萬曆朝初期，內閣首輔張居正主掌朝政，大刀闊斧地實行改革，他在政治、農業、軍事上的一系列措施使得明朝一轉自嘉靖後期以來的頹勢，國力開始慢慢恢復，並一度呈現出中興的跡象。 然而改革未終而中道崩卒，張居正逝世後，
萬曆皇帝開始執政，此前在改革中被觸及利益的貴族和大地主階級開始口誅筆伐，阻攔改革，萬曆皇帝抵擋不住方方面面的壓力而中止張居正的改革政策，改革中的樁樁件件都被一一廢除，本來呈現中興氣象的大明徹底開始走下坡路。
隨著改革的廢止，本來就疲態盡顯的明朝弊政叢生，農業土地兼併現象越來越嚴重，吏治、官場腐敗，軍備邊防鬆弛，再加上萬歷皇帝后期長期不理朝政，致使朝政落入宦官之手，形成了專權。而此時身處朝廷正義之流的官員們對此等現象深惡痛絕，經常諫言呈上，直言利弊。
其中，東林黨的發起人物顧憲成就是其中的代表。由於他的直言不諱惹怒了萬曆皇帝，被革職回鄉。然而，顧憲成回到家鄉並沒有因此而沉淪，他開始用講學來喚醒當時的人們，慢慢的後來逐漸形成了影響力，於是他就把講學的地方移了當時的東林書院，聯合當時一些志同道合的人們，定期在東林書院講學論道，由於他們講的都是現今國家及朝政之事，自然吸引了很多人來聽講，甚至在朝廷中擔任重要職位的官員也慕名前來，大家都被這樣的氣氛和內容所感染，逐漸形成了這樣的一種學術派別，姑且就叫做
東林學派。同時也可以稱之為一種政治團體。至於東林黨的叫法，是當時他們的反對者提出來的並被後世沿用。 在前期，東林黨的思想對朝政產生了積極的影響。不僅官員在處理政事的時候會受到東林學派思想的影響，就連皇帝在決定一些國家大事的時候，也會受到當時已經加入東林黨的官員的進言和諫言。 至於為什麼東林黨和宦官集團扯上關係，還得說說他的三大主張。
他們主張，第一廣開言路，使朝廷形成從諫如流的好風氣。第二反對宦官干政，這也是明朝後期朝政的真實反饋。第三反對加收工商稅，因為所收的工商稅大多數都出自他們貴族大地主階級的，這是根據他們的階級屬性提出來的。 其中第二條是真真切切地向當時的宦官集團直接宣戰。
說完東林黨，我們再來說說閹黨，這裡所說的閹黨主要是萬曆朝後期一直到天啟年間的掌權的宦官集團，萬曆皇帝后期長達二十多年不理政。原先就已經在權力的大海中氾濫的宦官體制更加無人監管，作為宦官部門的司禮監權利越來越大，尤其是處於權利頂端的司禮監秉筆太監和司禮監掌印太監這兩個職位，權勢更為熏天。秉筆太監提攜東廠，掌握實際權力，負責對全國官員進行監察，同時對奏章有批紅之權。而掌印太監擁有對奏章的最終審核權，所有奏章都需經過掌印太監蓋章方可審核通過，所以也有內相之稱。一旦皇帝懶政，宦官其實就已經擁有了掌握國家權力的機會。
所以在萬曆年間後期，宦官干政已經成為了威脅明朝統治的重大的不安定因素。東林黨人士鬥爭的也是這種體制下的宦官干政，但是在萬曆年間雖有鬥爭，但還沒有上升到腥風血雨的程度。
真正進入到白熱化的鬥爭層面是大宦官魏忠賢掌權期間。魏忠賢發跡於明熹宗朱由校時期，即天啟年間，他利用皇帝對奶媽客氏的親密關係，於是接近客氏並以此奪得皇帝寵信，開始上位一步步到達權利的頂峰，擔任司禮監秉筆太監，雖說此時在他之上還有掌印太監一職，但此時的掌印太監是由魏忠賢提拔並放置的一個傀儡職位，其實已經是虛職一個，魏忠賢一人此時已經掌握了明朝的實際大權。
魏忠賢獨攬大權，權傾朝野。這時候，原先被東林黨打擊排擠的其他黨派都投靠於魏忠賢麾下，所以，閹黨從廣義上說是包括他們的。而這樣的風頭轉向也是兩黨之爭的一個轉折點。
在東林黨人和閹黨鬥爭的前期，即在萬曆朝時期由於東林黨人士眾多，朝廷中雖有其他黨派或者掌權宦官，但是作為東林黨對立一面的宦官集團是沒有一個擁有絕對權力的核心人物，所以，萬曆朝、泰昌朝以及熹宗即位之初，東林黨不管是在與其他黨派鬥爭中還是與閹黨鬥爭中都是佔據上風的。
這其中最著名的當屬“梃擊”“紅丸”“移宮”這明末三大案件，說是案件其實並不十分準確，真正意義上說這三個事件是明朝黨爭權利鬥爭的縮影。“梃擊案”發生在萬曆朝，是圍繞太子位置爭奪的一場權利陰謀，支持太子和福王的兩股勢力在不同的形勢下爾虞我詐，見風使舵。“
紅丸案”發生在泰昌帝當政的一個月裡，也是東林黨為博取皇帝信任而與其他政黨互相攻擊、爭相獻媚，最終導致病重的泰昌帝因服食紅丸，執政不到一個月便逝世，熹宗朱由校由此即位。
移宮事件是東林黨和閹黨魏忠賢的一次直接鬥爭，魏忠賢計劃利用移宮之計親近皇帝朱由校趁機掌握朝政大權，而以楊漣、左光斗為代表的東林黨人堅決反對，最終未能成行，這也為魏忠賢以後報復東林黨人埋下了怨種。
魏忠賢的上位標誌著宦官集團開始在鬥爭中佔據上風，朱由校的不理朝政給了大宦官魏忠賢可乘之機，魏忠賢掌權之後，魏忠賢開始對東林黨進行反擊，他先是一一罷免在朝中的東林黨人士，逐步剷除東林黨的羽翼。甚至在他們被革職拿辦之後，魏忠賢還不罷休，還令錦衣衛繼續進行迫害，當時朝中東林黨遭受牽連、罷職、迫害的十之七八。從此東林黨人士在朝政中惶惶不可終日，徹底失去了對朝政的控制。
在這種純粹形式的打壓之外，在萬曆朝東林黨強烈反對加收的工商稅，在明熹宗一朝也由魏忠賢重新提出並實施，由於東林黨人士中大多為地主階級和工商階級，加收工商稅就相當於掠奪自己的財產。這樣針對性的行為也使得東林黨人對魏忠賢的怨恨日益加劇。
天啟七年，熹宗去世，崇禎皇帝即位。由於崇禎未即位時便對魏忠賢的所作所為深惡痛絕，在探得新皇帝的心思之後，朝中大臣紛紛上奏彈劾魏忠賢，崇禎皇帝正好藉此機會除掉了魏忠賢，並將大權控制到自己手裡。黨閹之爭似乎以東林黨的勝利而結束了。
魏忠賢死後，東林黨人士便開始在朝中得勢，他們上言崇禎使崇禎取消工商稅，維護了自己階級的私利。但同時也斷了大明最重要的一項經濟來源，要知道在天啟年間徵收的商業稅能佔到整個國家財政收入的三分之二，如此這般取消，使得繁重的賦稅都加到了農民的頭上，導致階級矛盾日益加劇，加速了明王朝滅亡的步伐。
同時，東林黨人在政治上的上位，並未讓他們就此收勢。他們反而更加肆無忌憚地打擊反對他們的黨派，造成朝政混亂，成為了明朝滅亡的直接原因。
自古以來，黨爭誤國，在明朝末年體現的淋漓盡致。
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