劉裕收到的消息很短，卻觸目驚心：盧循再反，何無忌戰死。
建康朝廷已經亂成一團，京城戒嚴。甚至商議遷都，往下邳去依靠劉裕。後來聽說盧循的軍隊在休整，才沒有帶安帝渡江。
而劉裕拋下軍隊後，單船渡江，至京口後並未休息，直奔建康。四月，劉裕入京，朝廷眾人這才有了主心骨，宣佈京城解嚴。由此可見，在面對征伐之事時，劉裕已經成為了當仁不讓的領袖。
劉毅很不服，他一直覺得劉裕只是運氣好，之前盧循擊敗何無忌後，他由於生病，所以沒有出征，但是朝廷眾人似乎並不因為他還在豫州，就不害怕盧循。這讓劉毅更想證明自己。
劉裕知道劉毅想要獨自出戰，趕快派隨自己徵南燕的劉毅之弟劉藩去姑孰勸說，並且帶去了自己的一封信: “我從前多次與盧循的軍隊交手，不能輕視，等北伐的軍隊歸來，我們合兵，出征。”
然而站在劉毅的角度解讀一下這封信 ，‘多 次與盧循交手’，可是誰不知道你劉裕正是因為多次擊敗孫恩、盧循才嶄露頭角；‘不能輕視’的意思就是我如果單獨出征就打不過盧循。聽聽這說的是人話麼！所以劉毅對弟弟劉藩說：“之前我讓著劉裕，所以你就真以為我不如他嗎！”這句話不僅是對劉藩所說，也是對朝廷眾臣的。
劉毅也學劉裕徵南燕的行為，抗表出徵。率兩萬軍隊，從姑孰迎擊盧循。
盧循剛剛擊敗了荊州刺史劉道規的軍隊，便迎來豫州刺史劉毅的二萬精兵。義熙六年
(410年) 5月，兩軍於桑落洲(今安徽宿松)爆發戰鬥。結果證明了盧循之前屢次失敗，不是盧循太弱，而是劉裕太強。
劉毅軍隊全軍覆沒，舟船全毀，輜重盡喪。劉毅在親兵的掩護下步行逃離戰場，奔回建康。
這一戰後，建康群臣徹底慌了神，因為賴以支撐的江州何無忌，荊州劉道規、豫州劉毅分別敗於盧循，而北府的軍隊剛剛征討完南燕，返回建康的士兵傷兵滿營，京城幾乎無兵駐守。更有敗兵為了掩飾失敗，向建康中人描述盧循軍隊有戰士十餘萬，運糧草的車百里不絕。絕望情緒籠罩了建康的每一一個人。
東晉朝廷為何如此懼怕盧循的軍隊?因為他們算是狂熱的宗教分子。
事情要從孫泰說起。孫家世奉五斗米教，孫泰以道術聚集了一大批次等士族出身的官員，他們皆以孫泰馬首是瞻。甚至執政司馬道子的兒子司馬元顯也很信奉他。孫泰的活動本質上是集結了東晉的一些次等士族，妄圖奪取權力。這使得一些高門門如琅琊王氏、太原王氏、陳郡謝氏感到了威脅。不久，會稽內史謝蝤(音you，二聲)舉報孫泰圖謀不軌，司馬道子將孫泰誅殺。但是孫泰的侄子孫恩卻逃往海上，沒有被抓捕歸案。
後來司馬元顯執政，為了對抗桓玄，增加軍事力量，發客為兵（即徵發士族門閥名下的農民為士兵，受朝廷管轄），引起了三吳士族豪強的不滿，孫恩趁機登陸會稽，以五斗米教的名義起義。無論是被司馬元顯侵犯了利益的地方士族，還是底層信奉五斗米教的教眾都彙集到了孫恩的旗下，一時之間有數十萬人。義軍們攻城掠地，凡是不信奉五斗米教的，皆遭到誅殺，嬰兒也不曾放過。甚至隨軍的家屬，如果攜帶嬰兒，不利於行軍的，就將嬰兒投入水中，宣稱是“賀汝先登仙堂， 我尋後就汝。”後來孫恩被劉裕連續擊敗，走投無路下跳海自殺。義軍餘眾推孫恩的妹夫盧循為領導，繼續在三吳地區攻略郡縣，當時趕上桓玄與朝廷開戰，雙方便都對盧循採取懷柔政策，以廣州刺史的名義安撫他。
雙方心知肚明，一旦朝廷緩過來，肯定會再次爆發戰爭。所以趁劉裕遠征，盧循從廣州進軍。一路先後擊敗何無忌、劉道規，現在又大破劉毅，距離攻破建康只有一線之隔了。
如果盧循攻進了建康，那這些高門大族肯定會死無葬身之地，雙方不存在和平的可能，這也是朝廷眾臣如此恐慌的原因所在。
面對兵臨城下，朝廷出現了分歧。孟昶、諸葛長民等人認為應該奉皇帝渡江，往廣陵暫避鋒芒。劉裕認為一旦出京，軍隊一定崩潰，就算到了廣陵，那也是苟延殘喘。只能在建康堅守，方才有一線生機。孟昶屢次建議應趕緊逃走，劉裕終於生氣了，兩人大吵起來。劉裕說：“ 如果城破，我自當橫屍廟門，絕對不會苟且偷生”，孟昶也極為惱火，認為必敗，不如現在就殺了自己，省得到時候被盧循羞辱。劉裕憤怒的質問說：“你既然不怕死，為何不先打一仗，到時候失敗了再死也不遲！”然而孟昶回府之後，覺得走到這步田地，是因為自己曾大力支持劉裕征討南燕，所以導致京城空虛，盧循再反，他羞愧難當，上遺表將罪過攬到了自己身上：
劉裕北討，眾並不同，唯臣贊裕行計，致使強賊乘間，社稷危逼，臣之罪也。謹引咎以謝，天下！
然後仰藥自殺。
孟昶的死並沒有動搖劉裕的決心。他下令募民為兵，賞賜等同於隨自己從京口起兵討伐桓玄的士卒。並且親自引軍駐紮在石頭城(建康之西的要塞，緊鄰長江)。許多市民來看熱鬧，劉裕好奇的問參軍張邵，張邵回答說：“如果您沒有迴歸建康，那這些人四散奔逃都來不及，怎麼還有心情看熱鬧呢？賊軍到達後如果直接登陸，那憑著銳氣一鼓而下，我們就危險了，但是如果他們到達後在對岸集結， 那就必定失敗。”劉裕很贊同他的看法，於是登城遙望盧循軍動向。
縱觀劉裕一生，這一戰最為兇險。因為這一戰的主動權不在他的手裡，而是在敵人的手裡。所以當他看見盧循軍直奔新亭而來的時候，大驚失色，但是後來盧循軍不知為何，逐漸奔向了對岸， 劉裕極為開心， 知道自己即將度過這一關。
盧循是隨先頭部隊一起抵達建康的，他的姐夫徐道覆建議直接登陸新亭，但是盧循害怕劉裕，認為等大軍集結後進攻，方才萬無一失。於是迴轉西岸，等待大軍的到來。徐道覆嘆息說：“我早晚被盧循害死啊，如果使我得以在英雄手下效力，平定天下也是易如反掌。”徐道覆的嘆息不是沒有理由的，此次盧循從廣州出兵，乃至擊破劉毅，都有徐道覆出謀劃策的功勞。
所謂機不可失，失不再來。等盧循集結完軍隊，劉裕這邊也已經佈置完善，兩軍數次交鋒，盧循軍都不曾突破晉軍防線，雖然一度在登陸丹陽郡，但始終不能擊破晉軍，逼近建康。隨著時間的推移，晉軍越來越強，而盧循軍銳氣盡失，最終於七月，返回江州的尋陽。
建康解嚴，劉裕立即下令孫處、沈田子率軍出海，直撲廣州，並且下令說:“大軍十二月之交必破盧循，你們先到廣州，抄他們的後路，使他們退無可退。”
建康的危機解除了，但是盧循軍返回尋陽後，很快溯江而上，攻打江陵，希望佔據中游，來對建康保持壓力。與此同時，益州的譙縱派出桓氏餘黨桓謙，領兵從上游順流而下進攻江陵。
劉道規令從襄陽來支援的魯宗之部隊守城，自己領兵出戰。時任天門太守的檀道濟先登陷陣，一舉衝破桓謙陣勢，導致桓謙軍隊大敗,桓謙本人也被殺死。隨即乘勝追擊，擊破盧循的部將苟林，江陵之圍遂解，等徐道覆率後援三萬趕到江陵時，已經只有自己一支孤軍，所謂兵敗如山倒，士氣全無的軍隊再次被劉道規擊破，徐道覆本人也逃回了盧循的本部。
十月，劉裕率領劉藩、劉敬宣、檀韶自建康出發，征討盧循。正如劉裕對孫處等人所下的命令一樣，甚至時間都驚人的一致。十二月，劉裕擊破盧循全軍，盧循、徐道覆分別逃跑，然而等待他們的，是已經被孫處、沈田子攻佔的大本營，最終二人皆被誅殺。至此，持續了12年的孫恩、盧循之亂徹底被平定。
義熙七年(411年) 3月，劉裕登臺輔，成為三公之一――太尉。
閱讀更多 00年的霖安 的文章
