派出所所長違法辦案的話可以向派出所的上級機關，人民檢察院或監察機關進行舉報，而且，現在國家正在大力掃黑除惡，鐵腕反腐，在這樣的狀態下，派出所所長公然違法辦案這屬於頂風作案。但是舉報的時候一定要有該所長違法辦案的確切證據。
一、對派出所所長違法辦案如何舉報？
派出所違法辦案向上級機關、人民檢察院和行政監察機關舉報。
第二十二條 人民警察不得有下列行為：
(一)散佈有損國家聲譽的言論，參加非法組織，參加旨在反對國家的集會、遊行、示威等活動，參加罷工;
(二)洩露國家秘密、警務工作秘密;
(三)弄虛作假，隱瞞案情，包庇、縱容違法犯罪活動;
(四)刑訊逼供或者體罰、虐待人犯;
(五)非法剝奪、限制他人人身自由，非法搜查他人的身體、物品、住所或者場所;
(六)敲詐勒索或者索取、收受賄賂;
(七)毆打他人或者唆使他人打人;
(八)違法實施處罰或者收取費用;
(九)接受當事人及其代理人的請客送禮;
(十)從事營利性的經營活動或者受僱於任何個人或者組織;
(十一)翫忽職守，不履行法定義務;
(十二)其他違法亂紀的行為。
第四十二條人民警察執行職務，依法接受人民檢察院和行政監察機關的監督。
二、派出所民警辦案程序
派出所民警辦案程序如下：
(一)治安案件
1、公民報案，公安機關應當及時受理，進行登記。
2、對不屬於公安機關職責範圍內的事項，告知當事人向其他有關主管機關報案或者投案，並說明理由。
(二)刑事案件
公民報案，公安機關應當立即接受，問明情況，並製作筆錄，經宣讀無誤後，由報案人簽名或者蓋章。必要時，公安機關可以錄音。
對於接受的案件，或者發現的犯罪線索，公安機關應當迅速進行審查。經過審查，對於告訴才處理的案件和被害人有證據證明的輕微刑事案件，應當將案件材料和有關證據送交有管轄權的人民法院，並告知當事人向人民法院起訴。
對於有控告人的案件，決定不予立案的，公安機關應當製作《不予立案通知書》，在七日內送達控告人。控告人對不立案決定不服的，可以在收到《不予立案通知書》後七日內向原決定的公安機關申請複議。原決定的公安機關應當在收到複議申請後十日內作出決定，並書面通知控告人。
派出所作為國家基層的司法機關本來就應該站在正義這一邊，像是派出所所長故意違法辦案的這種狀況，可能是因為該所長跟本案的犯罪嫌疑人有著某些扯不清楚的關係，如果舉報屬實，對於該派出所所長身上所存在的一切違法事實全部都會如實調查清楚的。
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