對於明神宗朱翊鈞，歷來人們大多持否定態度。其實不僅如此，說起明朝的皇帝，人們都沒有好感:他們不理朝政，就像一個個敗家子，折騰著祖宗的基業。有明一朝，輝煌無數，罵名也不少。
在這本書中，黃仁宇先生則明顯地表達了他對朱翊鈞的同情與悲嘆。當然，黃先生也從他的“大歷史”觀向我們展示了萬曆皇帝的一生。我們都接受了這樣的觀念:封建集權統治在明清空前強化，皇權至高無上。但在萬曆皇帝身上，我們似乎看到了皇權的旁落或者弱化。尤其在立儲這個問題上，萬曆皇帝前前後後奮鬥了三十幾年，終也沒有實現立他最寵愛的皇三子常洵為皇太子的夢想。
其實，這也是萬曆皇帝的可悲之處。封建統治從秦朝到明朝，已經有了一千五百多年的歷史，它所推崇的文官制度，這時已經完備成熟。皇帝，在這個以程朱理學為根本太子思想的國度裡，已經成為一種象徵貨體制。萬曆皇帝，只要努力扮演好他的這個皇帝角色，按時參加各種典禮活動，批准內閣大臣的奏議，在全體文官以及程朱理學的協調下，整個國家基本上就可以正常運轉了。
皇帝，似乎已經成了禮制的象徵，國家的精神領袖，倒有點類似於英國君主立憲制下的君主。但這怎麼可能呢?在長達一千五百多年的封建社會里，皇帝基本上都是呼風喚雨，獨攬大權，說一不二的。 可是，在明朝，在以理學為一切工作活動的指導原則的國家裡，熟悉掌握了理學的文官集團，卻逐漸壯大成熟，甚至達到了與皇權對峙的地步。萬曆皇帝想立皇三子為皇太子，朝臣竭力反對，雙方苦苦鬥爭了三十幾年。最後，萬曆皇帝被迫立皇長子常洛為太子，但這是以六七位閣臣的離職，上百名大臣被降級為沉重代價的。從此以後，萬曆皇帝心灰意冷，深隱後宮，消極怠工。朝臣的奏議，他不予批准，也不加反對，就一直擱著，拖著，讓朝臣的目的也達不到。這很像小孩子的鬥氣行為。但一國之君這樣做，卻是以一個國家的沒落為代價的。
其實，我們都有這樣的疑問:立誰為太子，誰為下一任皇帝，作為臣子的，和他們有多大關係，他們為什麼非得擁護皇長子，甚至不惜和皇帝對著幹?在以嫡以長不以賢的禮法原則下，常洵為長子，就應該為太子。萬曆皇帝立常洛為太子，就是違反禮法的行為。在以禮法為根本原則的社會里，這是關係國家根本的問題，是不能允許的，即使皇帝也得遵守。 在歷史上，神宗皇帝偏激逆反，昏庸無能。親政初始，清算張居正。他晏處深宮，聲色犬馬，荒廢政事，又大肆兼併土地，溺志於財貨。其在位期間，圍繞太子發生的“國本之爭”，更是將朱王朝進一步推向深淵。
如此可憎之人，必有其可憐之處。在這本書中，我們看到了萬曆皇帝如何從勤勉政事，勵精圖治，逐漸墮落退化。 朱翊鈞自幼聰慧過人，讀經史過目不忘，而且頗為早熟。九歲即位，在生母李太后以及張居正的教導下，也算是一位少年英主。張居正親自教導他，安排課程，指導讀書，選拔賢能的大臣輔導他，培養他治國安邦的本領。雖然十分嚴厲，卻也不妨礙他們建立了深厚的師生情誼。
在張居正生前，皇帝一直支持他的改革。但張居正的正直，卻得罪了不少人，觸動了守舊勢力的利益。在他死後，反對他的人開始反撲。他們紛紛上奏，要求清算張居正。隨著年齡的增長，萬曆皇帝對昔日威炳震主的張居正日益不滿，對他的嚴格管理也感到了厭倦。於是他從維護張居正，到順水推舟地開始了對張居正的清算。這也是在他樹立自己的權威，徹底擺脫張居正的影響。於是，生前忠貞不二的“元輔張先生”，變成了謀國不忠的大奸臣。雖然清算成功，但這對朱翊鈞來說，這肯定是個不小的打擊。
為什麼他敬愛的老師就成了亂臣賊子，曾經受過張居正提拔的人為什麼反而要陷害他，這些問題也使皇帝迷茫困惑。於是，他對朝臣的反覆奸詐深惡痛絕。尤其是長達三十幾年的立儲問題，慢慢磨盡了萬曆皇帝的雄心壯志，迫不得已地立長子為儲，也加劇了萬曆皇帝對朝臣的厭惡，以及對政事的熱情。在這一轉變過程中，萬曆皇帝的優柔寡斷的性格也起了不少作用。
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