九十年代初，日本“绿十字制药”公司使用不合格制剂，导致部分接受乙肝疫苗接种者感染肝炎或艾滋病毒。
日本“化学及血清疗法研究所”(简称“化血研”)1974年起违法制药，三十一项生产程序未经政府审批；化血研公司用紫外线照射纸张做旧文件，伪造公司记录。
当时东京大学附属医院最早发现问题，却没立刻报告政府。该疫苗制成到事发两年多时间，日本厚生省（相当于中国卫生部）未进行有效监管。政府官员与制药公司试图联合掩盖真相，导致事件爆发。
厚生省审批疫苗会听取国立医疗研究所及国立大学附属医院研究所的报告；制药公司雇佣“医药代表”定期向各国立医院提供好处；厚生省官员退休后也会高薪到制药公司做顾问。
面对这个掩盖疫苗问题真相的利益链，日本患者抗争的方式是起诉。不仅起诉制药企业、医院，还包括起诉政府。
自1992年起，数千名艾滋病、乙肝患者联合在东京、福冈、大阪法院提起集体诉讼，引起社会广泛关注。当时日本政府一直推卸责任，并对一审法院赔偿判决提出抗诉。政府的行为激起民愤，受害者不断到首相官邸和国会前抗议，日本主流媒体也公开批评政府无情无理。
1996年，日本厚生大臣力排众议，首次承认政府在疫苗事件中负有重大责任，并举行记者会，宣布政府放弃抗诉。日本政府的举动成为日本医疗领域打假扫黑的开始。
2006年日本主流媒体报道：十七年前，北海道五名乙肝感染者将厚生省告上法庭，他们认为自己小时候接种疫苗时感染乙肝。
1989年的这起北海道乙肝诉讼案经历三次判决。一审原告全部败诉；二审三人胜诉两人败诉，而胜诉者没有去厚生省领取赔款，而是陪败诉者继续上诉。这场历时十七年的漫长诉讼，终于在2006年终审获得全部胜诉，获赔约161万元人民币。
到2007年11月，陆续有数千名因乙肝疫苗感染艾滋病的患者联合提起诉讼。日本政府扛不住了，时任首相福田康夫代表政府向受害者及其家属正式道歉。
在诉讼中，一名叫“福田依里子”的女孩是在出生不久接种问题疫苗后得了乙型肝炎，到二十岁才知道感染真相。得知真相的她立志揭露医疗黑幕，成为九州地区乙肝疫苗公诉代表，随后当选为众议院议员。她与受害者联合向政府提起赔偿诉讼，带头推动制定《药害肝炎救济特别法》，最终疫苗事件原告人数达到四十万人。
2011年元月，终于迫使日本政府对四十万名原告进行赔偿：死亡、肝癌、重度肝硬化者赔偿约211万元人民币；轻度肝硬化者赔偿约147万元人民币；慢性肝炎赔偿约73万元人民币；乙肝病毒携带者赔偿约3万元人民币。乙肝病毒携带者后期检查产生的医疗费和交通费均由政府负担。
该起乙肝疫苗诉讼案，日本最高法院最终判决日本政府赔偿约合1882亿元人民币，成为日本历史上涉及人数最多、金额最高的政府赔偿案，推动了日本疫苗管理新法律的出台。
在日本，发生重大疫苗事件，“处罚企业、逮捕经营者、追究政府监管责任，最终政府承担责任”这些步骤是个完整的过程。在这个过程中起决定作用的，是日本公民的意志和公正执行的法律，公民与政府合力推动解决疫苗问题后遗症，是成熟社会的标志。
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