萬曆怠政，是指明朝明神宗當政期間的怠政現象。明神宗的長期怠政主要是執政中後期，因其對政事心灰意懶，加上久病不愈無法處理政事，造成了其長達20年的怠政。數十年的怠政造成當時明政府政務廢弛的現象，在女真族興起並侵佔明朝東北領土、擴張勢力的同時，明神宗依然稱疾不上朝，是導致明朝逐步步向滅亡的原因之一。
萬曆十年（1582年）六月二十日，內閣首輔張居正卒，萬曆十四年（1586年）後，神宗就開始連續不上朝。李太后年紀漸大，對神宗也實在無力管束。
萬曆十七年（1589年）元旦，神宗以日食為由免去元旦朝賀。萬曆十七年十二月二十一日，大理寺左評事雒於仁上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請罷官。最後明神宗竟三十年不上朝，只在萬曆四十三年（1615年）勉強到金鑾殿上亮了一次相，許多朝臣都沒見過皇帝一面，導致國力衰退。
但是萬曆帝在1600年以前很有作為，他直接進行“萬曆三大徵”軍事指揮，明朝人霍九思在《萬曆武功錄》中評價說：“唐宋以來一大偉績”，由此可見萬曆帝並非對朝政懈怠[6]。學者常認為是由於國本之爭，神宗被群臣所迫，不能立自己愛子朱常洵為儲君，連選擇太子的皇帝權力也失去，因而以這種方式向朝臣們示威、抗議。史學家曹國慶認為萬曆帝患有齲齒、牙周病和氟牙症等多種牙科疾病，頜骨發育不良，面部凹陷而左右兩側不對稱。學者樊樹志認為神宗疾病纏身。1958年，北京定陵的地宮被打開，萬曆帝屍骨“背微陀，腿部殘疾”。右腿明顯比左腿短。吳晗曾懷疑萬曆帝因身體不好吸鴉片。
北洋大將吳佩孚清末少年秀才，從恩師王紹勳參研明史，王提及萬曆帝怠政三秩，感嘆曰：“無為而治兮不必生一神宗三秩”，吳佩孚居然立刻應聲對仗：“有明之亡矣莫非殺六君子七賢。”認為天啟帝寵信魏璫，濫殺忠良，才是明朝亡國的主因。
1582年張居正一死，神宗擺脫張居正的束縛之後，開始親政。此外，神宗亦進行政治清算，馮保率先被抄家，張居正去世兩年後獲罪，也被抄了家。張居正的兒子張敬修自縊身亡，朝廷只給張居正母親留下一所空宅和10頃薄田。
為害最大的是“礦稅”一項，神宗先後派出內監多批徵收礦稅，幾乎遍佈中國各地，雖統名為礦稅，實際遠不限於礦業，兩淮有鹽監，廣東有珠監，擾得民不聊生。
萬曆二十四年（1596年），萬曆皇帝派出宦官充任礦監稅使，掠奪商民，一旦被認為地下有礦苗，房屋就要全部拆除，以便開礦，開礦時若果挖掘不到礦苗，附近的商家會被指控“盜礦”，必須繳出全部“盜礦”的賠款。礦監所到之處，民窮財盡，據記載：“鞭笞官吏，剽劫行旅，商民恨刺骨”，“其黨直入民家，姦淫婦女，或掠入稅監署中，士民公憤”，而“帝不問”，這成為明代一大惡政。首輔朱賡在上疏的時候說：“今日政權不由內閣，盡移於司禮。”大學士沈鯉在《請罷礦稅疏》 中指出，礦稅“皆有司加派於民，以包賠之也”。戶科給事中田大益曾批評：“以金錢珠玉為命脈。”
萬曆二十五年（1597年）至萬曆三十三年（1605年），萬曆帝所榨取的礦稅使內庫銀增加將近三百萬兩，更多的財物流人了宦官之手，沉重的賦稅亦不斷激起民變。萬曆四十八年（1620年），朝鮮使臣李廷龜出使中國，遇上萬歷帝駕崩、泰昌登基等一系列政治事件。他曾見到萬曆帝的遺詔，其中包括對礦稅的記載：“封章多滯，僚採辦公，加以礦稅繁興，徵調四出，民生日蹙⋯⋯建言廢棄及礦稅注誤，諸臣酌量啟用，一切榷稅並新增織造燒造等悉停止”。因為礦稅問題十分突出，故萬曆帝在遺詔中特意加以交代。
由於神宗不上朝，缺官現象非常嚴重。萬曆三十年（1602年），南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。葉向高曾疏曰：“今六部止有五人，都察院遂至空署。”且“候補科道久者二三年，近亦數月，旅食長安，茫無職事，銷向用之心傷，平政之明所宜即行。”神宗委頓於上，百官黨爭於下，政府完全陷入空轉之中。因此明史言：“明之亡，實亡於神宗。”
萬曆皇帝指揮的萬曆朝鮮之役使朝鮮保全了國家，避免了亡國滅種的巨大危險，儘管朝鮮人對萬曆皇帝有著深厚的感情，但是在朝鮮使臣的記錄中，更多的還是對萬曆帝消極怠政、貪婪奢侈等惡劣行徑的批評。而朝鮮使臣塑造的萬曆皇帝形象，也反映出明中葉之後朝鮮對中國社會集體想像的轉變，大明帝國的形像已經由朝鮮前期塑造的“狂熱烏托邦”，逐步褪去了耀目的光環，而走向了沒落。
萬曆後期處理政務的效率降低，與他的健康狀況也有很大的關係。學者指出萬曆好飲酒，又好女色，長期的酒色生活嚴重損害了他的身體，使其疾病纏身。但是他不以為戒，依舊沉迷其中，導致其病癒益嚴重，逐漸喪失處理朝政的能力。執政後期經常因病無法處理朝政而傳諭輔臣。他久病不愈，加上又縱聲酒色，導致身體一日不如一日。虛弱的身體使他不能正常處理政務，面對文官集團嚴厲的指責，萬曆皇帝索性以健康問題，心安理得地與朝政決裂。不見其臣不理其政。
清史學家閻崇年認為萬曆帝怠政的表現為“六不做”，即不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。上朝理事和批閱朝臣奏章是皇帝瞭解政局，執掌朝政的主要手段，不朝不見不批，相當於與朝臣斷絕了聯繫，成了一個隱居皇帝。萬曆帝身體胖，他給太后請安，要“膝行前進”。胖易懶，使他更加厭倦政事。
史學家黃仁宇說：“當一個人口眾多的國家，各人行動全憑儒家簡單粗淺而又無法固定的原則所限制，而法律又缺乏創造性，則其社會發展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能補助技術之不及。”
萬曆帝雖然不上朝，但如同嘉靖帝一樣並沒有出現嚴重的宦官、外戚干政的局面，明朝內閣中也沒有嚴嵩這樣的權臣把持朝政，朝內黨爭也有所控制，抵抗日本豐臣政權的朝鮮之役、女真入侵和梃擊案，萬曆帝都有反應，表示重要奏章依舊批閱，並透過一定的方式控制朝局。
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