一、
我国公司法并没有将公司的设立协议规定为公司设立环节必备的法律文件，因此对于通常的有限责任公司，公司设立协议是任意性文件；
而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。
二、
设立协议是不要式法律文件，其内容更多体现了当事人的意志和要求，需要遵守合同法的一般规则；
而公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，是公司登记必须送达的文件之一，要经过过有关部门的审查。
三、
设立协议由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；
而公司章程调整的则是所有股东之间，股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的股东，都受章程的约束。
四、
公司设立协议，如果有任何一方当事人不同意，设立协议就不能成立或协议生效后就不能修改变更；
而公司章程的通过和修改，并不要求全体股东一致同意。有限责任公司的章程，即使在设立时的通过需要全体设立人同意，但公司成立后修改只需三分之二表决权的股东同意即可。至于股份有限公司的章程，公司设立时的通过还是订立后的修改，都不需要全体股东的同意。
总结就是，章程是“少数服从多数”的原则来订立和修改的，而设立协议是依“当事人意思表示一致”的原则来订立和修改的。
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