刻結束了。
戰鬥結束後，已經瀕臨崩潰的真嗣選擇了離家出走，但還是被保安部的人帶回總部。最後經過了一份痛苦的掙扎，真嗣還是選擇了留下，繼續他作為EVA駕駛員的使命。
回到學校之後，真嗣開始注意同班同學、也同樣身為EVA駕駛員的綾波麗的一舉一動。真嗣從鈴原和相田的口中得知，比自己更早轉學來的綾波麗，一直以來都是沉默寡言、不苟言笑。然而，在一次例行的測試實驗中，真嗣無意中發覺了綾波里的另一面。當她面對自己的父親碇元渡時，就會顯露出難得一見的燦爛笑容。真嗣為此困惑不已。
此前由於技術事故，凌波麗駕駛的EVA零號機遭到嚴重損壞。直到第五使徒來襲之前才勉強修復。於是，在面對狡猾詭異的第五使徒之時，NERV得以同時派出兩架EVA迎戰。針對第五使徒的作戰計劃稱為“屋島作戰”，計劃的核心使用複雜的輸配電系統，把全日本的電能集中到有EVA初號機操作的改造陽電子炮上，採用狙擊戰術，一舉摧毀使徒。誰知，就在真嗣扣動扳機的時候，使徒也發動了攻擊。在兩股陽電子流相遇的一霎那，由於物理效應而導致偏差，首次攻擊失敗。指揮作戰的葛城立即下令進行第二次狙擊。而使徒卻搶先發動了二次攻擊。危急時刻，負責防禦的零號機以特製盾牌抵擋住了使徒的物理打擊，為第二次發射爭取了時間。就在零號機的防守行將崩潰前，真嗣再次扣動扳機——第五使徒被消滅。
戰鬥結束後，真嗣的拼命將載有綾波麗的機艙從遭受重創的零號機中取出，不顧一切的親手打開機艙封蓋救出綾波麗。面對真嗣，綾波麗說：“我不知道該如何面對你？”真嗣回答：“微笑就可以了。”
數週後，聯合國軍太平洋艦隊奉命運載由NERV德國支部負責製造的EVA二號機及其駕駛員，前往日本本土。葛城美里帶著真嗣、鈴原和相田一同前往迎接。在艦隊的旗艦上，他們見到了來自德國的二號機駕駛員明日香（アスカ）。而葛城也意外的發現，昔日的男友加持良智（加持リヨウジ）也在船上。原來，加持這次表面上是護送明日香和二號機去日本，實際上還負責運送（胚胎化）第一使徒亞當到NERV總部。不想，第六使徒突然從水下發動攻勢，企圖奪回亞當並摧毀EVA。二號機緊急出動，展開水下作戰。最終，在付出了太平洋艦隊幾乎全軍覆沒的代價之後，EVA以“艦炮狙擊”戰術擊破使徒的絕對領域。幾天後，已經在德國完成大學學業的明日香，以高中生的身份轉入了真嗣和綾波麗所在的學校。
如同往常一樣，第七使徒也悄無聲息的向第三新東京市襲來。由於第七使徒擁有“一分為二”的本領，所以戰鬥成敗的關鍵也就在於兩架EVA能否分毫不差的協同作戰。為此，葛城美里選擇了一首長度為62秒的樂曲，要求真嗣和明日香以音樂節拍為基準練習協同作戰。可是，兩人最初的配合，根本就找不到默契。明日香將責任完全推給真嗣，葛城便讓綾波麗代替明日香，結果非常成功。自尊心極強的明日香不願認輸，於是便努力的練習，終於達到了作戰要求。當使徒恢復行動能力的時候，兩架EVA同步展開“62秒作戰”，成功的殲滅使徒。
在經歷了多次的防禦作戰後，NERV試圖採取更加主動的作戰方式，並且成功的找到了尚未發育成熟的第八使徒。NERV決定派出經過特別改裝的二號機，希望能夠完整的俘獲位於地下1200米處熔岩層中的使徒幼體。但是，當明日香戴著被俘獲的使徒返回地面的時候，使徒突然覺醒，二號機被迫倉促迎戰。好在真嗣駕駛的初號機及時援手，這才化險為夷。
數日後的一天，NERV總部的三套供電系統同時發生故障，基地在失去能源供給的情況下，陷入癱瘓狀態。包括碇元渡在內的高層人物都懷疑這是一次蓄意破壞。果然，在NERV毫無防備的狀況下，第九使徒迅速襲來。危急時刻，NERV被迫決定以手動方式發射EVA。這是三架EVA的首次協同作戰。然而，當他們還在垂直通道中行進時，卻遭到了來自使徒的強酸攻擊。為此，三架EVA重新分配任務，一舉摧毀了蜘蛛狀的第九使徒。
由於在作戰指揮中的出色表現，葛城美里得到了晉升。可是，她對此似乎並不感到興奮。讓他永遠無法忘記的是胸前那道清晰的傷痕。15年前，當“第二次衝擊”發生的時候，美里的父親拼盡全力救出了女兒，自己卻不幸罹難。葛城是為了復仇才加入NERV的。由於正、副司令官身負秘密使命前往南極，葛城成為了NERV的最高作戰長官。
碩大無比的第十使徒悄無聲息的出現在印度洋上空，緊接著便向地球表面投下一連串威力巨大的“航彈”，而它本身就是一個威力更大的“炸彈”。很明顯，它的目的在於從空中完全摧毀NERV和EVA。要麼撤退，要麼決戰，葛城選擇了後者，雖然她的好友同時也是技術部主管的赤木律子（赤木レツコ）博士質疑她的動機，但是葛城已經下定了決心。這是一場速度與默契的較量，除非做到“完美”，否則決無勝算。結果，EVA沒有讓任何人失望——他們再次獲勝而歸。
“三賢人”（MAGI）系統是具有人性化操作界面的超級計算機。按照它的開發者赤木尚子的說法，組成它的三個人性邏輯模型，分別是“母親”、“女人”和“科學家”。它是NERV的主腦和心臟，也是律子母親赤木尚子的傑作。然而，在一次例行實驗中，系統外圍蛋白質壁上的一塊並不顯眼的腐蝕斑，卻不明原因的迅速擴散。當防禦裝置試圖用激光阻止它們擴散時，卻遭遇了“絕對領域”。原來，這就是類細菌態的第十一使徒。
使徒的目的非常明確：侵入並控制“三賢人”系統，進而誘發整個基地的自爆。雖然通過注入化學制劑的手段，曾經一度阻擋住了使徒的進攻。但是，使徒作為微生物的強大適應力，卻還是佔了上風，一道道防線不斷地被突破，勝負似乎已經只是時間的問題了。關鍵時刻，赤木以改變電腦邏輯程序的方法爭取到了兩個小時的時間。在瞭解了使徒的攻擊原理之後，赤木決定誘敵深入，在最後一秒鐘瓦解了使徒的進攻，NERV轉危為安。
隨著時間的推移，真嗣作為EVA駕駛員的表現越來越好，而且還超過了向來自負的明日香。明日香對這樣的結果非常的不滿，對周圍的人牢騷滿腹。就在真嗣漸漸樹立起自信心的時候，第十二使徒出現在第三新東京市，新的戰鬥已經無可避免。
第十二使徒與以往的使徒有很大的區別，浮動在空中的巨大球狀物，只是它用來自我偽裝的影子，而球狀物底下看似陰影的部分才是使徒的實體。由於不明底細，真嗣落入了使徒的陷阱，被困在使徒體內的名為“格拉古之海”的虛度空間裡。隨著時間的流逝，EVA初號機的動力即將耗盡，真嗣也面臨著生命危險。可是，初號機在能量耗盡的情況下，再次非常規重新啟動，一舉從內部摧毀了使徒。
或許沒有人會想到，原本並不起眼的鈴原東治以“第四適格者”的身份成為了從NERV美國（第一）支部轉移來的EVA三號機駕駛員。在此之前，同樣由美國負責建造的EVA四號機，在實驗中發生意外，整個NERV美國（第二）支部也因此而毀滅。
當EVA三號機的首次啟動實驗開始後不久，潛伏在三號機體內的第十三使徒（很可能是在三號機的運輸過程中侵入的）突然出現，三號機失控，松代實驗場被摧毀。由於葛城不在基地，身為司令官碇元渡直接指揮EVA出戰。可是真嗣因為不願傷害三號機內的駕駛員，拒絕執行進攻命令。碇元渡便命令啟動尚處於試驗階段的“Dummy System”，這是初號機首次在無人駕駛狀態下作戰。結果，EVA三號機與第十三使徒同歸於盡。鈴原雖然僥倖生還，但卻身受重傷。
目睹了自己的好友鈴原被初號機所傷，真嗣受到了極大的刺激。他竟然操縱EVA攻擊碇元渡。但卻被輕易制服。根據NERV的條例，真嗣的行為已經構成了嚴重的犯罪。真嗣本人也當面向父親表示不願在駕駛EVA。就在真嗣準備乘車離開第三新東京市的時候，警報再次響起。空前強大的第十四使徒，在初號機處於空置的狀態下來犯，並輕而易舉的突破了NERV的表面裝甲。明日香駕駛的二號機和綾波麗的零號機（尚未完全修復）先後被擊敗，使徒直搗NERV總部的中樞地帶。此時，因為使徒來襲而未能離開的真嗣，心情複雜而矛盾。沒想到，久未謀面的加持良智出現在真嗣的身邊並幫助真嗣恢復了信心，最終真嗣決定接受命運的挑戰。可是，第十四使徒的確太過強大，初號機陷入消耗戰，就在初號機核心部件即將被摧毀的瞬間，奇蹟再度發生，初號機駕駛員與EVA的同頻率上升到前所未有的400%，初號機也因此“覺醒”，之後便對第十四使徒展開瘋狂的反擊。原本強悍的使徒，在“覺醒”的EVA面前變得不堪一擊。令人驚愕的是，EVA居然在打敗使徒後，大口的啃食垂死的使徒。這到底是為什麼？EVA的背後到底有多少秘密還不為人知？
在經歷了與第十四使徒作戰失敗後，明日香的自尊心受到了極大的打擊。她怎麼也不能接受，向來被她蔑視的真嗣會變得比她更重要。不知不覺間，隱藏在她心底的陰影逐漸開始封閉她的心靈，或者說她已經越來越不適合駕駛EVA了。
形如巨鳥，被明亮的光芒所覆蓋的第十五使徒出現在了地球同步軌道上。EVA零號機和二號機出戰，而初號機則被“雪藏”。鑑於明日香的狀態越來越不穩定，NERV將視這次作戰的結果決定是否更換二號機的駕駛員。就在明日香瞄準使徒並準備射擊的時候，使徒卻搶先向二號機發動了精神波攻擊。在讚美神的哈利路亞樂曲中，明日香陷入了前所未有的精神打擊之中。她那原本賴以保護內心世界的心理防線被無情的撕破。隨之而來的是二號機的精神汙染指數急劇攀升，此時的EVA已經完全喪失了戰鬥力。最終，由凌波駕駛的EVA零號機使用“神之兵器”朗基勞斯槍將使徒摧毀。
此後，局勢的發展對NERV越來越不利，明日香因為遭受精神汙染無法再駕駛二號機，凌波在駕駛零號機與第十六使徒作戰時又身受重傷，而零號機又因為某種原因處於凍結狀態。NERV需要新的駕駛員。於是，NERV的上級機關SEELE委員會直接選送來了一名少年，名叫渚薰（渚カヲル）。在模擬試驗裡，渚薰的測試數值高得驚人，而他的背景資料卻被完全抹掉了。那麼，他到底是誰？對此，赤木律子給出了一個驚人的答案：那人也許就是最後的使徒。
果然，二號機在無人駕駛的情況下，突然自行啟動，偵測系統察覺到使徒的反應。在歡樂頌的樂曲聲中，化名“渚薰”的第十七使徒侵入了NERV的禁地——“最終教條”。
當真嗣得知被自己視為知己的渚薰，原來就是第十七使徒的時候，強烈的羞辱感讓他的憤怒達到了頂峰。他駕駛著初號機一路追趕著渚薰和二號機，也闖入了“最終教條”。
當真嗣和初號機到達的時候，渚薰卻已經決心一死，以換取絕對的自由。他帶著微笑說，能夠與真嗣相遇感到非常幸福。他要真嗣殺死他，並說這是為了人類的未來。緊接著是長久的緘默，直到渚薰的身體在初號機的手中被捏地粉碎。至此，所有使徒都別消滅了，但人類的未來仍舊充滿疑惑。
巨人的本質
從機動戰士到福音戰士，熱血機甲科幻的激情主題被不斷地傳承著，甚至連故事主線都有雷同之處——原本與戰爭無關的平民少年，因為機緣巧合登上了巨型機甲，最終成為了英雄，從阿姆羅•利到一條輝，再到碇真嗣，都是如此。當然，也有一些完全不同風格的機甲科幻作品，像是《機動警察》（Patlabor Memorabilia），講述的是專門懲治智能機器人犯罪的（Labor）的特種警察部門警視廳特車二課的故事。但戰鬥機甲的故事依然是主流，而且出現了相互滲透的趨勢，續集中的機動戰士學會了變形（參見“高達Z”），向銀河中心挺近的新一代要塞戰士遭遇了外形酷似“使徒”的外星戰鬥機器人（參見“Macross Frontier”），而說起福音戰士的主創人員，幾乎毫無例外都是伴隨高達、Macross一起長大的科幻達人。那麼，熱血機甲科幻何以有如此巨大的魅力與持久力呢？
其實，戰鬥機甲儘管在外觀上往往具有巨型機器人的特徵，但它們並不是真正的機器人，因為他們沒有獨立意識，需要人類駕駛者操控。不過，這種裝備之所以被稱為“機甲”的原因是它向中世紀騎士的甲冑一般包裹著駕駛者，但是強大的科技力往往又賦予這種巨型機器以強大的火力、完善的防護力和卓越的機動性。在科幻作品中，作為一種兵器的戰鬥機甲既能消滅敵人，又能保護駕駛者免受敵人的攻擊，同時又是機動載具。而就其本質來說，戰鬥機甲作為一個科幻創意所體現就是人與機器的“合體”，通過這種“合體”，駕駛者本身實現了自身的“神化”，也就是說，平凡的人類通過乘上戰鬥機甲，藉由科技的力量化身為“超人”，從而獲得同強大對手匹敵的無限力量。因而，儘管有人評論認為，戰鬥機甲缺乏實戰意義，無法真的走入戰場，但顯然他們忽略了一個重點，科幻並不僅僅是科學的預言，更是人性的預言，因為在每一個人的心中都有一份對強大自我的渴望。只要這份渴望存在，人類總有一天會披上機甲的外衣，只希望那就為了和平與建設的目地，而非為了戰爭與破壞。
