明朝從永樂朝開始，一直到崇禎皇帝上吊為止，一直存在著兩套中央機構，一套在南京而另一套在北京。這實際上是歷史遺留因素，朱元璋建立明朝之時，將國都定在南京，朱元璋和朱允炆兩朝都以南京為首都。朱棣靖難成功後，出於政治和軍事原因考慮，將都城遷到了自己就藩的地點北京。
自此，南京和北京同為明朝的都城，再加上朱元璋的老家鳳陽，明朝一共有三個都城。但鳳陽由於經濟原因，難以真正承擔起首都的功能，因此在鳳陽並沒有設置中央機構而僅僅設立總督進行駐守，而鳳陽的主要功能則是供奉朱元璋的父祖。因為南京本身就設立有六部和督察院，因而在朱棣遷都之後，南京的這些機構並沒有被撤銷，而是一直保留下去，按理來講太子應當留在南京駐守，明宣宗朱瞻基還是太子之時便留守南京。
南京雖然有六部，但發揮的作用極為有限，因為按照慣例，南京的機構專門安置被貶謫和即將退休的官員。唯一掌握較大權力的部門是南京的兵部，南京兵部尚書和南京的鎮守太監共同掌握南直隸地區的軍事指揮權。明清易代之際，南明著名抗清人物史可法在明朝時期所擔任的職務便是兵部尚書，因此在弘光皇帝繼位之前，史可法在南京地區的話語權很強。
南京兵部以外，其他五部雖說也掌握一定的權力，但遠不如南京兵部。如南京吏部掌管南京地區的官員考核，南京戶部掌管南京以及江浙，江西等地區的糧稅，南京刑部負責南京地區的重大案件審查，南京工部掌管南京以及周邊省區的工程建設，如運河的修繕等，南京禮部權力更小，因為皇帝一般不到南京去，因而與皇室相關的禮儀等其無法真正掌握。
總而言之，明朝南京的這套班子，權力影響範圍有限。但在明清變革之際，南京健全的部門的確為明朝苟延殘喘提供了幫助。然而，正所謂給機會不中用，南京的中央機構在崇禎皇帝龍馭賓天后，完美地繼承了明朝北京朝廷的最大特點——黨爭，南京儼然成為了東林黨和閹黨的第二戰場，最終，在如火如荼的黨爭中，明朝遺臣們在南京，迎來了清軍的鐵蹄。
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