細思極恐!身為“竊賊”的巨型病毒,為什麼要保留新陳代謝基因?

病毒,是一種非細胞生命形態,由核酸和蛋白質外殼構成。病毒沒有自己的能量代謝結構,也沒有酶系統,其複製增殖所需的能量和酶蛋白完全依賴於從宿主細胞中竊取。因此,

在自然界中,病毒一直扮演著一個“偷盜者”角色。

然而,近年來的研究表明,有些病毒除了含有感染宿主細胞並複製增殖的基因之外,還極為反常地攜帶著其他功能基因。不久前,BioWorld公眾號就曾報道了一些巨型噬菌體攜帶CRISPR-Cas系統基因,模糊了生命與非生命之間的界限:最新發現的巨型噬菌體病毒,讓生命與非生命界限徹底模糊

近日,美國弗吉尼亞理工學院暨州立大學生物科學系的研究人員在 Nature Communications上發表題為:Dynamic genome evolution and complex virocell metabolism of globally-distributed giant viruses 的研究論文。

此項研究發現巨型病毒基因組中含有與新陳代謝相關的基因,它們可能利用這些基因將宿主細胞轉化為超級能量工廠

進一步研究表明,這些基因是病毒特異性的、獨立於細胞生命之外的,並且是在很久以前獲得的

細思極恐!身為“竊賊”的巨型病毒,為什麼要保留新陳代謝基因?

海洋中已發現20多萬種病毒,有些是巨型病毒,又被稱為核質大型DNA病毒(NCLDV),之所以如此命名,是因為它們的大小往往是普通病毒的10倍左右,甚至比某些細胞還要大。巨型病毒一直到2003年才被發現,從那時起,科學界便對這類特殊的病毒進行研究。

系統發育分析表明,巨型病毒具有共同祖先,並具有源遠流長的進化史。這些病毒主要感染阿米巴原蟲浮游植物——減緩氣候變化和控制海洋生態系統的重要角色,因此,巨型病毒對地球生態具有極為關鍵的影響作用

在此項研究中,弗吉尼亞理工大學的Frank Aylward教授及其團隊通過公共數據庫搜索獲得了501個疑似巨型病毒基因組,並將它們與121個已知的參考基因組進行比對,從而建立了一個系譜圖。

細思極恐!身為“竊賊”的巨型病毒,為什麼要保留新陳代謝基因?

研究人員發現這些巨型病毒極其多樣化,可分為54個不同的組,並且其中一些基因組是科學界的新發現,可能代表了新物種。

通過評估這些巨型病毒基因組的編碼代謝多樣性,研究者在廣泛分佈的巨型病毒中發現了多種代謝基因,包括許多參與營養吸收和處理、光捕獲和中心氮代謝的基因,這些基因證實了巨型病毒與宿主細胞之間存在複雜的相互作用

細思極恐!身為“竊賊”的巨型病毒,為什麼要保留新陳代謝基因?

緊接著,Frank Aylward等還報道了許多編碼糖酵解成分、糖異生、乙醛酸分流和TCA循環的巨型病毒,包括一個具有70%完全糖酵解途徑的基因組,這表明它們可能可以重新編程宿主細胞的中心碳代謝。

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除此之外,研究人員通過系統發育分析表明,巨型病毒的代謝基因具有極為久遠的進化歷史,與細胞內的代謝基因有較大差異,這意味著

這些代謝基因很可能是在巨型病毒發源早期獲得的

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打個比方說,巨型病毒攜帶代謝相關基因,就像是一個小偷帶著鈔票製造機去行竊一樣,並且這個鈔票機還顯得有點舊,和現在的款式有點兒不同。這讓人感到驚訝而又新奇——真是一個奇葩!

值得注意的是,目前仍未清楚這些巨型病毒攜帶代謝相關基因的實際意義

。對此,聯合基因組研究所的微生物學家Frederik Schulz表示:“不要對這一研究結果進行過於寬泛的推測,這些基因可以幫助細胞新陳代謝,並不意味著它們對病毒也有同樣的作用。”

論文鏈接:

https://doi.org/10.1038/s41467-020-15507-2


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