孔毓圻，字钟在，又字翊宸，号兰堂，孔子第六十七代嫡孙，生于清顺治十四年（1657）七月二十二日，于康熙六年（1667）袭封衍圣公，时年仅十一岁。《阙里文献考·世系》载其“初入觐，召见瀛台，进退礼度悉如成人，及奏对，复称旨。上为嘉悦。时年公甫十一耳。八年夏四月，圣祖幸太学，公应召陪祀。礼成，昭圣太皇太后召见宫中，赐之坐，垂问家世及父燮得病之由，公具以对。命宫人授茶及克食。辞出，懿旨命内臣送至宫门外，谕从官善辅翼之。上尝御殿，公随诸大臣朝参。及退，特命由御道行。公逡巡辞，上敦谕，乃趋出。两宫眷顾之隆，实古今所未有也。十四年晋太子少师。二十三年圣驾东巡狩，还，过曲阜，行释奠礼，复展谒圣林，周览遗迹。公因以扩林地、置守卫上请，蒙特赐地十一顷有奇，除其租赋。设百户一员，秩视卫守备。公以车驾幸鲁，隆恩异数，旷古所无，思编勒成书，垂之不朽，乃延请名流，辑《幸鲁事典》一书上之。”
《清史稿·儒林列传》亦载：“毓圻，字钟在。方幼，年十一，朝京师。圣祖召见瀛台，礼度如成人，奏对称旨。越二年，上幸学，召毓圻陪祀，太皇太后召入见，赐坐，问家世，具以对，赐茶及克食。辞出，命内臣送至宫门外，传谕从官善辅翼之。上御殿，毓圻从诸大臣朝参，及退，命自御道行，逡巡辞，上敦谕之，乃趋出。加太子少师。二十三年，上东巡，释奠孔子庙，留曲柄黄盖。谒林，周览遗迹，每事问，毓圻谨以对。因请扩林地，置守卫，除租赋，设百户，官秩视卫守备，皆许之。毓圻辑《幸鲁盛典》以进，复奏请重修孔子庙。”
清代的帝王对孔子嫡裔的优礼相比前朝非但是有过之而无不及，更是到了无以复加的地步。康熙八年，当十三岁的衍圣公孔毓圻入觐朝参之后，玄烨命他可以从皇帝专用的御道行走，在孔毓圻十九岁的时候被晋为太子少师，康熙二十年再加孔毓圻太子少师衔，晋阶光禄大夫。
身为孔氏大宗嫡长的衍圣公，奉祀和守卫祖庭林庙是其主要职责。孔毓圻在承爵期间多有建树，曾于康熙十年重修启圣林，享殿、墓门、墙垣，均得到恢扩旧制；十三年重修尼山孔庙、洙泗书院；十六年以祭田盈余维修孔庙诗礼堂、金丝堂及大成门等十余座门坊，增建泮水桥，改碧水池石栏；二十二年立先贤宰予墓碑；二十三年扩展至圣林地一千一百多亩，重筑围墙；重修《孔子世家谱》二十四卷，这次修谱自康熙二十一年始，历时三年而成。在此之前的孔氏家谱都是以《孔氏族谱》为名，此次修谱时族人孔尚任认为始祖孔子被誉为“素王”，司马迁编撰《史记》的时候早就将孔子列入诸侯一级的“世家”，因此倡言更名为《孔子世家谱》，这个建议得到衍圣公孔毓圻的批准，自此孔氏谱牒始定《孔子世家谱》之名。同时，在此之前的孔氏谱牒只收录曲阜一带的六十户，但孔氏后裔在历史上却徙出者众多，这次修谱还特撰《流寓记》，罗列了一些当时能够寻访得到的外地族人。
康熙七年夏四月，清圣祖遣光禄寺卿杨永宁诣阙里祭告孔子。十四年冬十二月，因册立皇太子，又遣宗人府丞马汝骥诣阙里祭告孔子曰：“朕惟治统缘道统而益隆，作君与作师而并重。先师孔子德侔天地，教范古今，历代帝王咸宗道法，用臻治安。朕奉天眷命，绍缵丕基。懋建元储，以崇国本。景行至圣，肃举明禋。兹遣专官虔申殷荐，伏惟鉴格，尚翼居歆。”康熙二十年冬十二月，以削平三藩再遣右副都御史宋文运诣阙里祭告孔子，其文曰：“朕惟治统缘道统而益隆，作君与作师而并重。先师孔子德侔天地，教范古今，历代帝王咸宗道法，用奏治安。朕奉天眷命，绍缵丕基。翦除凶残，乂安海宇。告功至圣，肃举明禋。兹遣专官虔申殷荐，伏惟鉴格，尚翼居歆。”（《阙里文献考·卷十七》）
康熙二十三年（1684）清圣祖亲谒阙里，行三跪九叩大礼，“御书万世师表四字”，并谕“历代帝王致祀阙里，或留金银器皿。朕今亲诣行礼，务极尊崇，异与前代。所有曲柄黄盖，留之庙中，以示朕尊圣之意”（《幸鲁盛典·卷七》）。清帝玄烨亲诣阙里，诚如《清史稿》所载，扩林地、置守卫、免租赋，并设置百户官一员，此皆孔毓圻所请。而玄烨亲谒阙里，无论是对曲阜县，还是对衍圣公孔毓圻，以及包括整个孔氏家族来说，都是一件大事。孔子第六十四代孙、著名学者孔尚任在当时应孔毓圻之请筹备祀典、经筵讲习之事，后来在其《出山异数记》记载说：
天子东巡有事阙里，宗公族姓复留任襄办祭事，任乃率诸弟子在庙肄习，至十月初七日乙亥，上遣太常寺丞张量馨、鸿胪寺鸣赞铅布赍香帛来阙里监视祭器与任共事月余。十一月十六日丁丑……上谕曰：“阙里系圣人之地，秉礼之乡。朕幸鲁地致祭先师，特敷文教，鼓舞儒学。祀礼告成，讲明经书文义，穷就心传，符合大典。于孔氏子弟选取博学能讲书人员，令撰次应讲经义，预期进呈。”
圣驾幸鲁，九月二十四日，衍圣公孔毓圻率五经博士孔毓埏等人北行远赴齐河迎驾。玄烨遣太常寺丞张量馨、鸿胪寺鸣赞铅布赍香帛先期至阙里，饬执事有司演习礼乐，并携带国子学所用乐舞袍服以往。十一月十七日，清圣祖玄烨抵达曲阜，衍圣公孔毓圻率孔、颜、曾、孟、仲五氏翰林院五经博士及各氏族人年十六以上者、及曲阜官绅耆老；山东巡抚张鹏率司道以下、及本处守令属员；登州总兵官林宗率沂州协守都督佥事霍维鼐等，至县界东郊接驾，士庶观者以数万计。玄烨驻跸城南行宫，太常寺官员于行宫拟定礼仪，皇上行两跪六叩头如释奠太学仪，不用乐。清圣祖不允，以尊礼先师，应行三跪九叩头礼，且用乐。时孔尚任记曰：
十八日乙卯，上乘舆入城，诣先师庙。至奎文阁前，降辇入斋幄，少憩，即步行升殿，跪读祝文，行三献礼，三跪九叩头，为旷代所无。牲用太牢，祭品十笾豆，乐舞六佾，其执事礼乐弟子皆任所教也。任在诗礼堂伺经筵，不获陪位。礼既毕，上还斋幄少憩，更便服鹰白色袍，石青色褂。辰刻，内阁学士席尔达、太常寺卿葛思泰导引，上由奎文阁东入承圣门，步升诗礼堂御座。百官听讲。（《出山异数记》）
令内阁学士麻尔图、翰林院学士常书、都察院副都御史孙果、翰林院掌院学士孙在丰、内阁侍读学士徐延玺、翰林院侍读学士朱玛泰、太仆寺少卿杨舒、钦天监监正安泰分献四配十哲及两庑从祀先贤先儒，巡抚张鹏率司道府等、衍圣公孔毓圻率各博士及族人等皆陪位。遣国子监祭酒阿礼瑚祭告启圣祠。（乾隆《曲阜县志·通编》）
时清圣祖玄烨御制祭先师文曰：“仰惟先师，徳侔元化，圣集大成。开万世之文明，树百王之仪范。永言光烈，罔不钦崇。朕丕御鸿图，缅怀至道。宪章往哲，矩矱前模。夕惕朝乾，覃精思于六籍；居今稽古，期雅化于万方。翳惟典训之功，实睹乂安之效。兹者巡省方国，至于岱宗，瞻望鲁邦，爰来阙里。空堂至止，恍闻丝竹之声；旧寝徘徊，喜动宫墙之色。车服礼器，宛然三代遗风；几杖册书，夐矣千秋盛迹。忾明灵之俨在，文治遐昌；肃禋祀以惟虔，精忱庶格。”御制启圣殿祭文曰：“惟公系本神灵，生称瓌玮，勇力闻于鲁国，皆道德所发皇；政事纪于鄹邦，悉文章所宣著。笃生圣子，代为帝师。寰宇崇岁祀之仪，不先父食；古今奉斯文之统，共指家传。兹值东巡，特临曲邑。溯三千年之教泽，孰非厚德燕贻；垂七十世之孙谋，如见神明陟降。用修彝祭之典，代以扈从之臣。泗水环流，知发源之有自；防山耸峙，占积庆之无疆。牲醴式陈，尚其歆格。”（《幸鲁盛典·卷一》）
《幸鲁盛典》书影
释奠结束后的经筵讲习，由孔尚任进讲《大学》首章，孔尚鉝进讲《易·系辞》。讲毕，清圣祖令大学士王熙宣谕衍圣公孔毓圻等：“至圣之道，与日月并明，与天地同运，万世帝王咸所师法，下逮公卿士庶，罔不率由。尔等远承圣泽，世守家传，务期型仁讲义，履中蹈和，存忠恕以立心，敦孝悌以修行，斯须弗去，以奉先训，以称朕怀。尔其祗遵毋替。”讲筵毕，玄烨出诗礼堂，面谕大学士王熙、明珠说：“孔尚任等陈书讲说，克副朕怀，著不拘定例，额外议用。”又谕：“朕初至阙里，礼典既成，意欲遍览圣迹。着衍圣公孔毓圻、山东巡抚张鹏、口北道孔兴洪、讲书官孔尚任、孔尚鉝引驾。”遂复至大成殿瞻仰圣像，观览礼器。又召孔氏子孙入殿内，谕曰：“至圣之德，与天地日月同其高明广大，无可指称。朕向来研求经义，体思至道。欲加赞颂，莫能名言。特书‘万世师表’四字悬额殿中，非云阐扬圣教，亦以垂示将来。历代帝王致祭阙里，或留金银器皿。朕今亲诣行礼，务极尊崇异于前代。所有曲柄黄盖留之庙中，以示朕尊圣之意。”出殿后，再至圣迹殿观瞻，又观览先师手植桧，御制《古桧赋》并赋诗一章。当玄烨看到汉元嘉始置《百石卒吏碑》时，询问历史原因，孔尚任解释说：“百石卒吏，即今守庙百户官也。”孔毓圻趁机奏请“典籍、司乐、管勾等官，皆奉朝选，惟百户止由臣札委，乞一体题授”，当即得到玄烨的批准，从此衍圣公属官之一的百户官也由吏部备案铨叙。清圣祖玄烨旋又驾幸孔林，诣孔子墓，行一跪三叩头礼。孔毓圻又趁机请求展扩孔林重筑围墙得到允许，并拨给土地一千一百亩以增广孔林面积。玄烨此次亲祭，给予孔子后裔众多优待，除了遍赐参礼的孔子后裔外，还赐衍圣公和诸博士书籍、貂蟒、银币不等，陪祀观礼的孔衍博等十五人被作为恩贡生送国子监读书，任职官员以应升之缺优先任用，世袭官员各加一级，并免曲阜县境内本年地丁银。又御书“节并松筠”四字赐给孔毓圻祖母陶氏，并封一品太夫人。
清圣祖玄烨御书“万世师表”榜书，现存台北故宫博物院。
为表示对清圣祖隆遇宠渥的感激，衍圣公孔毓圻后来奏请撰修《幸鲁事典》，使此“隆恩异数”布之方册，垂之永久。当书成之后进呈清圣祖过目，玄烨亲自为之作序。后来清圣祖又特旨于北京西山取石，勅立《大清皇帝御制阙里至圣先师孔子庙碑》，是碑重达六十五吨，是阙里孔庙御碑中最大的一座。是年，孔毓圻还命孔尚任等人重修孔氏族谱，并新修《阙里志》（即《阙里（新）志》）。
阙里孔氏在明孝宗弘治朝之前并无专门的志乘，仅有《东家杂记》、《孔庭纂要》、《祖庭广记》、《孔门佥载》等孔氏志书。为了弥补这个缺憾，在弘治年间重修阙里孔庙告成，李东阳衔命恭诣阙里致祭时，曾吩咐当时的山东按察副使提督学校陈镐整理前人著述汇集成册。陈镐主要根据孔子六十一代孙孔弘干《孔门佥载》四十卷，并在其基础上增补了历代追崇孔子及林庙古迹和逸闻逸事，纂成《阙里志》十三卷，李东阳为之作序。后来明末崇祯时期，又经过衍圣公孔胤植订补增益，达二十四卷，因成《阙里（旧）志》。衍圣公孔毓圻此时延请孔尚任再次增修《阙里志》，以增补清圣祖的幸鲁之典。孔继汾《阙里文献考》卷七十七“子孙著闻第十五之五”记载说：“尚任博学有文名，通音律，谙祖庭典故，尝患《阙里（旧）志》未备，广搜别采，别撰新《志》二十四卷。”《阙里文献考》卷一百“叙考”中又说：“康熙丁丑，族祖聘之尝别纂新《志》，一变旧志体例，颇有所增益。而芜杂传会，失更过之，故其书久而不行。”孔毓圻延聘孔尚任此时新修的阙里志，被后世名为《阙里（新）志》，但此书因错误过多并没有得到大量刊行，而明人陈镐版的阙里志也因之被称为《阙里（旧）志》。
康熙二十八年（1689）六月，衍圣公孔毓圻上疏请求维修阙里孔子庙。礼部议复工部后，以事务繁多准备暂缓动工，清圣祖则否决了这个建议，认为“阙里圣庙崇奉先师，万代瞻仰，理宜修葺，着差工部、内务府官员前往确估”，于是诏修阙里孔子庙。有司堪估后，即拨帑银八万六千五百两重修。康熙二十九年（1690）四月，孔毓圻之弟、世袭翰林院五经博士孔毓埏请创建述圣庙，“诏许之”。阙里圣庙此次维修于康熙三十年夏四月兴工，至三十二年秋八月告竣。《阙里文献考》卷十二记载说，此次维修“凡修大成等殿五十四间，大成门等门六十一间，两庑八十八间，棂星门一，牌坊二”，并立孔庙下马碑。冬十月，以重修阙里孔子庙告成，清圣祖遣皇三子诣阙里祭告孔子，并诏皇四子、皇八子陪祀。
《阙里文献考·世系》记载孔毓圻生于承平之际，备受清廷优礼，凡奏请皆都得到批准施行。所以孔毓圻感激殊恩，益加警惕，曾经对人说：“某以弱龄承藉先泽，荷朝廷格外褒崇，不责以有司之事而养尊处优，以悠游在此位者，虽万死不足以报称。”故孔毓圻直至终老，都是敦率礼仪，倡明教学，五十余年如一日，以风俗人心为己任，夙夜敬慎，而不敢稍有疏忽懈怠。
康熙三十四年冬十二月以畿辅灾伤及山西平阳地震、四十二年春三月以清圣祖五旬圣寿、四十八年夏五月以皇太子复立、五十二年春三月以清圣祖六旬圣寿、五十七年冬十二月以孝惠皇后升祔太庙、六十一年冬十一月世宗胤禛即位，均遣使致祭于阙里，衍圣公孔毓圻皆适当其时。
雍正元年（1723），新即位的清世宗胤禛以自古师道无过于孔子，诚为首出之圣，为表达尊崇先师之至意，特追赠孔子上五代王爵，谕内阁及礼部曰：“至圣先师孔子，道贯古今，德参天地。树百王之模范，立万世之宗师，其为功于天下者至矣。而水源木本，积厚流光。有开必先，克昌厥后，则圣人之祖考宜膺崇厚之褒封。所以追溯前徽，不忘所自也。粤稽旧制，孔子之父叔梁公，于宋真宗时追封启圣公。自宋以后，历代遵循。而叔梁公以上，则向来未加封号，亦未奉祀祠庭。朕仰体皇考崇儒重道之盛心，敬修崇德报功之典礼，意欲追封五代，并享烝尝。用伸景仰之诚，庶慰羹墙之慕。”（ 《钦定国子监志·卷首一》）春三月，胤禛下诏追封孔子先世五代为王爵：木金父为肇圣王、祈父为裕圣王、防叔为饴圣王、伯夏为昌圣王、叔梁纥为启圣王，以启圣祠合祀五代，更名为崇圣祠。冬十月，孔毓圻入京谢恩，不幸得疾卧邸，清世宗遣御医刘声芳前往诊视，并赐以参饵。十一月十一日，衍圣公孔毓圻病逝于北京衍圣公府，享年六十七岁。清世宗闻讯“为震悼，遣内大臣奠茶酒，谕大学士会同礼臣从优议恤典。又命三品以上汉官会吊会送。榇归之日，特命皇三子及庄亲王率内大臣四员、侍卫二十员至第再奠茶酒送殡，遣行人司司正李据护送乘传归里。”（ 《钦定国子监志·卷首一》）孔毓圻葬于祖墓东北，谥曰“恭悫”。世宗并为孔毓圻亲撰御制碑文：
朕惟国家礼重尊师，必显庸夫！后裔谊隆，眷旧宜诞，沛乎殊荣，稽彝典以易名，树丰碑以示恤，所以广皇仁、彰圣教也。尔孔毓圻族高东鲁，系本素王。秉性朴诚，荷天家之雨露；持身谦谨，奉阙里之烝尝。勤职守于五十余年，承统绪于六十七世。朕诞膺宝祚，笃念前徽，晋五代之王封，昭千秋之祀典。尔感恩入谢，忽遘沉疴奄逝。遽闻良深轸恻，既厚饬终之礼。复加论定之名，肃履允符，曰恭曰悫。於戏！溯泗水之渊源，天章永焕；望凫山之峻峙，云碣常新。爰示宠施，垂于无斁，不亦休哉。
清世宗曾尊称孔毓圻为师，故以仰视之情撰文以祭，又命会葬之日，立碑建亭，加祭二次，均以非常之礼隆遇之。清世宗的御制孔毓圻墓御碑和御碑亭，也是至圣林中历代衍圣公所唯一。
孔毓圻工书善画，有《金人铭》、《后赤壁赋》、《兰堂遗稿》等作品传世，其画尤长于兰花，笔墨清雅。元配张氏，涑水人，总督直隶山东河南军务、兵部尚书、都察院右副都御史张悬锡之长女，顺治十一年二月十二日生，康熙十八年十一月初三日卒，行年二十六岁，封夫人；继配叶氏，讳粲英，昆山人，山东按察使司副使分巡济宁道叶方恒第三女，康熙五年三月十二日生，康熙三十一年正月十二日卒，行年二十七岁，封夫人；继配黄氏，大兴人，陕西巡抚黄尔性之女孙、福建长汀知县黄华实第八女，康熙十六年二月初四日丑时生，乾隆二十八年十二月初一日卯时卒，享年八十七岁，封夫人。
孔毓圻书画作品
孔毓圻四子：孔传铎、孔传鋕、孔传钲、孔传镛。女四：长适太子太保、太子太傅、文华殿大学士兼吏部尚书遂宁张鹏翮之次子、淮安府海防山安同知张懋龄；次适福建延建邵道布政使参议睢州王式谷之子王樗；三适内务府大臣丁皂保之长子、慎刑司郎中丁松；四适都察院右副都御史大兴黄登贤。
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