2003年非典以後，我國的疾病預防控制體系得到一次升級的機會。然而，去年年末，突如其來的新冠肺炎疫情對疾控體系建設來了一場實戰大考，結果並不理想，也反映出很多問題。
主要問題有哪些？
（一）疫情直報系統運行不暢。
（二）疾控專業人才隊伍比2003年還有減少。據《2018年我國衛生健康事業發展統計公報》，全國各類醫療衛生機構的人員數為1230萬，醫生737.5萬，而疾病預防控制中心人員僅18.8萬，其中衛生技術人員為14萬人。
《2003年中國衛生事業發展情況統計公報》顯示，當年疾病預防控制中心(防疫站)衛生人員20.8萬人，其中衛生技術人員15.9萬人。兩相比較，2018年比2003年，疾控中心的人員數量出現下降。
從2014年到2018年，在其他各類醫療衛生人員數量呈現逐年增長的趨勢下，我國每千人口公共衛生人員從0.64降低到了0.63。
（三）疾控系統人心浮動。2019年6月，在國務院發展研究中心召開的一場研討會上，中國疾病預防控制中心流行病學首席科學家曾光表示：因為長期積累的各種問題，以及受近期政策性原因導致收入進一步下降的影響，疾控系統人心浮動、人才加速外流。近三年來，僅國家疾控中心流失的中青年骨幹計有百人之多，有些地方疾控機構人才流失可能更嚴重。
（四）縣級疾控中心現狀堪憂（以某縣為例）。
一是專業技術人才十分短缺，缺編嚴重。中心設有9個科室，共有職工33人，其中衛生專業技術人員16人，佔48.5%。副高職稱2人，中級5人，初級7人，無職稱2人。33名職工中本科學歷2人，大專學歷13人，中專14人，中專以下4人。年齡40歲以上23人，佔總人數的69.7%。根據省編辦〔2015〕208號各級疾病預防控制中心機構編制標準實施辦法，縣疾控中心原則上按轄區常住人口萬分之1.25的比例設編，該縣46萬人，應編制58人，現實編32人。
二是基礎設施老化，投入不足。佔地面積3088平方米，2004年利用國債項目新建了實驗大樓，購置了部分檢驗檢測設備。現有辦公樓三幢，建築面積2700平方米。
三是工作經費渠道單一。疾控中心是全額財政供養事業單位，無其它任何事業性收入，日常工作靠中省轉移支付疾控項目和縣財政年度經費支撐。
四是專用車輛破舊。現有業務用車2輛。2005年國家艾滋病全球基金項目免費配發瑞豐8座商務麵包車一輛，目前車輛老化、故障頻發、已達到報廢年限。2010年省衛生廳免費配發免疫規劃疫苗冷鏈運轉專用車一輛，車齡已10年。
五是缺乏績效考核制度，影響疾控幹部工作積極性，未被納入政府年度績效考核範疇，未能享受年終獎政策待遇。
相關建議
（一）依法實施疫情報告，減少人為干預，充分發揮國家投入巨資建立起來的據說比較先進的疫情網絡直報系統。
（二）切實加強疾病預防控制專業人才的培養培訓。首先要從國家長治久安的戰略高度去規劃疾病預防控制體系和人才隊伍建設。
此次疫情後，無論是經濟學者，或是醫學界人士，不少人都在呼籲國家增加公共衛生體系的投入，尤其是加強一線公共衛生防疫隊伍建設。
黃奇帆就建議
公共衛生與防疫人才的培養一定要擴大規模、提高質量，要鼓勵雙一流大學設立高質量的公共衛生學院，而不是隻有醫學院校來設置這一專業；建設一所國家重點的公共衛生與防疫大學，比如叫做“中國公共衛生大學”，教學與科研並重，為國家培養高端的公共衛生與防疫人才，同時集中力量建立公共衛生與防疫的研究體系、實驗室體系，彙集全球高端科技人才，承擔中國乃至全球公共衛生領域的前沿研究工作。
（三）在深化醫藥衛生體制改革中要統籌做好疾控體系改革。特別要注意，疾控體系只能加強，不能削弱；人才隊伍只能穩定強化，不能人心浮動、人才流失。要把疾病預防控制納入國家安全戰略。
（四）切實重視基層疾控機構能力建設。
一是增加專業技術編制，引進專業技術人才。把疾控建設成真正的專業化技術隊伍，讓疾病預防控制的專業問題由專業機構專業人員說了算。
二是加強基礎設施建設，讓房子能夠滿足業務需求。
三是多渠道增加疾控工作經費，保障疾控業務正常有效開展，將疾控機構工作經費納入年度預算並全額保障，為健康中國戰略實施提供堅強的技術支持。
四是建立健全獎勵激勵機制，實行績效考核制度。研究制定疾控機構職工薪金績效考核辦法，提高疾控機構人員待遇水平，有效調動人員工作積極性，讓想幹事、能幹事、肯幹事的職工能力充分得到發揮；將疾控中心納入政府年度目標責任考核範圍，兌現獎懲；落實文件要求，提高疾控中心防疫津貼補助標準。
五是加強疾控中心實驗室能力建設。配置必要的檢測、檢驗設備，改造升級實驗室，加強人員培訓，啟動計量認證，切實提高疾控中心檢驗檢測工作能力。
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