太平洋戰爭爆發後，日澳關係徹底進入敵對狀態。澳大利亞政府對日宣戰，日本也把澳大利亞劃入“大東亞共榮圈”之中。 戰爭時期的敵對關係延續到了戰後初期，澳政府積極參加東京審判，主張對日嚴厲制裁。
日本計劃的大東亞共榮圈
二戰期間，澳大利亞這個700萬人口的國家，共有100萬人參軍，其中56萬人派往海外作戰，37000人陣亡，共有30000人被俘，其中22000人被日軍俘虜，只有14000人在1945年活著回到澳大利亞。相當一部分戰俘被日軍虐待致死，被俘的女護士也遭受了野蠻的待遇，大家都能想象到。
日本對戰俘的不人道待遇使得澳大利亞國民一直不能忘記這段歷史。
死亡行軍
戰後澳大利亞對日本的強硬外交
日本投降後，澳大利亞認為必須從嚴解決日本問題，絕不能從寬，因此必須堅持這樣的方針：審判日本戰犯，予以嚴懲。審判戰犯裕仁天皇，以確保東亞、東南亞和太平洋未來的安全。
澳軍士兵
在澳大利亞看來，日本是一個侵略成性，不肯悔改的國家，澳國內的各政黨以及人民對日本都充滿了不信任感，為防止戰後日本恢復經濟後對其他國家進行侵略，對其進行非軍事化是必要的。
而且對以麥克阿瑟為首的盟軍一年多來對日本的軍事佔領及管制的效果非常不滿，認為盟軍的管制太過軟弱，並且擔心這種佔領可能是短期的。
日本在戰後急需資源和農牧產品，澳大利亞根據帝國特惠制把商品出口英國而拒絕出口日本。日本為了消除澳大利亞對其疑慮積極調解印巴分歧，在馬來西亞和印尼的衝突中也起到了一定積極作用，通過一定的賠償計劃來介入東南亞地區，從而改善日澳之間的關係，增加澳大利亞對其信任。
二戰後澳大利亞對日政策經歷了從“硬和平”到“軟和平”的轉變
日本在美國的支持下積極修復與澳大利亞的關係，因為雙邊互補性的經貿關係使得日本逐漸重視與澳大利亞關係的發展。
但是，澳大利亞因為戰時所受傷害對日本充滿了不信任，寄希望於美國為首的盟軍可以對日本進行非軍事化改革，使其徹底失去侵略他國的可能，主張對日嚴厲制裁，使其對戰爭期間所犯的罪行付出代價，戰爭剛結束美國主張對日本進行民主化改革，但是隨著冷戰時代的到來，美國出於全球戰略考慮開始微調對日政策，這引起了澳大利亞的不滿。眾所周知，澳大利亞堅持對日強硬政策是出於自身安全考慮，如果與美國結盟能確保自身安全，可以適當改變對日政策。最終1951年澳大利亞、新西蘭、美國三國簽訂《澳新美條約》，組成了軍事戰略利益一致的軍事同盟，通過努力澳大利亞終於獲得了美國保障其安全的一紙憑證。這一條約是澳大利亞努力尋求建立地區安全機制的結果，實際上該條約只是使澳大利亞對美國的依附加劇，而澳大利亞並未從中獲得其所需要的安全保障。
舊金山和約
因此在簽訂了《澳新美安全條約》一週後，1951年5月8日，澳大利亞與日本簽訂了和約。
總之，戰後初期，澳大利亞政府要求嚴厲制裁日本，主張對戰犯的審判，甚至天皇也不能逃脫，並且要求美國對日本進行徹底的非軍事化改革，澳政府還對日本進行經濟歧視。澳大利亞政府主要出於自身安全考慮，害怕日本的軍國主義死灰復燃，對其帶來更多傷害。但是因為二戰的影響使美國在澳大利亞和日本戰後外交政策制定中佔據著決定性位置，美國為使澳大利亞和日本服務於其全球霸權戰略，改變對日政策，並迫使澳大利亞接受對日《舊金山和約》。
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